DPC: gezamenlijk vechten tegen kanker

Op 7 juni vorig jaar werd er met trots gemeld dat we met DPC door de 100 miljoen punten zijn gegaan bij het DC project van UD-Grid. Nu, één jaar verder, kunnen we met nog veel meer trots melden dat we de volgende formidabele mijlpaal hebben gehaald, namelijk 200 miljoen punten. Waar we over de eerste 100 miljoen punten ruim twee jaar hebben gedaan, hebben we nu dus evenveel punten in één jaar tijd kunnen behalen. Wat deze versnelling ons het afgelopen jaar heeft gebracht lees je verderop, nu eerst wat informatie over dit project.

Het UD-Grid project

In april 2001 is gestart met het United Devices (UD) Cancer Research Project. Dit non-profit programma zoekt naar medicijnen tegen verschillende varianten van kanker. Dit doet men bijvoorbeeld door de opbouw en afbraak van kankercellen te onderzoeken. Dit gebeurt door moleculen te selecteren die op een bepaalde manier reageren met vooraf geselecteerde eiwitten. De UD client simuleert deze reacties en stuurt de resultaten terug naar de servers van UD. De uitslagen daarvan kunnen dan in een later stadium verder onderzocht worden.

In de zomer van 2002 is de eerste fase van het project (THINK) afgesloten en is begonnen met de tweede fase (LigandFit). De moleculen die in de eerste fase van het project grof gefilterd zijn, worden nu opnieuw bekeken en aan andere, uitgebreidere onderzoeken onderworpen. Daarnaast loopt er ook een project dat onderzoek naar smallpox (pokken) doet. Dit staat los van het kankeronderzoek en hieraan kan optioneel worden meegedaan. DPC doet sinds het prille begin mee met het project en heeft altijd in de hogere regionen van de statistieken gestaan. Een jaar geleden stonden we negende en leek het erop dat we in de loop der tijd langzaam zouden zakken. Hoe anders is dit verlopen.

Het afgelopen jaar

Na het nieuwsbericht over de 100 miljoen mijlpaal werd DPC overspoeld met nieuwe leden, in totaal bijna 200. Tegelijkertijd werden we ingehaald door het team van DSL Reports, maar de achtervolging kon beginnen. Het bleek namelijk al snel dat alle nieuwe leden voor een flinke stijging in de output zorgden. In plaats van de vertrouwde negende plaats daily stonden we een paar weken later doorgaans zesde. Het duurde dan ook niet lang of we konden weer een plaatsje terugpakken, ten koste van [H]ardOCP. De rust keerde even terug en we werden zelfs opnieuw bedreigd, ditmaal door IBM Internal. IBM is sponsor van het smallpox project en doet hier ook actief aan mee. Het bleek dat DPC niet tegen deze blauwe reus op kon en in oktober zakten we wederom naar plaats tien. Maar uiteraard gaven we de moed niet op en rond de jaarwisseling kwam daarvoor de beloning. Kort achtereen waren het Japanse Techside.net en Hungary de klos en steeg DPC naar de achtste positie.

Op dit moment staan we hier nog steeds. Pal achter DSL en IBM, in wiens slipstream we redelijk mee konden komen. Sterker nog, in de dagelijkse standen staan we er tegenwoordig zo nu en dan voor. Graag zouden we in het totaalklassement verder stijgen, maar dit kan zoals het er nu naar uitziet nog wel een jaar of twee duren. Een nieuwe impuls zou dan ook zeer welkom zijn.

Meedoen?

Wie dit kankeronderzoek als een mooi project ziet om zijn pc voor in te zetten en graag meehelpt om DPC verder omhoog te krijgen, kan dit doen door de UD-client te installeren. Het programma is zo ontworpen dat het alleen maar gebruik maakt van de idle-time van je processor. Aan andere programma's op de computer wordt dus altijd voorrang gegeven. Ook als er niet veel van de computer gebruik wordt gemaakt heeft dit toch een groot effect als er veel mensen zijn die dit allemaal doen. Immers, vele kleintjes maken één grote. Dit kleine landje heeft al bewezen groot te zijn in Distributed Computing-projecten, maar daar hebben we wel hulp bij nodig.

Hier staan de instructies voor het installeren en instellen van het programma. Daarna is het alleen maar een kwestie van de computer aan laten staan om DPC te helpen. Voor verdere vragen kan men altijd terecht op ons forum op GoT, bijvoorbeeld in de laatste hitparade.

Reacties (58)

[Verwijderd]

O mensen hij is er dan eindelijk hoor.
En dat bij een project met een erg zinnig doel.

Graag wil ik alle DPC leden feliciteren met het behalen van deze mijlpaal en dat er maar snel weer meer mogen volgen.
Als we de groei van het afgelopen jaa vast kunnen houden dan kunnen we volgend jaar melden dat we de 400M gehaald hebben.
Zie voor de grafiekjes ook de hitparade van vandaag.

[JDVB]

Ik heb toch ook enkele bedenkingen bij dit programma.

Mijn AMD Athlon XP 2600+ @ 3200+ staat gelijk aan een P4 1.5Ghz

Als netwerkkaart pakt ie mijn firewire i.p.v. mijn gebruikte netwerkkaart, en dat is dan wel 45% van wat een 100Mbit netwerkkaart doet

m.a.w. de score die ik ga krijgen gaat niet in de buurt komen van de score die ik verdien! Wel een beetje jammer (kom nu maar op 130, dacht dat ik wel in de buurt zou moeten kunnen komen bij de 200).

En zoals eerder vermeld begint ie met het verkeerde project. Dit is niet gebruiksvriendelijk. Om van profiel te wisselen heb ik het programma maar verwijderd en opnieuw geïnstalleerd (wil toch helpen) om het goede profiel te krijgen en dat ding te laten stoppen met dat andere project (en om de 10Gb hardeschijf ruimte toegewezen te krijgen).

Wat mij betrefd mogen ze dat programma dan ook best wel aan passen!

[Mist]

Je hebt hierbij deels gelijk.

Mijn AMD Athlon XP 2600+ @ 3200+ staat gelijk aan een P4 1.5Ghz

Alleen de eerste keer staat de processorscore op 100. In het vervolg zal de client bij het wisselen van taak een korte benchmark doen, waarbij de score vast hoger zal uitvallen

Als netwerkkaart pakt ie mijn firewire i.p.v. mijn gebruikte netwerkkaart, en dat is dan wel 45% van wat een 100Mbit netwerkkaart doet.
m.a.w. de score die ik ga krijgen gaat niet in de buurt komen van de score die ik verdien! Wel een beetje jammer (kom nu maar op 130, dacht dat ik wel in de buurt zou moeten kunnen komen bij de 200).

Dit is vrij onduidelijk in de client, maar feitelijk is dit je uploadsnelheid. En waar bij de proc 100 een gemiddelde is, is het hier het theoretisch maximum. Dus daar zit je altijd onder. Het lijkt er dus op dat je score laag is, maar met de betere procscore zal het nog wel wat bijtrekken.

En zoals eerder vermeld begint ie met het verkeerde project. Dit is niet gebruiksvriendelijk. Om van profiel te wisselen heb ik het programma maar verwijderd en opnieuw geïnstalleerd (wil toch helpen) om het goede profiel te krijgen en dat ding te laten stoppen met dat andere project (en om de 10Gb hardeschijf ruimte toegewezen te krijgen).

Wat mij betrefd mogen ze dat programma dan ook best wel aan passen!

Hier heb je zeker gelijk in, ik vind het ook niet fijn dat smallpox standaard aan staat. Blij dat het inmiddels gelukt is om het aan te passen. Verbetering is dus zeker mogelijk ja.
Maar hoop dat het met de scores nu iig wat duidelijker is. Welkom bij DPC dus en hopelijk nog veel plezier

[Verwijderd]

de score die ik verdien!

Iedereen krijgt minder dan die eigenlijk verdient. That's life.

[gammuts]

Ik zie zo snel alleen Windows binaries. Count me out!

Verder is United Devices dacht ik een bedrijf en ik ga mijn cpu-cycles niet weggeven aan een instelling die winst als drijfveer heeft...

[tweaktubbie]

Verder is United Devices dacht ik een bedrijf en ik ga mijn cpu-cycles niet weggeven aan een instelling die winst als drijfveer heeft...

Tja, welk distributed computing project heeft geen commerciele (bij)betekenis? Liever een bedrijf dat het medicijn vindt, dan dat niemand iets tegen de ziekte vindt. Wat zegt UD hier zelf over:

*sjek this linkje*:

"Are you going to sell the results of this project to large pharmaceutical companies?
No. The results of this study are the intellectual property of the University of Oxford and the National Foundation for Cancer Research, who will make the scientific findings of this project available to the greater scientific community."

Lijkt me genoeg reden om te gaan installeren

[Fear-factoR]

Bovendien vermeld de DPC FAQ op dit punt het volgende;

Het moet een non-profit project zijn.

[gammuts]

Wat mij betreft `ruikt' dit naar winstbejag ook al heb ik je verwijzing even gelezen. Het is een gevoel en geen argument meer. Bedankt voor je verwijzing.

Ik houd het gewoon bij OGR; daar ligt mijn hart (wiskundestudent...).

Maar ja, dan heb ik nog steeds 1 punt over: geen binaries voor mijn OS, dus ik _kan_ ook niet meedoen al zou ik het nu willen. Wat dat betreft heeft Distributed.net het beter aangepakt IMHO.

[Bergen]

Ja, OGR is nuttig heej.

[TGEN]

Als je hart echt bij OGR zou liggen, zou je een efficiente theorie opstellen om die rulers te berekenen (kutten met matrices enzo) .

[crazyx]

Maar als ze minder kosten hebben om hun onderzoek te doen, dan zullen de prijzen ook lager zijn voor het uiteindelijke product.

En ik genees liever van kanker (in hoeverre dit al mogelijk is) en betaal wat geld, dan er aan te sterven.

[gammuts]

Het heeft trouwens een hele tijd geduurd voordat in Afrika AIDS-remmers enigszins betaalbaar werden.... en dat was vast allang nadat de onderzoekskosten eruit waren.

Voor een groot deel van de wereld zal "en betaal wat geld" wel te weinig zijn.

Voor mij is het een kwestie van "eerst zien, dan geloven"
* dat dit project uberhaupt een medicijn tegen kanker oplevert,
* dat de bedrijven hun winstbejag aan de kant zetten voor een betere wereld.

[Rene59]

Jij denkt dat idealisme op zo'n grote schaal als dit nog bestaat? Grappig...
Maar wel een nobel streven hoor

[Verwijderd]

Ik doe al mee aan TSC, ook een mooi alternatief

[Verwijderd]

zo heb me maar effe aangemeld, tis een goede zaak

[Webxorcist]

Wat ik me zomaar afvraag he, de laatste jaren hebben we allemaal fans in onze pc's die afhankelijk van de temp. harder of langzamer gaan draaien...

Nu heb ik een kast met 7 fans... Als ik op warme dagen (zoals afgelopen zomer veel al) een beetje recent game speel krijg ik al het opstijgende straaljager effect... Dat is met dit soort projecten dan toch ook het geval, maar dan continue?

Dat is voor mij de enigste rede waarom ik niet met dit soort dingen mee doe.

[Verwijderd]

Nee, ik heb zelf ook last van het "Straaljager-effect" maar, ik doe mee! Gezien mijn moeder en mijn halve familie is gestorven aan kanker, als jij een beetje geluid erger vind als pijnlijk sterven aan de gevolgen van kanker, klopt er bij jou van binnen toch iets niet... No offense, maar dit is mijn mening, ik heb het van héél dichtbij gezien, en het is niet fijn geloof me!

[/edit] Ik heb zelf 4 Fans, en met dit proggie geen last van supersounds of iets, me CPU stijgt van 35 naar 40 graden: AMD Athlon XP 2600+ (Barton) @ 2.3 Ghz en voor een paar tientjes werk ik graag mee[/edit]

[Webxorcist]

Het spijt me zeer voor wat jij en je familie hebben meegemaakt. Zelf heb ik ook aardig wat mensen zien gaan. Aids, kanker, drugs, drank, ongelukken.

Echter wordt men van het geluid van 7 fans aardig gestoord. Als je een pc heb met 1 of 2 fans gaat het nog wel en kun je dit inderdaad doen. Maar met meer fans is dat gewoon geen optie. In de winter wel denk ik. Maar nu met deze temp???

Het voedings verbruik vind ik zelf geen punt. Wat betaal je daar per jaar nu extra voor? Dat maakt niet uit.

Ik denk overigens wel dat iedereen die hier aan meedoet inderdaad een terecht gevoel krijgt dattie zijn steentje bijdraagt. Maar het moet wel dragelijk zijn.

[Verwijderd]

dan kan het je 200-500 euro extra per jaar kosten

ik weet niet waar je het vandaan hebt, maar ik heb al langere tijd meerdere pc's 24/7 draaien en ik merk niets op mijn stroomrekening hiervan. de sterkste pc is een p4 2.4 met radeon 9700 pro en 4 harddisken (zie specs trouwens), dus niet het minste beestje, maar het kost je echt bij 24/7 maar een paar tientjes extra

[Freakertje]

Hangt er een beetje vanaf hoe je meedoet. Alsje het alleen gebruikt naast je gewone PC-werk, paar tientjes op zijn hoogst.
Laat je de bak opeens ervoor 24/7 aanstaan, dan kan het je 200-500 euro extra per jaar kosten

[Verwijderd]

Wat ik zelf heb gedaan is via een gat in mijn muur mijn PC in een andere kamer neergezet. Dit in combinatie met redelijke stille onderdelen (Zalman 7000A, 9600XT Ultimate Edition, Antect Sonata case) is het kwa geluid wel goed te doen.

Liever nog zou ik (voor dit project) een computer gebasseerd op een Pentium-M hebben. Helaas zijn deze nog niet goed te koop, op Laptops na dan.

Wat me wel een klein beetje tegenstaat is dat ik dan wel dit nuttige onderzoek help, maar daarentegen het mileu weer wel belast door de extra energie consumptie.

Idealiter zou ik, als ik een eigen huis had, zonnepanelen installeren, daar dan in de kelder een pentium-m systeempje op laten draaien voor alleen dit project. Een kleine investering, maar je belast er voorderest geen andere dingen mee. Draait gewoon 24h/dag zonder verder veel omkijken.

Natuurlijk wel voor zover de zonnepanelen genoeg stroom kunnen leveren, maar met een 5Watt ULV P-M moet je toch een eind kunnen komen. Op donkere dagen wordt er dan nog wat stroom uit het gewone net gepakt, maar dit zal iniedergeval iets minder zijn dan zonder de panelen.

[Fairy]

Een van de redenen waarom ik ook niet (meer) meedoe aan distributed projecten. De doelen zijn goed, heel goed maar tegelijkertijd als je kijkt naar de warmteuitstoot van de computer (die is veel meer, ik heb het gemeten), daarnaast ben je snel geneigd je pc aan te laten staan en ten derde stijgt het energieverbruik van je pc ook aanzienlijk.

Mijn pc ging van 140 watt idle naar 180 en soms 200 watt. Dit is toch wel een behoorlijk verschil.

[Sluuut]

Hmm, ik zal er thuis eens naar kijken.

Wat natuurlijk nog nooit geconcludeerd is maar waar ik wel een beetje zorgen over maak, is dat wanneer ziektes als kanker verdwijnen er zwaardere ziektes voor in de plaats komen. Moeder natuur ontloop je niet zomaar. Ik geloof hier persoonlijk ook wel in, en hoe vervelend kanker ook kan zijn, ik weet niet of het een goed idee is om deze ziekte te laten verdwijnen uit de mensheid. In het verleden heeft zich dit ook al bewezen. Maargoed ik trekt niet zomaar conclusies, ik zeg alleen dat het een mogelijkheid zou kunnen zijn.

[twan1]

Misschien heb je gelijk, dat dit een proces is van "Moeder aarde" dat nodig is om laten we zeggen de overbevolking maare..

Ik ken je natuurlijk niet persoonlijk maar stel je eens voor als bijv. je moeder/vader, vrouw of dochter en zoon kanker zouden krijgen.. en stel dat deze jammer genoeg overlijden.

Paar weken later komt er uberhaupt een oplossing uit door dit project. Zou je het zelf dan niet jammer vinden ?

Dit is misschien een beetje overdreven, mijn reactie. Maar het is imo toch iets om over na te denken.

[Sluuut]

Hier heb ik over nagedacht,.. Zelfs als ik het zelf zou krijgen. Mijn oma/opa zijne r ook aan overleden.. En meestal komt deze ziekte pas op latere leeftijd, des te minder erg is het. Want je hebt er al een leven voor 75% ofzo opzitten, denk dat dat wel ongeveer het gemiddelde is. Da's beter dan een ziekte als AIDS, als je het zo bekijkt.

[Verwijderd]

het grote verschil met aids is wel dat 99 % van de gevallen van aids kan je voorkomen door safe sex (bloedtransfusies dus even uitgesloten) te hebben. kanker krijg je gewoon en daar kan je niets aan doen. aids krijg je dus misschien als je 18 bent, maar daar heb je het zelf dan waarschijnlijk naar gemaakt (dit komt harder over als bedoeld trouwens). kanker kan je ook vroeg krijgen, meestal niet, maar je kan er niets tegen doen. Ik vind dat een heel groot verschil

[-RenE-]

Wat natuurlijk nog nooit geconcludeerd is maar waar ik wel een beetje zorgen over maak, is dat wanneer ziektes als kanker verdwijnen er zwaardere ziektes voor in de plaats komen....

Voorlopig sterven er nog altijd meer mensen aan hart- en vaatziekten, dus veel zorgen hoef je je niet te maken

[Oceria]

En ik heb mn pc-tje er ook maar bijgezet. Wat me wel opvalt is dat ze disk space heel erg zwaar meetellen: ik heb 1 gig gegeven en dan krijg je maar 20% van het maximale aantal punten....
Ook is het jammer dat zo'n oud project nog steeds geen linux client heeft: ik had mn server ook wel mee willen laten draaien....

[2bme]

En ik heb mn pc-tje er ook maar bijgezet. Wat me wel opvalt is dat ze disk space heel erg zwaar meetellen: ik heb 1 gig gegeven en dan krijg je maar 20% van het maximale aantal punten....

Dat is inderdaad wel het vreemde van UD. Je kunt gerust 10 GB toekennen aan UD, hij gebruikt deze niet (4MB bij mij)...
Maar UD maakt gebruik van een 'standaard pc opstelling' en vergelijkt de capaciteit van jouw pc hiermee. Op basis hiervan krijgt je een score toegekend.
Dus gewoon die 10GB toekennen, scheelt met de score.

Overigens nog een tip: Als je hem niet als screensaver draait, dan zal hij een stuk sneller gaan. Net zo'n beetje als SETi... standaard pakt hij de screensaver en is hij stukken langzamer. (overigens wél een mooie screensaver )

Ik doe sinds juli vorig jaar mee met dit project vanwege persoonlijke situatie en dat ik hierbij toch het gevoel heb dat ik een steentje kan bijdragen. Ondertussen ben ik net de top 30 van DPC binnengerold met slecht 0.5% van de score van DPC

Overigens hier het felicitatiedraadje op GOT

Hopen dat er nog meer leden bijkomen en dat we DPC brengen naar daar waar het hoort: #1

[dataworm]

klopt inderdaad. Het is eigenlijk vrij onlogisch. Je kan in de praktijk zoveel opgeven als je wilt (maximaal de vrije ruimte op je schijf) de client gebruikt er maximaal toch maar enkele MB's van.

ter verduidelijking: Het aantal punten wat je voor een afgeronde task krijg is het resultaat van de benodigde CPU time en de overall score die je bij de "Device Information' zie. Als je de maximale 10 GB opgeef zal je dus meer punten scoren dan in de huidige situatie.

[Blue_man]

Je kan gerust 10 GB inschakelen. Je moet deze zelfs niet vrijhebben en UD zal deze ook niet volzetten met data.

Nog effe melden dat de UD-client één van de weinige clients is die ook rekening houdt met de duurtijd van de berekeningen, dus ook oudere pc's kunnen helpen en kunnen goede punten scoren (bewijze onze 400MHZ).

[Michali]

Ik lees eigenlijk vrij weinig over dit soort projecten (ik doe er zelf dus (nog) niet aan mee) en ik vraag me eigenlijk af of er ook wel echt resultaten geboekt worden. Mischien is er een voorbeeld van een project dat al succesvol is afgerond?

Verder vraag ik me ook af wat er nou precies berekent wordt in een project als deze. Het lijkt me een beetje vreemd om uit te rekenen of een bepaald medicijn werkt tegen kanker bijvoorbeeld. Het zal dan ook wel niet zoiets zijn, maar ik vraag me dan toch wel af waar al die rekenkracht voor nodig is.

[Cyberamp]

"maar ik vraag me dan toch wel af waar al die rekenkracht voor nodig is."

Nou lees maar eens goed:

" to perform virtual screening of 3.5 billion druglike molecules against protein targets by pharmacophore pattern matching, together with other applications of pattern recognition such as docking ligands without any a priori knowledge about the binding site location. "

Dit vereist rekenkracht van "over a million personal computers" volgens de onderzoekers.

[Remus]

Computational drugsresearch is slechts een eerste stap in een langdurige proces om tot een daadwerkelijk medicijn te komen. Het voordeel is dat je vele moleculen meer kunt screenen dan je op de traditionele biochemische wijze kan doen. Je hoeft dus geen tijd te verspillen aan moleculen die het uiteindelijk toch niet doen en je hebt een veel grotere verzameling van potentiele middelen.
Natuurlijk moet er daarna nog biochemisch worden gescreend: werkt het ook echt, is het niet gevaarlijk (giftig of anderszins), wat is de effectieve dose enzovoorts.

Deze projecten verkorten de research met zo'n 5 tot 10 jaar (schatting), maar dat betekent nog steeds dat het zon 5 tot 20 jaar kan duren voor dat er ook daadwerkelijk een produkt op de markt komt.

[Verwijderd]

kan iemand mij hier vertellen hoe ik de output naar een andere schijf kan laten gaan?
Ik bedoel, ik heb 't programma gewoon op C: geïnstalleerd, maar daar heb ik niet heel veel ruimte meer over en vandaar dat mijn score bij Storage op 20 staat (ca. 1 GB vrij op C

Is dat veranderen van schijf een kwestie van opn. installeren, maar dan op een andere HD of is het een optie die ik nog niet gevonden heb?

[Mist]

Hoeveel ruimte er over is, is eigenlijk niet van belang, als de schijf of partitie zelf maar groot genoeg is. Je kunt op de UD site via je device manager in je profile(s) aangeven hoeveel ruimte de client mag gebruiken:
https://www.grid.org/services/devices/devices.htm
Let wel dat de client natuurlijk nooit zoveel ruimte in gaat nemen, dat wordt hoogstens een MB of 10.

Als de betreffende hd uberhaupt geen 10 GB groot is en je wilt graag de volle punten meepakken is een herinstallatie de enige mogelijkheid. (vink dan existing member aan in het registratiescherm, zo hou je je eerdere account)

[Verwijderd]

bedankt voor de reactie

Ik had idd. bij de instellingen op grid.org gezien dat je op kan geven hoe groot 'ie maximaal mag worden...
Ik zal dan eens een re-install overwegen op een andere schijf, ff kijken of dat uitmaakt.

[dataworm]

Hoeveel ruimte er over is, is eigenlijk niet van belang

Officieel is dit niet waar:

van UD:

What is the 'Hard drive space to allocate' used for in the profile

This value defines the amount of disk space you are willing to allow the UD agent to use on your PC. This can be changed from 100 Megabytes to a maximum of 10 Gigabytes.

In actual fact the current UD projects only require between 7 and 13 Megs of disk space to run and DO NOT currently use the space defined in this value. It is there for any future projects that UD may introduce.

The only benefit you get by setting this value high (to 10 Gigabytes) is the potential to increase your 'storage' rating of the UD agent which will in turn increase your overall rating and hence the points you will get for each result. Note: it will use the lower of this value or the actual free disk space on the partition you installed UD on.

In de praktijk is inderdaad alleen de grootte van de partitie van belang.

[schrik]

Kan idd door het installeren van het programma op een andere schijf. Anders is volgens mij niet mogelijk.

De schijfruimte is voor eventueel toekomstig gebruik. Op dit moment wordt nog slecht 20 tot 25 mb gebruikt ongeacht hoeveel ruimte je op geeft.

Je kunt ook rustig meer schijfruimte opgeven al heb je het niet vrij.