Dat de samenwerking tussen de iPod en iTunes niet altijd vlekkeloos verloopt is bekend - ondanks dat beide producten van Apple afkomstig zijn. Deze keer duikt er echter een probleem op dat twee maanden geleden ook al door Apple was aangepakt.
Mensen die in het bezit zijn van een iPod Shuffle uit de eerste generatie hebben problemen kunnen ondervinden bij het plaatsen van nieuwe liedjes op hun witte stickje. De combinatie van iTunes 6 en een nieuwe release van een aantal liedjes gooide in enkele gevallen roet in het eten, omdat de iPod Shuffle de nieuw toegevoegde deuntjes soms weigerde af te spelen. Ook waren er meldingen bij Apple binnengekomen over gevallen waarbij de iPod Shuffle niet meer als usb-apparaat zou worden herkend. Om al deze problemen te verhelpen heeft Apple de iPod Shuffle Reset Utility 1.0 in het leven geroepen.
Met de komst van iTunes 7.0 zijn de moeilijkheden echter weer net zo snel teruggekomen als ze zijn verdwenen. Hierdoor heeft Apple noodgedwongen de utility van een update naar 1.0.1 voorzien. Overstappen naar iTunes 7.0.2 zou volgens de hardware- en softwarefabrikant ook soelaas moeten bieden. Dit is echter niet het eerste probleem dat iTunes 7.0 met zich mee heeft gebracht, aangezien twee maanden geleden ook al meerdere iPods onbruikbaar werden door de mediaspeler. Gebruikmaken van het oudere iTunes 6 verhielp de problemen in sommige gevallen, maar minder fortuinlijke mensen zaten echter met een kapotte iPod en indien de garantie verlopen was, moest de bezitter zelf voor de reparatiekosten opdraaien.