Apple zou door een conflict met enkele platenfirma's wel eens zijn prijsmodel kunnen aanpassen of nummers uit zijn assortiment kunnen schrappen in de Amerikaanse iTunes Music Store. De vaste prijs van 99 dollarcent voor een muzieknummer kan in ieder geval bij twee maatschappijen op weinig steun meer rekenen. Volgens Warner en Sony-BMG zou populaire nieuwe muziek beter voor een prijs van bijvoorbeeld 1,49 dollar per nummer verkocht kunnen worden en oudere muziek voor prijzen onder de 99 cent. Het zijn geluiden die al langer bij verschillende marktpartijen te horen zijn.
Apple zou vooral van de muziekverkoop profiteren doordat de afzet van zijn iPods hierdoor flink toeneemt. De platenmaatschappijen willen meer invloed op de verkoopprijs, omdat zij in tegenstelling tot Apple volledig van de muziekverkoop afhankelijk zijn. Overigens krijgen de platenlabels zo'n 70 procent van de verkoopopbrengst. In Japan, waar onlangs een iTunes Music Store werd geopend, heeft Apple nog geen overeenkomst met Warner en Sony voor de verkoop van hun muziek. Voor de Verenigde Staten lopen de bestaande contracten in 2006 af en zullen de nieuwe onderhandelingen mogelijk leiden tot een ander prijsbeleid.
Andere platenmaatschappijen lijken zich overigens nog wel te kunnen vinden in Apples beleid. Volgens Universal is het op dit moment vooral belangrijk zoveel mogelijk consumenten over te halen hun muziek online te kopen. Een analist van marktonderzoeker Gartner waarschuwt de maatschappijen dat juist iTunes van grote waarde is voor de industrie. Overigens bestaat niet alleen over de prijs onenigheid. De muziekindustrie ziet liever dat de iTunes-software en iPod-spelers worden opengesteld voor concurrenten, zodat gebruikers minder afhankelijk worden van één aanbieder. De sterke positie die Apple heeft dwingt daar vooralsnog niet toe.