Cookies op Tweakers

Tweakers maakt gebruik van cookies, onder andere om de website te analyseren, het gebruiksgemak te vergroten en advertenties te tonen. Door gebruik te maken van deze website, of door op 'Ga verder' te klikken, geef je toestemming voor het gebruik van cookies. Wil je meer informatie over cookies en hoe ze worden gebruikt, bekijk dan ons cookiebeleid.

Meer informatie

Folding@home laat gebruikers pc inzetten voor vaccin tegen coronavirus - update

Het Folding@home-project voor gedistribueerde rekenkracht gaat wetenschappers ondersteunen bij onderzoek naar SARS-CoV-2. Het project wil helpen bij het in kaart brengen van de structuur van een spike-eiwit van het virus, wat helpt om een vaccin te ontwikkelen.

Het Folding@home Consortium roept vrijwilligers op om de client te downloaden en mee te rekenen aan het project en potentieel bij te dragen aan het vinden van een vaccin voor SARS-CoV-2. De organisatie beschrijft dat de werking van SARS-CoV en SARS-CoV-2 sterk op elkaar lijkt. Bij beide virussen verloopt de infectie via de longen. Een eiwit aan het oppervlak van het virus hecht zich aan een eiwit van een menselijke longcel, om het virale genetische materiaal te injecteren in de cel.

Het eiwit van het virus is het zogenoemde spike-eiwit en die op de longcel is de ACE2-receptor. De wetenschap is bezig een eiwit te vinden dat kan voorkomen dat het spike-eiwit kan samensmelten met de receptor. Daarvoor moeten wetenschappers niet alleen de structuur van het spike-eiwit goed kennen, maar ook alle manieren waarop het eiwit kan vouwen en hoe het interacteert met de receptor. Folding@home zet zich nu in om de complexe modellen hiervoor te berekenen en de werking van potentiële antilichamen te analyseren.

Op 19 februari meldden Amerikaanse onderzoekers al een 3d-structuur van het spike-eiwit van SARS-CoV-2 opgesteld te hebben. Ze publiceerden hun werk in Science.

Het Dutch Power Cows-team heeft ook een groep die meerekent aan Folding@home.

Update, maandag 9 maart: De wetenschappers zijn de projecten nog intern aan het testen. De projectnummers worden 11741 tot 11746 en het lijkt erop dat het om projecten gaat die van de gpu-rekenkracht gebruikmaken.

Structurele vergelijking van 2019-nCoV S (SARS-CoV-2) en SARS-CoV S.Bron: Science

Door Olaf van Miltenburg

Nieuwscoördinator

04-03-2020 • 16:26

97 Linkedin

Reacties (97)

Wijzig sortering
Ik kan niet voor Cornavirus kiezen:
  • Any Disease
  • Alzheimer's
  • Cancer
  • Huntington's
  • Parkinson's
Weet iemand waar dat moet?

Edit1: Kijk naar de reactie van @RE1992

[Reactie gewijzigd door MiranoV op 4 maart 2020 16:55]

De directeur van Folding@Home geeft op Twitter aan dat je moet kiezen voor "Any Disease".
For those interested in contributing to the @foldingathome projects on COVID-19 / 2019-nCoV, please select the "Any Disease" category
https://twitter.com/drGregBowman/status/1234969901686640640

Volgens het twitter account van FoldingAtHome is er nog geen categorie maar wordt er aan gewerkt.
https://twitter.com/foldingathome/status/1234081499697369088
Je kan als gamer ook je eigen brein en visueel inzicht inzetten om zelf te helpen zoeken naar een oplossing! https://twitter.com/Foldit/status/1233510766336233473
Today we're calling on YOU to help design antiviral proteins against #coronavirus:
https://fold.it/portal/node/2008926
:/ Is hier op tweakers nog geen artikel over gepost?

Video die uitlegt waarom gamers hier beter in zijn dan supercomputers: https://youtu.be/JdBcpdH_ptA
Zelf ben ik jaren geleden overgestapt van folding@home naar FoldIt. Niet dat de ene partij beter of nuttiger is dan de andere (ze hebben allebei hun plek in de keten) maar ik doe graag zelf mee in plaats van alles aan mijn computer over te laten.

Voorbeelden van publicaties over vooruitgang bij retrovirussen mede mogelijk gemaakt door FoldIt:
Voor diegenen die hetzelfde probleem heeft als ik op Ubuntu 19.04, namelijk dat fahcontrol niet wil installeren, bij mij kwam het omdat een python-gnome2 dependency niet vervuld kon worden.
Dit kan je oplossen door:

deb http://nl.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic main universe

toe te voegen in /etc/apt/sources.list, al dan niet met het commando:

echo 'deb http://nl.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic main universe' | sudo tee -a /etc/apt/sources.list
deb http://nl.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic main universe

[Reactie gewijzigd door GoldenLeafBird op 4 maart 2020 16:52]

Een basic vraag, een hoop FAQ's gevonden maar nergens vind ik het team ID van de Hollandse Kracht Koeien vermekl...
Dank, de oude wiki uit 2007 klopt dus nog ;)

http://wiki.fok.nl/index.php/FAHhandleiding

Voor de fun vanavond mijn oude seti@home computers eens afstoffen en een kijken watt voor output ik eruit kan krijgen (in vergelijking met mijn huidige laptop).
Met cpu doe ik niet veel, met gpu's wel.
Leuk hoor al die mensen die Team 92 roepen, maar dit zou gewoon ergens te vinden moeten zijn (pinned topic oid?). Ik twijfelde of ik nog wel een team wou joinen omdat ik het niet kon vinden. Maar goed, Team 92 it is...
Ook ik zou graag DPC joinen op een of andere manier, maar geen idee hoe. Op GoT kon ik zo snel niet de juiste plek vinden
Op BOINC kun je een team joinen. Als je het team eenmaal gevonden hebt zit het knopje ergens verstopt (gewoon blauwe klikbare link). Als ik me het goed herinner staat er iets van Join This Team.
Maar dit gaat over folding@home, niet boinc. Of zijn die twee uitwisselbaar?
Ik zit sinds gisteren bij rosetta@home enkele andere projecten draaien ook via de software van BOINC. Ik zie nu dat folding@home niet hierop draait. Dus dan had mijn commentaar niet zo veel zin. ;(
In het "configure" scherm kan je een teamnummer toevoegen. DPC is team 92.
In de client kun je team ID 92 opgeven.

EDIT:
Spuit 11 :X

[Reactie gewijzigd door CH4OS op 15 maart 2020 18:42]

THE DUTCH POWERCOWS voor de onbekende.
Goed initiatief, wellicht binnenkort maar eens proberen! ;)
Niet binnenkort, nu! :-)

Start hier
En kies voor team nr: 92
@MarElo

Goed dat je hebt aangegeven welk team te joinen. Net mij daarvoor ook aangemeld.
Wat leven we toch in een tijd dat dit allemaal mogelijk is. Door je eigen apparaat thuis in te zetten en mee te helpen samen met een grote groep andere machines die berekeningen maken. Dit met als einddoel een vaccin te 'berekenen' voor een virus.
Dit bestaat al zeker 15 jaar. Toen zag ik het bij een vriendje thuis. Persoonlijk snap ik het niet zo goed, want het inzetten van een supercomputer lijkt me veel efficiënter qua stroomverbruik, rekenkracht etc.
Niet iedere onderzoeker heeft een supercomputer op z'n buro staan. Die dingen zijn duur en ik ga er van uit dat er nogal wat levertijd op zit.
Grote Pharma bedrijven hebben veel geld, de eerste die met een vaccin komt kan het misschien patenteren of er heel leuk geld mee verdienen.
Juist daarom zou je juist dit project moeten steunen zodat het vaccin goedkoop voor iedereen beschikbaar komt
is er dan al een uitspraak wat er gebeurt als ze het antwoord vinden?
Er zijn zo veel projecten die je kan steunen. Laat het nu voor iedereen een vrije keuze zijn wat en wie ze willen steunen.
Maar het publiek helpt gratis, een supercomputer heb je niet zo even tot je beschikking.
Ik denk voor iets waar zoveel media aandacht over is dat ze wel even een supercomputer ter beschikking kunnen stellen?
Het is niet zo dat die voor het oprapen liggen. Supercomputers worden ook gebruikt voor ander belangrijk onderzoek, zoals het genezen van AIDS of kanker. En wellicht worden deze al gebruikt.

Dit is enorm veel gratis rekenkracht wat je krijgt, en echt alle kleine beetjes helpen, hoe meer rekenkracht, hoe sneller er een doorbraak kan zijn.
Je moet doorgaans vele maanden wachten voordat er een gaatje vrij is op een supercomputer. We hebben er als mensheid echt veel te weinig van en ze zijn zo'n beetje allemaal tot de nok toe volgeboekt.
Door thuisgebruikers te laten rekenen, heeft F@H een rekenkracht die zo'n 10x zo groot* is als de grootste supercomputer. Iedere dag. Gratis**. Daarom bestaan dit soort projecten op deze manier.

*Dat was in ieder geval een aantal jaartjes terug zo. Ik zou nu moeten zoeken of die gegevens nog ergens terug te vinden zijn en actueel zijn. Huidig staat: linkje

**Je hebt natuurlijk wel je kosten aan de eigen servers die al het werk uitgeven, binnenhengelen, valideren, websites, projectonderhoud, etc., etc. Maar dat is een fractie van de kosten die ze kwijt zouden zijn als ze _een_ supercomputer zouden inhuren.

[Reactie gewijzigd door Bubbles op 6 maart 2020 22:32]

Voor de organisatie is het juist voordeliger om het op deze manier uit te besteden. Lager kosten qua stroomverbruik en aanschafkosten.
Precies, en als je een supercomputer koopt moet je hem iedere zoveel tijd upgraden om hem echt super te houden. Om maar niet te spreken over de software updates en ander onderhoud.

Als de bovengemiddelde consument (de doelgroep hier) dit nu al zelf doet, scheelt dit echt een pak werk.
En wie gaat dat dan betalen? :P

Verder denk ik dat je op deze manier ook best wel een hele bak computing power krijgt, maar het is uiteraard minder efficiënt.
wij allemaal zijn toch ook een supercomputer...
Vroeger throttelnde pc's niet zoals nu, er ging veel rekenkracht per definitie verloren waardoor het nuttiger gebruikt kon worden. Daarnaast kun je 100euro aan een goed doel schenken, maar met 100 euro stroomkosten weet je zekerder dat het nuttig gebruikt word 😉
In een supercomputer produceert het stroomverbruik afvalwarmte, daarbovenop is een redelijk percentage van het stroomverbruik van zo'n supercomputer het koelen zelf, schreeuwende fans en airco.
Thuis helpt die extra warmte je huis op te warmen. Elke watt die je verbruikt is een watt die je centrale verwarming niet hoeft op te branden. Dat electriciteit 10x meer kost per joule dan gas/olie is jou donatie aan het project.

Waarom bestaan supercomputers dan?
Sommige problemen eisen duizenden cores die op hoge snelheid met elkaar moeten communiceren, in supercomputers is >100gb/s de norm (infiniband).
Folding is niet zo'n probleem, hier kunnen duizenden computers over het relatief trage internet samenwerken.
Mijn eerste reactie was: SETI! (Search for ExtraTerrestrial Intelligence)

Dat bestaat nog veel langer dacht ik.

Maar om dezelfde reden een sympathiek initiatief om data te kraken. :)
Ik zie nog steeds geen optie in fold@home voor het virus alleen alzheimer cancer Huntington en parkinson.
Kies 'Any disease' voor nu. Eigen categorie wordt aan gewerkt!
Hoe werkt het precies als er een vaccin op deze manier gevonden word? Lopen farmaceutische bedrijven dan weg met enorme winsten? Dat zou ethisch niet echt oké zijn gezien allerlei mensen hebben geholpen met het oplossen.
Ik denk dus precies hetzelfde. Wel input leveren voor een oplossing, maar als de oplossing er komt, wat dan, krijgt men een vergoeding, lopen de farm. industries ermee weg?
Link het aan cryptocoin Banano.

Zo krijg je banano coins door folding@home te gebruiken :) even hun website doorlezen, de how to.
Dit gaat veel verder dan geld en belangen.
Zelfs alle Ethiek vormen komen in het geding. Denk je dat ze in China gaan wachten tot het getest is op ratten/apen? Of dat het alle klinische testen heeft doorlopen? Ik zeg het je, daar wachten ze niet op. Gemiddeld duurt het tussen 8 en 10 jaar vóór een vaccin/medicijn. Dat ze nu proberen om het in 2 jaar te doen, is al enigzins een uitdaging.

Het gaat om het zo snel vinden van een vaccin !
Ik hoop wel dat folding@home dit niet onderliggend gebruikt vóór wat anders om nog meer te verdienen. Maar los daarvan, alles kan helpen.
En een aankomende meteoor is "slechts een rotsblok".
En hara kiri is gewoon een vorm van acupunctuur?
Ik vraag me af of rekenkracht hier wel het gene is waar niet genoeg van is.
Het is een virus wat nu een wereldwijd probleem wordt/is en gezien het zo enorm veel aandacht krijgt, dan moet er toch wel ergens op de wereld een organisatie/overheid/verenigde naties zijn die de simulaties "even" in een supercomputer kan stoppen om de hele wereld een eind te helpen?
Dan moet een overheid wel reageren en een opzet geven om te zeggen dat ze een supercomputer ter beschikking willen stellen.

Zolang dit niet het geval is, hangt men af van de gebruikers thuis die de rekenkracht van de eigen PC willen inzetten.
Hoe weet je of die software ook daadwerkelijk bijdraagt aan een vaccin ipv dat het bijvoorbeeld bitcoins aan het minen is?
Bit coin minen is niet interessant meer, dus daar kun je gerust op zijn. Daarnaast is het een stukje vertrouwen, zolang je het maar van de officiële bron haalt kun je er 99.9% zeker van zijn dat het de wetenschap enorm helpt.


F@H heeft bij elkaar "98.7petaFLOPS as of June 2019"
Das toch leuke rekenkracht 😉
98.7 petaflops lijkt me toch zeker wel interessant voor bitcoinmining als je die vrijwel gratis tot je beschikking hebt.
als ik mijn berekening goed doe, kom ik op 20 dollar per dag " woe-hoooo" :+

Het bitcoin netwerk is nu 80,704,290.84 Petaflops,

144 blocks per dag a 12,5btc/st welke per bitcoin ~ 9100 dollar op moeten leveren....

Als je graag rekenkracht nuttig gebruikt doe dan is een stap om het bitcoin netwerk nuttig te maken... IBM summit, de grootste supercomputer nu is " slechts" 200 petaflops... tegenover ~ 80 miljoen voor het bitcoin netwerk.

[Reactie gewijzigd door aadje93 op 5 maart 2020 22:26]

Als je de stroomkosten en hardware niet moet betalen is bitcoins minen natuurlijk wel interessant he... da’s een no-brainer.
Als ik de bitcoins mine op jouw PC zijn ze voor mij zo goed als gratis. Dus dat is zeker de moeite waard.
Zie mijn 2e reactie, het hele netwerk zal slechts een dollar of 20a 30 opleveren per dag, dat is de moeite en reputatieschade niet waard


Om te kunnen reageren moet je ingelogd zijn


Apple iPhone 11 Microsoft Xbox Series X LG OLED C9 Google Pixel 4 CES 2020 Samsung Galaxy S20 4G Sony PlayStation 5 Nintendo Switch Lite

'14 '15 '16 '17 2018

Tweakers vormt samen met Hardware Info, AutoTrack, Gaspedaal.nl, Nationale Vacaturebank, Intermediair en Independer DPG Online Services B.V.
Alle rechten voorbehouden © 1998 - 2020 Hosting door True