DPC Distributed Folding nieuwsoverzicht

Enkele maanden geleden is de eerste fase van het project Distributed Folding afgerond. In dit nieuwsbericht zal worden teruggeblikt op deze fase en worden vooruit gekeken naar de tweede fase.

In het kort

Op 8 januari 2002 werd het Distributed Folding gestart, en de Dutch Power Cows zijn enkele maanden later op kleine schaal begonnen aan het project. De inspanningen van deze kleine groep werden ruim een jaar later, toen fase één was afgerond, beloond met een dertiende plaats wereldwijd. Een mooie prestatie, maar wel met ruimte voor verbetering. Hopelijk brengt deze dertiende plaats geen ongeluk.

Het project

Het Samuel Lunenfeld Research Institute heeft met behulp van subsidies verstrekt door diverse Canadese overheidsinstanties het Distributed Folding project kunnen ontwikkelen tot een goed lopend onderzoek naar het inzicht in hoe proteïnen (eiwitten) gevouwen worden en hoe deze in elkaar gezet worden in de levende cel. Het begrijpen van het vouwen van proteïnen zorgt er voor dat we behandelmethoden voor ziekten kunnen verbeteren. Aan dit project werken verder mee de Universiteit van Toronto en het Mount Saini Hospital gelegen in Toronto (Canada).

De Distributed Folding client gebruikt, net als bij de meeste andere projecten, de overgebleven processorkracht van je computer, ook wel 'idle time' genoemd, om te zoeken naar een betere behandeling van ziekten. Kenmerkend aan het project is dat voor zowat alle bekende besturingssystemen een client beschikbaar is.

Geschiedenis

De beginperiode van DF werd aangeduid met de term "fase 1". Uitgangspositie bij het project was dat fase één opgesplitst zou worden in drie subfases, waarbij iedere subfase een eigen doelstelling had.

• Subfase A bestond uit kleine proteïnen die als een test voor de cliënt dienden. Een resultaat van de gevouwen eiwitten valt hier te zien. Gestaag groeide het aantal leden dat meedeed aan dit project en zodoende kwam al snel de volgende fase aan de beurt.
  
  
• Subfase B was opgebouwd uit diverse reeds bekende proteïnen waardoor een vergelijking tussen bestaande gegevens en die van het project gemaakt kon worden. Door langer in te gaan op deze bekende proteïnen werd getracht een beter resultaat te behalen. Hierbij zijn enkele hoop gevende en enkele wat minder goede resultaten geboekt. In de tussentijd heeft iemand van de organisatie een kort nieuwsbericht op een wetenschappelijke website gepost waarin werd ingegaan op het proteïnevouwen door middel van Distributed Computing.
  
  
• Subfase C was de echte uitdaging. Grofweg werd er maandelijks een nieuw proteïne (eiwit) uitgegeven waardoor er nog langer (en dus grondiger) naar gekeken werd. Gevolg van alle verschillende proteïnen is dat de berekentijd verschillend is en zodoende de output aardig kan schommelen.

Tijdens de zomer van 2002 heeft het DF project meegedaan aan een CASP5 voorspellingswedstrijd. Deze test om te zien hoe de resultaten van de client zich verhouden ten opzichte van voorspellingen en andere methoden is redelijk goed bevallen. Gedurende een kleine twee maanden werd wekelijks een nieuw CASP-target uitgegeven. Alle deelnemers hadden zodoende evenveel tijd om tot een zo goed mogelijk resultaat / voorspelling te komen. De resultaten waren beter dan gemiddeld en het was een mooie aangelegenheid om te kijken of de cliënt voldeed aan de verwachtingen. Omdat de makers achter het project vonden dat er nog betere resultaten haalbaar moesten zijn, is er begonnen aan de ontwikkeling van een nieuwe benaderingsmethode. Deze moet dan ook het kloppende hart worden van fase twee.

Heden

Op 17 juni jongstleden is Distributed Folding begonnen met fase twee. De reden voor deze nieuwe fase is dat de mannen achter het project van mening waren dat er nog verbetering mogelijk was in de manier van 'protein folding'. Het grote verschil is dat er een andere cliënt is uitgebracht waarin een slimmer algoritme (andere manier van benadering) is gebruikt. Al tijdens het bètatesten bleek dat de resultaten met dit nieuwe algoritme veelbelovend waren. De enige consequentie is dat de client dusdanig veranderd is qua benadering dat doorgaan met de oude puntentelling niet eerlijk zou zijn. Daarom is er besloten om de statistieken op nul te zetten. Alle oude statistieken zijn bewaard gebleven en zijn terug te vinden op de officiële site. Voordeel van deze reset van statistieken is dat alle teams nu met een schone lei zijn begonnen, en dat DPC nu wereldwijd op plaats negen staat en kan meestrijden met de besten.

Wil je meedoen aan dit project of wil je er meer over weten? Check dan de FAQ of kijk op GoT waar dagelijks wordt gediscussieerd over dit project. Hier kun je dan ook gerust je vragen stellen.

Reacties (9)

[Mr.CeeJay]

Je kunt natuurlijk ook als team meedoen, zoals ik dat doe
Ik wil bij deze nieuwspost wel een kanttekening plaatsen: ik heb veel respect voor DPC voor wat ze in het verleden hebben laten zien om zo goed te kunnen concureren, maar als ik naar de website www.dutchpowercows.org ga zie ik dus nergens Distributed Folding staan
Ik wil niet zeggen dat het organisatorisch een chaos is, maar een stipte en alerte werkwijze is hier soms ver te zoeken !

terugkijkend op de fase I van DFolding waren we als Team Gäöl nr. 5 binnen DPC en dat is toch wel een nette score te noemen

[MarcyDarcy]

Dat Distributed Folding nog niet op www.dutchpowercows.org staat heb je gelijk in. Maar in de nabije toekomst zal dat wel zo zijn. Er zijn plannen om de gehele website ene make-over te geven en daarbij ook o.a. Distributed Folding een plaatsje te geven (en terecht )

Mooi stukje

[JohnR]

En of deze 13-e plaats verbeterd kan worden. In fase 2 staat de DPC op de negende plek en dat kan uiteraard nog beter.

Misschien nog even voor alle duidelijkheid. Dit project heeft niets te maken met het Folding@Home project waar enige tijd geleden over bericht werd

[MarcyDarcy]

Precies. Distributed Folding heeft niks met Folding@home te maken. Ik zal het trachten uit te leggen

De grootste overeenkomst met F@H is het folden in de naam, echter andere projecten zoals G@H, Find-a-Drug, UD Think/Grid e.d. (de meeste medisch wetenschappelijke projecten) werken eveneens op basis van proteinen en grote kans dat deze dat ook d.m.v. folding de eiwitten analyseren.

Distributed Folding zoekt naar een betere 'ruwe' structuur voorspelling om zo een beter inzicht te krijgen in de eiwitten/proteins. Folding@home kijkt naar de dynamische aspecten van het protein folding, het daadwerkelijke ontrafelen ervan (als ik het goed heb).
Je kunt het een beetje beschouwen als wetenschappelijke wetten e.d. Die zijn allemaal gebaseerd op elkaar, stel dat A+A=b dan volgt ....
Hier draait de hele wetenschap op.

Distributed Folding is lichtelijk gebaseerd op de Park/Levitt decoy (doe maar eens googlen). Als je verder intresse hebt in het wetenschappelijke doel van DF, dan moet je hier zijn.

Zie ook hier voor een engels draadje met het verschil tussen DF en F@H.

[Perboemski]

Een tip voordat je de client installeert of voordat je een username op www.distributedfolding.org aanmaakt:
Lees de FAQ op http://145.94.192.103/sid/faq.cfm?project=8 om te kijken met welke opties je de client het beste kunt opstarten, dit kan tot 200% snelheidsverbetering opleveren, of als je met een subteam mee wilt vouwen, hoe er voor te zorgen dat alle leden van het subteam hun eigen productie kunnen bijhouden!

[homers]

ik zal kijken of ik wat pc's op mijn werk aan het grazen kan krijgen

[Mobster]

Mooi stuk en een duidelijke uitleg over het project.
Buiten het feit dat het uitermate nuttig is (kan zijn) is het ook een project waar je met 1 PC al dagelijkse je naam op GoT kan zien staan.

Als dat geen dubbele winst en reden is om mee te doen

[Marcelloz]

We zijn op dit moment in een heftige battle met onze duitse vrienden van Rechenkraft verwikkeld. Zij zitten nog voor ons en ze hebben ongeveer dezelfde output. Dus schakel even je prachtige PC in voor Distributed Folding en je doet de mensheid en DPC een plezier

[Cow_tipping]

Leuk project, ook om als 1-ling aan deel te nemen.
* 786562 Cowtipping