Eiwitvouwers ontwikkelen geheugentest voor ATI-kaarten

Om te kunnen garanderen dat Folding@Home-inzendingen correct berekend zijn, hebben de ontwikkelaars van het project een softwaretooltje ontwikkeld waarmee de integriteit van het videokaartgeheugen kan worden geverifieerd.

Het distributed computing-project Folding@home zendt zijn deelnemers stukjes data toe, die vervolgens met behulp van de overcapaciteit aan rekenkracht van de gebruiker worden geanalyseerd. Met de resultaten wordt geprobeerd om een beter begrip van eiwitten en hun functies te krijgen. In toenemende mate wordt deze rekenkracht door videokaarten geleverd: de parallelle processors in gpu's zijn zeer geschikt voor de verwerking van de bewuste informatie. Het F@H-team wil echter zeker weten dat de aangeleverde resultaten correct zijn, en ontwikkelde daartoe een geheugentest voor grafisch geheugen.

Aanleiding is het overklokken van videokaarten: daarbij wordt niet alleen de gpu, maar ook het geheugen overklokt. De kans op fouten in de berekende data neemt daardoor toe. Voor Nvidia-kaarten werd daarom al MemtestG80 ontwikkeld. De organisatie heeft die software nu geschikt gemaakt voor OpenCL-videokaarten, zodat ook het gddr-geheugen van ATI-kaarten op fouten gecontroleerd kan worden. De ATI-versie werd MemtestCL gedoopt en vergt uiteraard OpenCL om te functioneren. Daarmee is voor gddr-geheugenkaarten nu een volwaardige equivalent van Memtest beschikbaar.

Reacties (47)

[Jejking]

Het is alleen jammer dat de bouwers geen rekening hebben gehouden met een paar dingen: 1. GDDR5 (gebruikt op de ATi HD4xxx en 5xxx, nVidia GTX4xx-reeks) is error-correcting. Als je te ver overklokt zal alle data opnieuw aangevraagd en berekend worden net zo lang tot dat het goed gaat. Resultaat: je merkt geen fouten maar enkel een performance decrease. Om GDDR5 dus te checken heeft dit tooltje geen enkel nut omdat het geen bandbreedte weergeeft.

2. De praktische kant van het verhaal. Telkens die settings goedzetten is nou niet bepaald een leuk klusje voor iemand die flink aan het overklokken is geweest. Maar ja, v1.0 kan altijd nog opgevolgd worden door een 1.1

[dcm360]

2. De praktische kant van het verhaal. Telkens die settings goedzetten is nou niet bepaald een leuk klusje voor iemand die flink aan het overklokken is geweest. Maar ja, v1.0 kan altijd nog opgevolgd worden door een 1.1

De oplossing: men make een script (een .bat bijvoorbeeld) die de instellingen via de commandline doorgeeft. 1 keer wat meer moeite en in het vervolg alleen je script starten et voila

[Verwijderd]

ze kunnen vast wel meten hoeveel herberekeningen/opnieuw aangevraagde data er is aangevraagd lijkt me, en met wat analytics berekenen hoeveel snelheid je verliest, en daarmee je optimale overklok. Dat is lastig maar ze zijn niet voor niks programmeurs

[Reactie gewijzigd door Verwijderd op 23 juli 2024 08:33]

[Pesu]

Folding@Home is toch het aantal eiwitten berekenen oid?
Kan iemand mij het uitleggen?

[StanPC]

Folding@Home is een project om te bepalen hoe structuren van eiwitten in elkaar kunnen zitten. De primaire structuur van eiwitten is vrij gemakkelijk te bepalen: de DNA sequentie vinden die voor het eiwit codeert en vervolgens die DNA sequentie vertalen naar aminozuren. Alle aminozuren achter elkaar bepalen de primaire structuur van eiwitten.

Over de secundair en tertiaire structuur van veel eiwitten is echter nog weinig bekend. Het vergt heel veel rekenkracht om die structuren (vouwingen: helices, beta-sheets etc.) te bepalen. En dan nog is het onzeker of die berekening klopt (computeranalyses m.b.t. eiwitstructuren worden nog steeds niet als zekerheid beschouwd).

Eiwitinteracties met andere eiwitten in de vorm van quaternaire structuren of andere interacties tussen eiwitten zijn nog moeilijker te voorspellen. Conformatieveranderingen door enzym - substraat interactie zijn nog weer een stap verder.

De overvloedige rekenkracht van al deze computers wordt gebruikt om deze interacties en vouwingen te berekenen. Zo bespaart de universiteit miljoenen, en kunnen in de toekomst betere en meer gerichte medicijnen worden gevonden, die specifiek zijn voor een enzym.

[Pesu]

ok bedankt allemaal.

[Bastien]

Ze bestuderen het vouwen van eiwitten en wat eiwitten doen. Zie voor wat meer info de wiki van DPC: http://wiki.dutchpowercows.org/index.php/Folding%40Home.

[Reactie gewijzigd door Bastien op 23 juli 2024 08:33]

[wildhagen]

Nee, niet zoeer het aantal eiwitten, maar meer hoe ze zich gedragen (vouwen) in diverse situaties. Zie voor een volledige uitleg deze pagina.

Voor verdere vragen, die hier niet echt heel erg thuis horen, kan je op het forum van DPC terecht, die doen ook aan Folding@Home (naast tientallen andere projecten).

[WoBBeL]

Gebeurt zoiets op de achtergrond automatisch als je Folding@Home start of installeert? Of moet de gebruiker dat zelf doen?

[Scripted]

Ik denk dat de gebruiker het zelf moet doen, als er namelijk geen openCL is geïnstalleerd werkt dat memtest tooltje van 1,5MB niet.

OpenCL wordt geleverd bij de Ati Stream SDK en die is 120MB. En die is niet eens compatibel met alle huidige grafische kaarten. Dus ik denk niet dat dat vanzelf gebeurd.

[Xesxen]

meestal zit er bij de software de benodigde DLL-bestanden meegeleverd om te zorgen dat de software zijn werk kan doen.

[Scripted]

Bij memtestCL niet, daar wordt de OpenCL.dll niet meegeleverd.
En als je dus de error missing "OpenCL.dll" krijgt staat er duidelijk in de ReadMe dat je de atistreamsdk moet installeren.

En die werkt dus niet eens met alle ati kaarten.

[Damic]

Euhm zit OpenCL niet mee in de drivers gebakken, anders ben je nog niets met je kaart als je alleen de drivers installeert (lekker stabiel)

[Scripted]

Bij de driver van Nvidia wel, bij Ati zit de OpenCL.dll etc er helaas nog niet in.
Daarom moet je dus de Ati Stream Sdk installeren.

[Verwijderd]

Bij het installeren van ATI drivers wordt deze standaard mee geïnstalleerd. Bij een custom install kun je kiezen dit programma niet te installeren.

Ik zet dit altijd uit, want ik hou absoluut niet van extra services die op de achtergrond dingen doen waar ik geen vat op heb. Ookal zou je er geen 'last' van hebben...

[Gijs007]

wanneer gaat folding@home gpu client nou eigenlijk zelf opencl ondersteunen?

[DarkJack]

werken ze aan in hun GPU3 client, maar momenteel zijn ze bezig met die te optimaliseren voor CUDA voor Fermi kaarten. CUDA is nog altijd sneller dan OpenCL dus ze focussen daar op.

[humbug]

Beetje rare redenering. Een power 7 is ook sneller dan een x86 chip. maar toch focust men daar niet op. Ik gok dat het meer te maken heeft met marktaandeel (hoeveel CUDA chips zijn er in het wild) dan dat het ietsje sneller is.

Als er veel meer ATI kaarten dan nVidia kaarten zouden zijn en die zouden eenvoudig te programmeren zijn (lees: alle benodigde tools in de driver ingebakken) zou men waarschijnlijk eerst de ATI markt bedienen zelfs al is die chip misschien iets trager.

[SandStar]

Zodra dat dezelfde snelheid opleverd. Momenteel is de opencl implementatie langzamer

[Jeroen]

Het lijkt me wel zo handig dat bij zulke dingen de resultaten correct zijn, bij games maakt het niet heel veel uit of er een paar pixels afwijken. Ik vraag me af of ze hebben besloten dit te maken nadat ze merkten dat er daadwerkelijk foute resultaten zijn ingeleverd.

[Reactie gewijzigd door Jeroen op 23 juli 2024 08:33]

[paazei]

Lijkt me dan ook handig om de resultaten zoieso te controleren op fouten.
Met of zonder geheugentest zal dit de resultaten nog betrouwbaarder maken en dat lijkt me met dit onderzoek noodzakelijk.

[Swerfer]

Ik denk dat elk gevonden 'nuttig' eiwit zowieso meerdere malen opnieuw wordt doorberekend voordat het eiwit daadwerkelijk wordt gemaakt en getest...

[witchdoc]

Maar mogelijk wordt iets NIET gevonden door een geheugenfout en dan zal het niet zo snel nog eens getest worden.

[wildhagen]

Nu ben ik niet 100 procent met Folding@Home bekend, maar is het niet zo dat een workunit door meerdere clients gedaan moet zijn, waardoor te verifieren is of de uitslagen overeenkomen?

Bij andere projecten (bijv Human Proteome Folding, Help Conquer Cancer en Fight Childhood Cancer) is dat wel het geval namelijk

[Mentalist]

Het lijkt me wel zo handig dat bij zulke dingen de resultaten correct zijn, bij games maakt het niet heel veel uit of er een paar pixels afwijken.

Daar hoeft het niet bij te blijven. Wat dacht je hiervan?

http://yfrog.com/1fgta3graphics1704j
http://yfrog.com/gigtavcgrondraarj

Goed, of dit specifieke geval door videogeheugen kwam weet ik niet zeker, maar een enkel omgevallen bitje kan alles in de war sturen, ook in een spel. Toegeven dat het spel in dit geval nog speelbaar is, maar voor hetzelfde geld loopt de game simpelweg vast.

[weballey]

Net even geprobeerd met mijn 4870 met 512MB. De test loopt zonder fouten, maar zo te zien wordt er maar 128MB getest? Wellicht voldoende voor F@H, maar als geheugentest voor de videokaart dus niet compleet.

[Jack Flushell]

Lees de README
Daar staat hoe je alles kunt testen.

[weballey]

Even wat geprobeerd, maar ik kan niet alles testen, maar slechts maximaal 264MB. Er zal natuurlijk wel wat in gebruik zijn door windows, maar 248MB lijkt me toch wel wat veel.

[weballey]

Hoezo offtopic/irrelevant? Het programma doet slechts beperkt wat het zegt te doen. Het is wellicht nuttig qua testen of F@H goed zal werken. Maar als test van videogeheugen is het gewoon onbruikbaar. Zeg nou zelf, wat voor nut zou memtest hebben, als je amper de helft van het geheugen kunt testen?

[Manatwork]

Kan iemand mij vertellen of dit soort programma's geen kwaad kan voor de levensduur van de videokaart? Die zijn neem ik aan niet ontworpen voor continu 100% belasting en dat krijg je volgens mij wel op deze manier.

[Gwaihir]

Dat kun je neem ik aan naar wens instellen. Dat kan bij de CPU client in elk geval wel. Ik liet die op de meeste computers tot 80% gaan. Dat kwam de reactiesnelheid op voorgrondtaken ten goede en voorkwam dat de ventilatoren irritant hard gingen loeien.

[imacbest]

Worden wetenschappers armer of stoppen de subsiedies omdat ze nu "gewone" mensen nodig hebben voor hun projecten?

[Bastien]

Distributed computing bestaat al een jaar of 30 en de 'gewone' mens kan daar ook al vele jaren aan meewerken. Heeft niets met armer of subsidies te maken maar een universiteit kan nooit zoveel systemen daarvoor aanschaffen als ze met DC (kunnen) bereiken.

[DarkKnight]

Ja, relatief gezien worden de projecten duurder en ja, grants vallen niet uit de lucht. Maar wat vooral de reden is, is dat het gewoon veel goedkoper is om veel rekenkracht te krijgen. Voor een onderzoeker is rekenkracht erg duur. Waarbij vooral langdurige, complexe berekening zoals eiwitvouwing veel tijd, veel rekenkracht en dus veel geld kosten. Op deze manier kan je als onderzoeker veel rekenkracht 'krijgen' zonder er veel voor te moeten betalen.

[Leon Helmink]

Deze manier van onderzoek doen vereist nog steeds de nodige financien. Alleen zal het op deze manier nog wel goedkoper zijn dan wanneer men dezelfde hoeveelheid data wil analyseren op supercomputers en daar schaarse rekentijd voor moet aankopen.

Hier een kleine vergelijking/uitleg: http://www.genomeweb.com/blog/supercomputer-vs-cloud

[Reactie gewijzigd door Leon Helmink op 23 juli 2024 08:33]

[Xesxen]

Als er mensen zijn die hun computer beschikbaar stellen voor te rekenen, scheelt het toch weer. Zo zou je een datacenter minder hoeven te bouwen, omdat de rekencapaciteit misschien wel eens overeen zou komen met dat van een hoop thuiscomputers.

[wootah]

Er was al eerder een tooltje om nvidia kaarten te controleren op geheugen fouten.
Het was echter niet zo uitgebreid als dit tooltje, bovendien crashte het ook nog eens bij mij
was de aller eerste zover ik weet, maar kan hem nu niet meer vinden

Eindelijk een goede test om het geheugen van je videokaart te testen, want dat kan natuurlijk ook stuk

trouwens, ik vond net ook nog eens deze: http://sourceforge.net/projects/cudagpumemtest/

[Nightjar]

Het zou nou mooi zijn als nVidia en ATI bij het installeren van de software of als gewone update, je zou vragen om mee te doen met dit soort producten.
Gewoon uit het oogpunt van Gaming for Science oid.