Het iPhone Dev Team heeft een nieuwe versie van zijn PwnageTool uitgebracht, waarmee iPhone OS 3.1 gekraakt kan worden. De jailbreak werkt echter niet op toestellen die Apple al van firmware 3.1 voorzien heeft.
PwnageTool 3.1.3 kan overweg met de iPhone 3GS en de iPod touch 2G op voorwaarde dat de apparaten gekraakt zijn toen zij besturingssysteem 3.0 of 3.01 draaiden. Nieuwe iPhones die reeds verkocht worden met firmware 3.1 kunnen dus niet met de nieuwe PwnageTool worden gekraakt, en de derde generatie iPod touch-modellen die standaard met firmware 3.1 worden geleverd evenmin. De software is verder alleen onder Mac OS X beschikbaar, al belooft het iPhone Dev Team dat het in de nabije toekomst ook zijn QuickPwn-applicatie voor Windows-gebruikers van een update zal voorzien.
Dat niet alle iPhones en iPod touches gekraakt kunnen worden, is het gevolg van het feit dat de eerdere exploits waar de PwnageTool gebruik van maakte, in versie 3.1 zijn verwijderd. Bovendien is het niet mogelijk om op apparaten die firmware 3.1 draaien, te downgraden naar eerdere firmware-versies. Reden hiervoor zijn aanpassingen aan de baseband die uitsluitend werken in combinatie met versie 3.1 van Apples mobiele OS.