In de rechtszaak rond Duke Nukem Forever is naar voren gekomen dat uitgever Take-Two de tot nu toe onbekende game Duke Nukem Begins in ontwikkeling had. De ontwikkeling zou gestaakt zijn om Apogee onder druk te zetten.
Het Amerikaanse Apogee, moederbedrijf van Duke Nukem Forever-ontwikkelaar 3D Realms, heeft schriftelijk gereageerd op de aantijgingen van uitgever Take-Two Interactive. Uit de verdediging van Apogee is gebleken dat Take-Two vanaf 2007 een niet bij naam genoemde 'bekende ontwikkelaar' heeft laten werken aan het al even onbekende spel Duke Nukem Begins. Take-Two zou echter begin 2009 opdracht hebben gegeven de ontwikkeling te staken. Die opdracht zou volgens Apogee gegeven zijn om hen onder druk te zetten. Take-Two zou met de beslissing geprobeerd hebben Apogee te dwingen tot verkoop van de merknaam Duke Nukem.
Take-Two verkreeg het recht om zelf Duke Nukem Begins te mogen ontwikkelen nadat beide partijen in oktober 2007 een herziening van het onderlinge contract overeenkwamen. Take-Two had het recht om een opvolger van Duke Nukem Forever op de markt te brengen en het recht om de game uit te geven die gemaakt zou worden van de film rond Duke Nukem, als die er zou komen. Die rechten werden in oktober 2007 ingeruild voor het recht zelf Duke Nukem Begins te mogen maken en uitgeven, waarbij Apogee recht van inzage had. Duke Nukem Begins zou halverwege 2010 op de markt moeten komen. Mocht dat lukken, dan zou Take-Two 2,5 miljoen inhouden op de royalties die Apogee zou krijgen voor Duke Nukem Begins. De inhouding was bedoeld als terugbetaling van hetzelfde bedrag dat Take-Two in oktober 2007 aan Apogee overmaakte. Volgens Apogee is dat tevens het enige bedrag dat Take-Two ooit aan Apogee betaald heeft, terwijl het zelf 20 miljoen dollar in de ontwikkeling van Duke Nukem gestoken heeft.
Apogee sloot begin mei onverwacht de deuren van ontwikkelstudio 3D Realms, naar eigen zeggen wegens financiële problemen. Kort daarop sleepte Take-Two Apogee voor de rechter wegens contractbreuk. Volgens Take-Two zou Apogee genoeg geld hebben om de ontwikkeling van Duke Nukem Forver te kunnen bekostigen, maar zou het geld weggesluisd hebben naar een buitenlandse rekening.