Red Hat heeft met Microsoft een overeenkomst gesloten die de interoperabiliteit tussen elkaars virtualisatietechnologieën wederzijds moet garanderen. De deal komt nadat Microsoft eerder nog met patentzaken dreigde.
Volgens de overeenkomst verplicht Red Hat zich om Windows Server 2003 SP2, Windows 2000 Server SP4 en Windows Server 2008 te valideren als gast-OS voor zijn Red Hat Enterprise virtualisatieplatform, waarna Microsoft zal opduiken in de lijst met certified hardware. Microsoft op zijn beurt valideert Red Hat Enterprise Linux 5.2 en 5.3 om dienst te doen als gast op Windows Server 2008 Hyper-V en Microsoft Hyper-V Server 2008. De twee Linux-versies zullen verschijnen in de Windows Server Catalog. Volgens de overeenkomst zullen toekomstige versies van Windows en Red Hat Enterprise Linux ook in het validatieproces worden meegenomen. Verder beloven de twee partijen support te verlenen aan elkaars klanten.
Microsoft en Red Hat benadrukken dat de overeenkomst met gesloten beurs tot stand is gekomen en dat het niets te maken zou hebben met eventuele patenten of licentiekwesties van opensource-componenten. De deal zou vooral zijn gesloten om de interoperabiliteit veilig te stellen, een wens die in toenemende mate vanuit de klantenkring naar voren zou komen. Mike Neil, software-ontwikkelaar voor het virtualisatieplatform van Microsoft, stelt op zijn blog dan ook dat de softwaregigant pragmatischer is geworden bij het inspelen op de behoeftes van zijn afnemers.
Neil stelt dat de deal met Red Hat tot gevolg heeft dat de twee bedrijven beter tegenwicht kunnen gaan bieden tegen 'virtualisatiegrootmacht' VMware. Het expliciet weglaten van patentkwesties in de overeenkomst wordt echter door sommige analisten gezien als een teken dat Microsoft mogelijk afziet van zijn eerder gehanteerde tactiek om te dreigen met patentclaims richting opensource-softwarebedrijven. In 2006 sloot de softwaregigant een fel bekritiseerde overeenkomst met Novell, verkoper van SUSE Linux Enterprise Server. In de deal beloofde Microsoft aan Novell om SUSE-gebruikers niet te vervolgen bij patentkwesties, terwijl Microsoft-topman Ballmer niet uitsloot dat hij Linux-fabrikanten wilde aanpakken. Red Hat onderhandelde eerder met Microsoft over de patentkwesties, maar besloot uiteindelijk geen deal te sluiten. Ballmer dreigde daarna om Red Hat-gebruikers aan te klagen wegens inbreuk op intellectueel eigendom, maar tot concrete zaken kwam het niet.