Op verzoek van de Public Patent Foundation gaat het Amerikaanse patentbureau opnieuw onderzoek doen naar patent 5.579.517, dat Microsoft in 1996 is toegewezen voor het FAT-filesysteem. Sinds december vorig jaar vraagt Microsoft aan hardwarebedrijven bedragen die kunnen oplopen tot 250.000 dollar om hun opslagproducten zoals CompactFlash als FAT te mogen formatteren. Tot nu toe zijn bekende open source besturingssystemen zoals Linux (waarin uiteraard ook ondersteuning aanwezig is voor FAT) nog buiten schot gebleven, maar Dan Ravicher - de advocaat die het verzoek heeft ingediend - vindt niet dat Microsoft de optie mag hebben om in de toekomst wél actie te ondernemen.
Volgens hem zou de softwarereus in de huidige situatie "onmeetbare schade" kunnen aanrichten binnen de free open source software community, door hen te verbieden om FAT te gebruiken of er plotseling geld voor te gaan vragen. Hoewel de meeste Linux-distributies al vele jaren gebruikmaken van de modernere bestandssystemen die de kernel te bieden heeft, is de ondersteuning van FAT nog hard nodig voor apparaten als USB-sticks, digitale camera's en mp3-spelers. Daarnaast beroept Ravicher zich op een drietal oudere patenten, die zouden aantonen dat de aspecten van FAT waarop Microsoft de rechten heeft al eerder bedacht waren door IBM en Xerox.