Vrijdag 29 augustus 2003 was het zover. Na 611 dagen erop los gerekend te hebben, hebben de Dutch Power Cows als tweede team ter wereld de mijlpaal van 1.000.000 behaald. Dit staat gelijk aan ruim 123 jaar aan CPU-cycles.
Wat is D2OL nou precies?
De bedenker en uitvoerder van het D2OL project is Sengent. Het bedrijf werd in 1999 opgericht en heeft zijn basis in Florida, in Boca Raton. Het is een op privegelden gefundeerd bedrijf wat zich richt op, naar eigen zeggen, next-generation grid computing solutions. Dit betekent dat ze verschillende distributed computing projecten onderhouden en ontwikkelen, sommige voor publiek gebruik en de samenleving, sommige voor het bedrijfsleven.
D2OL (Drug Design Optimization Lab) draait om de bestrijding van een aantal ziektes, en dan speciaal die ziektes die gebruikt kunnen worden bij bioterrorisme, dus bij biologische oorlogsvoering. Bij de lancering van het project richtte men zich op drie ziektes: Anthrax (miltvuur), Ebola en Pokken (smallpox in het Engels). Recentelijk is hier nog SARS aan toegevoegd. Het platform is geschikt om in de toekomst hier nog meer aan toe te kunnen voegen.
Het platform, zo stelt Sengent, is gecreëerd om de kosten en efficiëntie te optimalizeren bij het zoeken naar potentiële medicijnen. De huidige methodes om te zoeken naar een medicijn zijn duur, ineffectief en traag. D2OL probeert dit te veranderen. Men test dus met computerberekeningen (die de D2OL client uitvoert) moleculen tegen verschillende ziektes. Moleculen die positief uit de test komen zullen dan aan wetenschappers worden doorgegeven, die ze dan in het echt kunnen testen tegen de ziekte.
Hoe gaat het in zijn werk?
Na installatie van de client haalt de client via internet een pakket data van de D2OL-servers. Dit pakket bevat de moleculen die de client gaat testen tegen de ziekte. Ieder molecuul heet een candidate. De client vervormt de candidate op 20 verschillende manieren - iedere manier heet een conformer. Elke conformer heeft dus dezelfde atomische structuur, maar heeft een verschillende oriëntatie en driedimensionale configuratie.
Na het vormen van de conformers gaat de client de conformers proberen te passen op de ziekte, de zogenaamde target. Het lijkt op het passen van verschillende sleutels in een slot: de client probeert op honderdduizenden manieren de conformer op de target te passen. Iedere manier van passen heeft een bepaalde hoeveelheid energie nodig. Per conformer wordt de manier die de minste energie kost - men wil natuurlijk dat het molecuul gemakkelijk op de target past, zodat hij deze gemakkelijk onschadelijk kan maken - opgeslagen. Na alle twintig conformers getest te hebben wordt de conformer met de laagste energie gekozen, en deze conformer wordt, als beste van de candidate, terug gestuurd naar de server.
De server van ontvangt de candidate en test hem vervolgens op een aantal voorwaarden (soms komen heel erg grote getallen voor, of heel erg kleine getallen. Dit is dan een foute candidate en die wordt eruit gefilterd). Is alles goed gegaan, dan krijg je één punt erbij in de statistieken.
Stand van zaken
Een goeie negen maanden had DPC er voor nodig om aan de kop van het veld te komen, dit gebeurde op 19 september 2002. Na een lange strijd werd het, in het begin onverslaanbaar geachte BIOHazard Reseach Group dan toch verslagen. DPC was de nummer één! Erg lang mochten we niet van die plek genieten. Een enorme stofwolk kwam er van onderen opzetten. Een team dat dagelijks een veelvoud van DPC deed, een team waarvan de naam menig DPC'er/Tweakers bekend in de oren moet klinken, de grote concurrent bij het vroegere RC5-64: Team AnandTech had de weg naar D2OL gevonden.
Het was eigenlijk onafwendbaar: Team AnandTech zou DPC van de troon stoten, de nederlandse koeien hadden geen weerwoord op het geweld van Team AnandTech. Op 3 januari gebeurde het dan: Team AnandTech nam de kop over van DPC en heeft die tot op heden niet meer afgestaan. Op dit moment bevinden de Dutch Power Cows zich op een tweede plek, op respectabele afstand van de nummer één.
Wil je ook een steentje bijdragen? Kijk dan even naar de FAQ en bezoek GoT waar dagelijks wordt gediscussieerd over dit project. Hier kun je dan ook gerust je vragen stellen.
: Elk medicijn is gepatenteerd. Alleen loopt elk patent af na 15 jaar. Patenteren betekent automatisch volledige vrijgave van werkzame stoffen en de manier van bereiding. Dus na 15 jaar kunnen andere fabrikanten concurreren en daalt de prijs van het medicijn. Die 15 jaar bescherming is bedoeld om de kosten voor onderzoek naar het medicijn terug te verdienen en winst te kunnen maken.
)
