Dutch Power Cows door de 1 miljoen met D2OL

Vrijdag 29 augustus 2003 was het zover. Na 611 dagen erop los gerekend te hebben, hebben de Dutch Power Cows als tweede team ter wereld de mijlpaal van 1.000.000 behaald. Dit staat gelijk aan ruim 123 jaar aan CPU-cycles.

Wat is D2OL nou precies?

De bedenker en uitvoerder van het D2OL project is Sengent. Het bedrijf werd in 1999 opgericht en heeft zijn basis in Florida, in Boca Raton. Het is een op privegelden gefundeerd bedrijf wat zich richt op, naar eigen zeggen, next-generation grid computing solutions. Dit betekent dat ze verschillende distributed computing projecten onderhouden en ontwikkelen, sommige voor publiek gebruik en de samenleving, sommige voor het bedrijfsleven.

D2OL (Drug Design Optimization Lab) draait om de bestrijding van een aantal ziektes, en dan speciaal die ziektes die gebruikt kunnen worden bij bioterrorisme, dus bij biologische oorlogsvoering. Bij de lancering van het project richtte men zich op drie ziektes: Anthrax (miltvuur), Ebola en Pokken (smallpox in het Engels). Recentelijk is hier nog SARS aan toegevoegd. Het platform is geschikt om in de toekomst hier nog meer aan toe te kunnen voegen.

Het platform, zo stelt Sengent, is gecreëerd om de kosten en efficiëntie te optimalizeren bij het zoeken naar potentiële medicijnen. De huidige methodes om te zoeken naar een medicijn zijn duur, ineffectief en traag. D2OL probeert dit te veranderen. Men test dus met computerberekeningen (die de D2OL client uitvoert) moleculen tegen verschillende ziektes. Moleculen die positief uit de test komen zullen dan aan wetenschappers worden doorgegeven, die ze dan in het echt kunnen testen tegen de ziekte.

Hoe gaat het in zijn werk?

Na installatie van de client haalt de client via internet een pakket data van de D2OL-servers. Dit pakket bevat de moleculen die de client gaat testen tegen de ziekte. Ieder molecuul heet een candidate. De client vervormt de candidate op 20 verschillende manieren - iedere manier heet een conformer. Elke conformer heeft dus dezelfde atomische structuur, maar heeft een verschillende oriëntatie en driedimensionale configuratie.

Na het vormen van de conformers gaat de client de conformers proberen te passen op de ziekte, de zogenaamde target. Het lijkt op het passen van verschillende sleutels in een slot: de client probeert op honderdduizenden manieren de conformer op de target te passen. Iedere manier van passen heeft een bepaalde hoeveelheid energie nodig. Per conformer wordt de manier die de minste energie kost - men wil natuurlijk dat het molecuul gemakkelijk op de target past, zodat hij deze gemakkelijk onschadelijk kan maken - opgeslagen. Na alle twintig conformers getest te hebben wordt de conformer met de laagste energie gekozen, en deze conformer wordt, als beste van de candidate, terug gestuurd naar de server.

De server van ontvangt de candidate en test hem vervolgens op een aantal voorwaarden (soms komen heel erg grote getallen voor, of heel erg kleine getallen. Dit is dan een foute candidate en die wordt eruit gefilterd). Is alles goed gegaan, dan krijg je één punt erbij in de statistieken.

Stand van zaken

Een goeie negen maanden had DPC er voor nodig om aan de kop van het veld te komen, dit gebeurde op 19 september 2002. Na een lange strijd werd het, in het begin onverslaanbaar geachte BIOHazard Reseach Group dan toch verslagen. DPC was de nummer één! Erg lang mochten we niet van die plek genieten. Een enorme stofwolk kwam er van onderen opzetten. Een team dat dagelijks een veelvoud van DPC deed, een team waarvan de naam menig DPC'er/Tweakers bekend in de oren moet klinken, de grote concurrent bij het vroegere RC5-64: Team AnandTech had de weg naar D2OL gevonden.

Het was eigenlijk onafwendbaar: Team AnandTech zou DPC van de troon stoten, de nederlandse koeien hadden geen weerwoord op het geweld van Team AnandTech. Op 3 januari gebeurde het dan: Team AnandTech nam de kop over van DPC en heeft die tot op heden niet meer afgestaan. Op dit moment bevinden de Dutch Power Cows zich op een tweede plek, op respectabele afstand van de nummer één.

Wil je ook een steentje bijdragen? Kijk dan even naar de FAQ en bezoek GoT waar dagelijks wordt gediscussieerd over dit project. Hier kun je dan ook gerust je vragen stellen.

Reacties (30)

Dit staat gelijk aan ruim 123 jaar aan CPU-cycles.

Kan iemand mij deze opmerking uitleggen ?

Niet iedere CPU draait op dezelde kloksnelheid of verzet evenveel werk per klokcycle. Hoe je dan op zoveel jaar klokcycles uitkomt is mij een raadsel tenzij je een soort van referentie CPU gebruikt.

Er wordt altijd bijgehouden hoeveel 'docking time' een candidate nodig heeft. Dit is bijvoorbeeld te zien met een 3rd party monitor tool.
Dit wordt ook meegestuurd met de candidate, dus eigenlijk is dat bepalen van het totale aantal jaren cpu-cycles niet meer dan het simpel optellen van al die tijden.
Er wordt hier dan dus niet gerekend met een referentie cpu en is het tevens geen omrekening die gebeurd.

yep,

de leukste 3rd party monitor tool is Dspy ( of DsPython, de pythonversie ) door malör, je kan deze tool vinden op:
http://homepages.opencominc.com/smichael/dspy.html

denk dat ze een standaart cpu snelheid nemen. bv. P4 2,4GHz ?

Ik weet dat ze hiervoor bij SoB een Pentium 75MHz als reverentie gebruiken.
Maar dat lijkt me eigenlijk nog best weinig 123 P75 jaren!

Ben ik nu de enige die een beetje paranoia is?

stel er word een medicijn tegen een van de ziekten zou het dan niet opeens door een zuster bedrijf van sengent worden gepatenteerd?

het zal toch heus niet zo zijn dat er een goedkoop (gratis) medicijn word versrpeid onder de wereld bevolking?

Oh ja. Zou het niet beter zijn om een middeltje tegen malaria of lepra te ontwikkelen. Dit als alternatief voor de dure geneesmiddelen waar het WHO het al jaren over heeft, en het er maar nooit over eens kan worden...

Daar heeft de 3e wereld nog iets aan....

Ja, je bent paranoia : Elk medicijn is gepatenteerd. Alleen loopt elk patent af na 15 jaar. Patenteren betekent automatisch volledige vrijgave van werkzame stoffen en de manier van bereiding. Dus na 15 jaar kunnen andere fabrikanten concurreren en daalt de prijs van het medicijn. Die 15 jaar bescherming is bedoeld om de kosten voor onderzoek naar het medicijn terug te verdienen en winst te kunnen maken.

D2OL onderzoekt alleen mogelijke candidates, maar eer dat een stofje als nieuw medicijn geintroduceerd kan worden moet toch eerst academisch de werking aangetoond worden, gevolgd door toxicologische studies en clinical trials. Dus denk niet dat je met dit programmaatje een farmaceut aan het spekken bent.

Dat is 't 'm juist, in die 15 jaar kunnen er heeeel veel mensen sterven...
Enne, je gaat toch geen winst draaien op de dood van andere mensen, of zie ik dat verkeerd?

Goed punt, maar ik verwacht eigenlijk wel dat zoiets contractueel is vastgelegd, waarschijnlijk mag elk bedrijf het medicijn "recept" gebruiken.

Anders is hij goedkoop rijk geworden

Kies dan voor UD (Think) Dat gaat uit van de universiteit van Oxford. Belangrijkste doel van Think is het vinden van medicijnen tegen kanker. Daar heb je zelf misschien ooit ook wat aan. (afkloppen) En jawel, ook daar is ook een DPC-team voor.

Ik snap er nog geen hol van. wat doen ze nou eigenlijk???(staat wel in de tekst, ik weet het, maar ik snap het gewoon niej )

Ze zoeken naar medicijnen voor voorkomende ziekten als Ebola, Miltvuur (Anthrax) en SARS. Dit doen ze door simulaties uit te voeren op de moleculen van zo'n ziekte en zo te kijken of een bedachte tegenmiddel werking heeft of niet.

En sorry dat ik het zeg, maar het is weer een lekker onzinnig onderzoek! Een professor (geloof microbiologie) bij mij op de studie heeft al eens gezegd dat bijv. Anthrax een hele slechte kandidaat is als biologisch wapen. Anthrax verspreid zich daar veel te traag voor volgens mij, als het überhaupt al van mens naar mens kan overspringen. Ebola zou al beter zijn, maar is naar mijn mening veel te aggressief en vernietigd zichzelf vrij snel. SARS doet nou ook niet veel schade als biologisch wapen (paar honderd doden in 3 maanden?). Klinkt misschien hard hoor, want deze ziektes zijn heus wel schadelijk, maar niet schadelijk geboeg als bio wapen!

Als je dan toch ziektes wilt bestrijden, probeer dan iets te vinden tegen kanker of AIDS. Kanker is hard opweg om de grootste doodsoorzaak ter wereld te worden. Ook overlijden er per dag bijv al 1000 mensen aan malaria en aan AIDS sterven er jaarlijks 3 miljoen mensen.

Vind dit weer zo'n lekker Amerikaans onderzoek! Het past helemaal in het amerikaanse denkbeeld iig!

Ik deed altijd mee aan de RC-64 geloof ik, maar na verloop van tijd is rekenkracht toch echt een vereiste voor nog wat erin te betekenen, nu klopt het wel dat alle kleine beetjes helpen, maar ik ga dit eens even lezen. Heb sinds kort een dual Xeon 3.06 Ghz systeem, kan ik weer lekker meehelpen.

Op zich hoef je geen TOP systeem te gebruiken DPC.

Ik zie genoeg mensen met...ik schat een Celeron 1000Mhz die trouw elke twee weken weer wat OGR pakketjes afleveren.

Ik zelf zit nu met een P4 2Gh dus voor een tijdje kan ik nog redelijk knallen, maar tja..tegen een 3Ghz Athlon kan ik echt niet opboxen :-)

Zo'n dual xeon zou je heel goed wel eens daily in de top3 van DPC kunnen staan

In ieder geval welkom!

Ik heb de client nu geïnstalleerd, theoretisch gezien draai ik nu 6.12Ghz. Dat er 4Gb registred ram inzit zal niet veel uitmaken neem ik aan. Ik had gedacht dat ik poorten moest openen, maar zo te zien werkt alles.

Heeft dit tot nu toe al iets opgeleverd?

Nee, geen medicijnen, misschien wel 'drug candidates'.
Maar in de (virtual en high-troughput) screening business noemen ze een molecuul al heel snel een kandidaat...

En nu even technisch geblaat: wordt er nog steeds gebruik gemaakt van die verschrikkelijke, ram-vretende Java client?

Daarom ben ik ermee gekapt want ik vond het echt duidelijk m'n pc vertragen.

Ook met 512 MB Ram!

Hier gebruikt ie 56mb, wat ik best vind meevallen, als 1 internet explorer window ook al 26mb mag kosten en msn ook gewoon 24mb wegkaapt.

kijk zo krijg je extra DPCers, naisj btw

ik ga ook maar D2OL doen denk ik

Als ze nou iets vinden tegen SobiG.F en Msblast..

bij deze "ziekten" zoals hierboven beschreven zijn de actieve agentsn bekent en met behulp van een bak hele enge wiskunde en quantum mechanica en bekende fyschische en biologische eigenschappen van deze agents kan met een hele dikke compu of in dit geval een netwerk van denkers. een structuur worden "berekend" die als lead candidaat kan dienen.
Deze zal dan door de heren pharmaceuten verder onderzocht worden op pharmacologisch en toxicologisch gebied en als deze verbinding door de kwaliteits criteria heen komt zal deze als volwaardig kandidaat worden geprensenteerd

Had al van DPC vernomen, ga me nu ook aansluiten.

"De server van ontvangt de candidate"
-> "De server ontvangt Dan de candidate"

"de nederlandse koeien hadden geen weerwoord op het geweld van Team AnandTech."
-> Zeg maar gerust de nederlandse koeien en Belgische (gekke) kiekens.