DPC behaalt mijlpaal bij onderzoek naar ziektes

Afgelopen woensdag hebben de Dutch Power Cows, Tweakers.nets eigen distributed-computingteam, een uitmuntende prestatie weten neer te zetten bij het Folding@home project: de 10-miljoengrens werd bij het krieken van de dag overschreden. Dit alles werd mogelijk gemaakt door de ruim 1300 actieve cpu's die het team momenteel telt. Voor wie die 10 miljoen niets zegt: de projectorganisatie kent punten toe aan de hand van de hoeveelheid werk die wordt verricht. DPC houdt dagelijks statistieken bij met betrekking tot deze score.

Doel

Folding@home is een distributed computing project van de universiteit van Stanford. Hier hebben een aantal wetenschappers zich verzameld onder leiding van ass. prof. Vijay Pande om onderzoek te verrichten naar de werking van eiwitten in het menselijk lichaam.

Het doel is meer te weten te komen over eiwitten. Voornamelijk over wat ze doen en hoe ze vouwen. Eiwitten zijn de werkpaarden van het lichaam, maar voordat ze kunnen werken moeten ze zich op een bepaalde manier rangschikken, het zogenaamde ordenen, of op zijn Engels: folden. Dit folden is fundamenteel voor alle biologische wezens, maar hoe het in zijn werk gaat is voor ons nog steeds een compleet mysterie. Eiwitten folden zich constant in het lichaam, maar het gebeurt wel eens dat dit misgaat, het zogenaamde misfolden. Dit kan soms onschuldig zijn, maar helaas kan het ook drastische gevolgen hebben. Een aantal ziektes zijn gerelateerd aan dit misfolden, bijvoorbeeld Alzheimer, BSE (gekkekoeienziekte), CJD (ziekte van Creutzfeld-Jakob), ALS en Parkinson. De Folding@home client simuleert het folden van deze eiwitten, maar ook bijvoorbeeld misfolden en aggregatie tussen eiwitten. Door dit te simuleren wordt het mogelijk gemaakt direct onderzoek te doen naar het folden en de hieraan gerelateerde ziekten.

Dutch Power Cows

DPC doet al sinds woensdag 24 oktober 2001 officieel mee met dit project. Sinds deze tijd is het team langzaam maar zeker van de 15e plek afgezakt naar de 27e plek met dagelijkse scores die goed waren voor een 30+ plek. 'De een zijn dood is de ander zijn brood', wordt wel eens gezegd. Dit gaat ook op voor Folding@home: Op 5 oktober 2004 trok de organisatie van Distributed Folding de stekker uit het project. Aangezien dit project onderzoek verrichtte op hetzelfde gebied als Folding@home, besloten veel DPC'ers over te stappen naar Folding@home. Het resultaat mag er zijn. In de tabel hieronder zijn de maandelijkse score te zien die het team de afgelopen maanden heeft behaald.

	Maand		Score
	Oktober		1.311.783
	September		846.562
	Augustus		795.305
	Juli		868.937
	Juni		887.295
	Mei		794.546
	April		449.955

DPC schoot vooruit en wist zijn eigen 'When do they get you'-lijst compleet te wissen en een vrij volle 'When do you get them'-lijst te creëren. Momenteel staan daar namelijk al acht teams in.

Resultaat

Het resultaat van deze demarrage mag er zijn; de grens van 10 miljoen punten is op 17 november gehaald, maar hiermee houdt het niet op! Het onderzoek is nog lang niet compleet en ook de teams boven DPC proberen haastig middelen te verzamelen om de opmars van DPC voorbij te streven. Wie het DPC-team wil ondersteunen kan de client installeren en doet dan tegelijkertijd mee aan de strijd tegen ziektes zoals Alzheimer's, BSE (mad cow), CJD (Creuzfeld Jacobs Disease), ALS en Parkinson's.

Zie de uitgebreide faq of de snelle installatie faq om mee te helpen. Voor vragen over dit project, of DPC in het algemeen, kan men zich wenden tot de Folding@home DPCH's in het DPC forum op GoT.

Reacties (38)

[the_stickie]

ik vraag me af hoeveel watt's dit projectje nu eigenlijk slurpt

[JDVB]

Ik ben blij dat ik dat in ieder geval niet hoef te betalen

[Verwijderd]

Vandaag is overigens ook Team Anandtech ingehaald, veel plezier in onze grote stofwolk

[Rey Nemaattori]

Wat zou een uurtje cpu tijd kosten op een supercomputer? Lijkt me dat die in een uur evenveel berekend als al die duizenden clients bij elkaar in weken...

Laat zo'n ding een dagje brommen en je hebt de kosten van het onderhouden van een foldingserver(voor maanden), programeerkosten voor de clients etc. d'r zo uit volgen mij.....

En ut zuipt nog minder stroom ook

[jeronimo]

Hier is toch even een opmerking nodig.
De rekencapaciteit van het folding at home netwerk is een leuk stukje groter dan nummer 1 uit de top 500. Vergelijk http://www.top500.org/lists/plists.php?Y=2004&M=11 maar eens met http://vspx27.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=osstats

[Verwijderd]

even voor de luie mensen onder ons:

voor IBM's Buegene: 92 TFLOPS piek tegenover 194 TFLOPS voor de 168.122 cpu's die actief meerekenen voor Folding @home

[SandStar]

en neem dan in acht dat bluegene een PIEK van 92 TFLOPS heeft en de 194 TFLOPS van Folding@home sustained zijn

zwaai zwaai supercomputer

[un1ty]

Well effe balen dat nederland eigenlijk niet tot nauwelijks in de top 500 komt.
toch schijnt nederland echt een computer land te zijn,
alleen is het niet een bedrijf dat 1 computer heeft staan. maar zijn het 1000den thuisgebruikers/tweakers

[Verwijderd]

Ik denk niet dat een supercomputer zuiniger is met al die koeling wat die vereist enzo

[THC]

Ik neem aan dat een supercomputer niet gewoon een windows of iets dergelijks heeft draaien. Ik neem aan dat het een enorm ingewikkeld karwei is om zo'n computer goed en verstandig aan een project te laten rekenen.

[PcDealer]

Waar zijn de grafieken?

[SandStar]

http://www.statsman.info/ en http://folding.extremeoverclocking.com/team_summary.php?s=&t=92 laten altijd wel wat leuks zien.

Verder uiteraard onze eigen stats @ http://fah.lospetitos.net/stats.php

[Robkazoe]

Hij gaat lekker bij DPC. Eerst bij de RC5 contest een gigantische mijlpaal en nu hier weer ook één. Gefeliciteerd DPC-ers.

[RwD]

Vergeet TSC niet, nog geen 3 weken geleden ging DPC hier als eerste door de 10 miljoen. En had ook net daarvoor de nr 1 positie bemachtigd!!

[frickY]

Stampede's heersen
Jammer dat de TSC client alleen n beetje gammel was. Wanneer was de stampede voor F@H ook alweer? 2002?

[Schapie]

voor F@H is er geen stampede geweest voor zover ik weet (schapie bij F@H en draai nu een halfjaartje mee) ik denk dat je het verwart met df.

[frickY]

Jewel, weet het zeker
Dat was nl. de eerste keer dat ik van DC (en dus DPC) hoorde. Dat is nog een ongelovelijk succes geweest.

* 786562 CipherSF[edit][
Sodeju.. volgens mij heb je nog gelijk ook. Heb altijd gedacht dat het hier over F@H ging
[/edit[

[Kevinp]

bij RC5-72 moeten(we/ze) ander oppassen, anders worden (we/ze) zo weer ingehaald.
maar mooi gedaan hoor dit.

[Bert]

nou wil ik niet mierenneuken.. maar CJD is de menselijke variant van BSE (mad cow)..

verder, goed gedaan iedereen die meedoet !

[aval0ne]

Wordt het dan anders gezegd in het artikel? CJD of BSE; het eiwit is hetzelfde en daar gaat het om.
Iedereen die weet waarvoor de B staat in BSE weet dat dit voor runderen is en niet voor mensen.

[Bert]

Aangezien het als twee ziekten bestempeld wordt, door ze afzonderlijk te noemen geef je aan dat het anders is.

En daarnaast zijn er denk ik veel mensen die niet weten dat de B in BSE voor bovine staat. Dat is hetzelfde als zeggen dat het zo'n beetje algemeen bekend is dat mensen weten wat de latency is van het geheugen in hun pc.

De doorsnee nederlander weet dat niet.

[un1ty]

dat klopt,
it was me who brought the last 200 candidates
vanmorgen heb ik de laatste 200 geupload,
ik zag het doel in bereik, en besloot alles wat ik had te uploaden
dpc_winterswijk_lan roelz!!

[Jesse]

lol @ un1ty

Gefeliciteerd luitjes met ze allen!

Ik ben volop apetrots, want ik word ook genoemd in dit artikel

besloten veel DPC-ers over te stappen naar Folding@home

[JoY]

Hoorde de ik daar het idee om een F@H stampede te doen? goed plan !! op dit moment schuifelen we naar de knights met de gekke knieen ( kwsn ) dat gaat ze al pijn doen, ik weet het zeker, maar om ze als een orkaan voorbij te gaan zou natuurlijk helemaal mooi zijn
Mooooh

[RwD]

Jamaar, iedere 5 minuten een nieuwe stampede gaan doen is natuurlijk ook niet verstandig

"Wat alweer een stampede? daaag"

Maar goed, dat is niet aan mij natuurlijk om te beslissen...

[Verwijderd]

Na aanleiding van dit bericht eens mijn athlon en powerbook voor dit project laten werken en mij valt op dat de client nogal sloom draait op mn powerbook. omt dat omdat die geen altivec kan gebruiken bij het berekenen? Met rc5-72 was de powerbook 1.33ghz meer dan 1,5 keer zo snel als de athlon 2600+.

[SandStar]

Folding@home heeft verschillende soorten workunits. 1 daarvan zijn Gromacs(core_78); deze maken wel gebruik van Altivec en daar wordt je wél blij van

Tinkers (core_65) gaan wat langzamer helaas...

Mocht je steeds maar tinkers blijven krijgen ff posten in topic op /5... dan helpen we je wel verder.

[Tootoo]

Normaal gesproken zul je vanzelf Workunits krijgen die gebruik maken van de Gromacs core. Op dit moment worden naar mijn idee wel veel Workunits uitgegeven die gebruik maken van de Tinker core. Je kan de client gaan runnen met de flag -advmethods erbij (zie http://www.foldingathome.nl/installatie.html afdeling flags wat het doet). Maar op het moment maakt dat niet zeer veel uit ben ik bang....

[Verwijderd]

Ik moet zeggen dat we ondertussen 1 plekje zijn gestegen en dat we Anand tech net zoals tijdens DF alweer hebben ingehaald, maar we hebben meer kracht nodig, willen we echts gaan betekenen, dus ik hoop dat we morgen nieuwe leden binnen krijgen