De Dutch Power Cows, Tweakers' team voor distributed computing, zijn bezig met de organisatie van hun negentiende 'stampede'. In april wil het team massale rekenkracht inzetten voor onderzoek naar het nieuwe coronavirus, bij het Rosetta@Home-project.
Het Dutch Power Cows-team roept medetweakers op om de wetenschap een handje te helpen en zo wellicht een bijdrage te leveren bij de strijd tegen de pandemie. Bij zijn jaarlijkse stampede bundelt het team gedurende een maand zoveel mogelijk rekenkracht op één project. In het verleden ging dat bijvoorbeeld om projecten voor het modelleren van het universum, onderzoek naar medicijnen en de bestrijding van malaria.
Dit jaar verliep de aanloop naar de stampede anders dan verwacht. Het gedistribueerde project Folding@Home had een project opgezet om research te verrichten naar het coronavirus. De publiciteit leidde wereldwijd tot een enorme toevloed aan rekenkracht. Alleen al in week 12 kregen de Dutch Power Cows er bijna vierhonderd nieuwe users bij die wilden meehelpen met het rekenwerk aan het vouwen van eiwitten voor het coronaproject van Folding@Home. Het project is een enorm succes, maar de vraag was wat de DPC met de stampede zouden doen.
De DPC openden toch maar een stemtopic om de deelnemers de keuze te geven op welk project ze zich zouden storten, ook al leek dat een beetje mosterd na de maaltijd, want de uitkomst zou toch al vaststaan, dachten de initiatiefnemers. Maar dat liep anders. Het overgrote deel van de stemmers heeft gekozen voor Rosetta@Home. Ook dit project doet, op zijn manier, onderzoek naar het coronavirus. Rosetta@Home is een initiatief van het Baker Laboratory van de Universiteit van Washington. Het project draait al sinds 2005 en publiceert regelmatig resultaten die met behulp van distributed computing zijn behaald.
Onlangs meldde het project al succes. Met behulp van de Rosetta-suite voor moleculair modelleren, was de structuur van een belangrijk coronaviruseiwit voorspeld, weken voordat die vouwstructuur in het laboratorium was waargenomen.
De Dutch Power Cows hebben dus gekozen voor Rosetta@Home. De stampede begint op 1 april 2020 en duurt een hele maand. Week 13 wordt gebruikt om over te schakelen, de instellingen te testen en nieuwelingen te helpen. Rosetta@Home maakt gebruik van het Boinc-platform. Deelnemers moeten dan ook de Boinc-client installeren, Rosetta@Home als project selecteren en zich al dan niet registeren als nieuwe gebruiker.
Om deel uit te maken van de Dutch Power Cows is het nodig in te loggen op de website van Rosetta met je credentials. Je wordt dan doorgestuurd naar jouw account, waar je van alles kan instellen en ook een team kan selecteren. Wie zoekt naar Dutch Power Cows, met team-id 78, en 'Join Team' klikt, voegt zich aan de kudde toe. DPC waarschuwt dat personen toestemming moeten verkrijgen voor de inzet van machines die niet hun eigendom zijn, zoals op het werk.
Gebruikers hoeven niet allemaal weer over te schakelen van Folding@Home naar Rosetta@Home. In tegenstelling tot Folding@Home, dat gebruikmaakt van zowel de cpu als de gpu, maakt Rosetta@Home uitsluitend gebruik van de cpu. Wie voldoende resources heeft om in te zetten, kan de grafische kaart blijven gebruiken voor Folding@Home en een aantal processorcores toewijzen aan Rosetta@Home voor dubbele inzet in de strijd tegen covid-19.
Meer informatie staat in het starttopic '[Stampede 19] Back to Rosetta@Home' van de Dutch Power Cows.