Jim Allchin, een van de leiders van Microsofts Platform Products and Services-divisie, heeft Bill Gates tijdens de zomer van 2004 verteld dat Longhorn, de codenaam van Windows Vista, te complex was geworden en het vrijwel onmogelijk zou zijn om het nieuwe besturingssysteem überhaupt enigszins bugvrij te lanceren. Gates was vanzelfsprekend niet blij met deze boodschap en gaf aan dat Allchins team meer tijd zou kunnen krijgen om Longhorn releaseklaar te maken. Dat was echter niet wat Allchin wilde.
Tot aan Allchins grote ingrepen, waarover later meer, was het altijd zo geweest dat meer dan 4000 programmeurs aan de ontwikkeling van nieuwe Windows-features en -releases werkten. Het werk van deze ontwikkelaars werd een keer per dag samengevoegd en een nieuwe build van Windows Longhorn werd in elkaar gezet. Dat buildproces ging echter steeds langer duren en op het moment dat een bug gevonden werd, was het fixen van die fout een enorm tijdrovend karwei geworden. De verschillende ontwikkelteams werkten aan aparte delen van de broncode van Windows en het coördineren en goed laten samenwerken van deze teams was een grote opgave voor de projectleiding. Daar komt bij dat de Microsoft-leiding een aantal ambitieuze doelen had gesteld voor de opvolger van Windows XP en Windows Server 2003 en al met al was Longhorn een enorm groot en moeilijk beheersbaar project geworden.
Dit alles was bekend bij het projectmanagement en toch werd besloten dat eerdere Windows-versies veiliger gemaakt moesten worden, om zo de strijd tegen virussen en andere malware beter te kunnen aangaan. Hiervoor was het nodig dat verschillende topengineers van het Longhorn-project gehaald werden en op de securityprojecten gezet werden. Allchin wilde het niet laten bij de constatering dat de ontwikkeling van Longhorn niet zoals verwacht liep en nam zich eind 2003 voor verbeteringen door te voeren. Het eerste wat hij toen deed was Windows-veteraan Brian Valentine en computerwetenschapper Amitabh Srivastava binnenhalen. Deze laatste liet zijn team een grafisch overzicht maken van de samenhang van de verschillende onderdelen in Windows Longhorn, dat overzicht was ongeveer 2,5 meter bij 3,3 meter groot en vol chaotische lijnen.
Via deze grafische presentatie werd al snel duidelijk dat er teveel afhankelijkheden waren binnen Windows en dat er meer op een modulaire manier gewerkt zou moeten gaan worden. Valentine en Srivastava stelden dit vervolgens voor aan Allchin en deze ging ermee naar Gates in het midden van 2004. Ondanks het feit dat hij niet direct te spreken was over Allchins plannen, omdat onder meer WinFS (een van de baanbrekende zaken die Gates graag in Longhorn gehad had willen hebben) ervoor moest wijken, stemde hij wel toe. Naast het besluit om Longhorn op te delen in minder van elkaar afhankelijke modules, werd ook besloten om met een schone codelei te beginnen. Een kale release van de serverversie van Windows Longhorn werd uit de kast gehaald en deze is de basis gaan vormen voor het werk dat uiteindelijk tot Windows Vista geleid heeft.
Daarnaast moesten programmeurs hun code voortaan laten controleren door software op bugs voordat de code het versiebeheersysteem in mocht, zo werd in oktober 2004 besloten en ingevoerd. Ook hierover was Gates kritisch, omdat dat soort tools nog niet eerder op deze schaal waren gebruikt en het innovatie tegen zou houden en meer werk zou opleveren. Al vrij snel bleek echter dat de Microsoft-programmeurs schonere en betere code gingen opleveren waardoor het aantal bugs afnam en er meer tijd gestopt kon worden in de ontwikkeling van Longhorn. Bill Gates was niet de enige met reserves ten opzichte van Allchins voorstellen, ook veel medewerkers van Microsoft zagen het niet zitten en daardoor is op verschillende manieren gepoogd ook hen erbij te betrekken, wat uiteindelijk lukte. Rond de kerst van 2004 werd een eerste installeerbare build van Longhorn nieuwe stijl opgeleverd.
In de maanden die volgden werd hard gewerkt door de verschillende softwareontwikkelaars van het Redmondse softwarebedrijf om meer onderdelen van wat nu Windows Vista is gaan heten, opnieuw op te bouwen en aan het besturingssysteem toe te voegen. Het moeilijkste bij deze problematiek was niet het voor elkaar krijgen van de verschillende technische vereisten, maar het op één lijn krijgen van alle betrokkenen. Met name het aantonen van de noodzaak om de grote veranderingen door te voeren, was een waar huzarenstukje. Veel medewerkers begrepen namelijk niet direct waarom het veranderen van hun manier van werken benodigd was, daar al jaren op de vertrouwde manier gewerkt werd.
Desondanks is dit toch gelukt en kon eind juli, ongeveer twee maanden te laat, Windows Vista Beta 1 afgeleverd worden aan 500.000 testers. De verwachting was dat enkele tienduizenden bugs gemeld zouden worden, dit waren er slechts enkele duizenden, aldus een teamlid. Verder is eind augustus een eerste testversie van WinFS vrijgegeven, technologie die geen onderdeel vormt van Windows Vista maar als een add-on toegevoegd kan worden. Microsoft heeft ook laten weten dat voortaan iedere maand een nieuwe testversie van Windows Vista gebouwd en vrijgegeven zal worden, iets wat het softwarebedrijf nog niet eerder had gedaan. Microsoft is er echter nog niet. Deze verandering in de manier van werken bij de ontwikkeling van Windows Vista is slechts het begin van een cultuurverandering waarbij Microsoft en zijn medewerkers ervan doordrongen moeten worden dat de ontwikkeling van flexibele software beter binnen het huidige tijdperk past.