Eind augustus 2004 heeft Microsoft laten weten dat het nieuwe bestandssysteem WinFS niet in Windows Longhorn aanwezig zal zijn. In plaats daarvan zou WinFS na de officiële release van Longhorn via een update beschikbaar komen en in ieder geval zou het bestandssysteem een plek hebben in Blackcomb, de opvolger van Windows Longhorn. In de maanden die volgden, heeft Microsoft over twee andere belangrijke technologieën uit Windows Longhorn, te weten Indigo en Avalon, bekendgemaakt dat deze ook voor Windows XP en Windows Server 2003 beschikbaar zouden komen. Het doel hiervan was achterwaartse compatibiliteit te waarborgen en het ontwikkelen van applicaties die gebruikmaken van deze technologieën aantrekkelijker te maken, omdat software niet alleen zal draaien op Longhorn, maar ook op andere Windows-versies. Een vergelijkbare belofte voor WinFS had het softwarebedrijf uit Redmond echter niet gedaan.
Het ontbreken van een dergelijke toezegging had veel onrust veroorzaakt over het lot van het bestandssysteem onder softwareontwikkelaars, potentiële klanten en analisten. Microsoft-Watch heeft recent echter van enkele medewerkers van Microsoft vernomen dat de WinFS-technologie zeer waarschijnlijk ook gebackport zal worden naar Windows XP. "WinFS isn't dead", aldus Tom Rizzo, de productmanager van SQL Server bij Microsoft. Om deze woorden kracht bij te zetten, vertelde Rizzo vervolgens dat tijdens de Professional Developers Conference in september van dit jaar meer informatie over de WinFS-technologie gegeven zal worden. Verder liet Rizzo weten dat Microsoft werkt aan een backport van WinFS naar Windows XP. Op dit moment is het nog onduidelijk of WinFS ook voor Windows Server 2003 beschikbaar gaat komen, de kans hierop is echter groot, omdat zowel Indigo als Avalon ook voor dat besturingssysteem ontwikkeld worden.
Doordat zowel Indigo, als Avalon, als WinFS beschikbaar zullen komen voor eerdere Windows-versies, is het onderscheidend vermogen van Windows Longhorn ten opzichte van de eerdere Windows-versies behoorlijk verminderd. Het voornaamste punt van verschil zijn de technologieën die onder de noemer Fundamentals vallen. Fundamentals is de codenaam van enkele technologieën die bedoeld zijn om de performance, veiligheid en betrouwbaarheid van Windows te verbeteren. Het is echter maar de vraag of Fundamentals voldoende zal zijn voor consumenten en bedrijven om een overstap van Windows XP of Windows Server 2003 naar Windows Longhorn te rechtvaardigen. Een overstap is echter wel nodig voor Microsoft, omdat het bedrijf het anders in een later stadium nog moeilijker zal krijgen klanten over te halen een nieuwe Windows-versie te gebruiken.