DPC behaalt mijlpaal in strijd tegen besmettelijke ziekten

Gisteren hebben de Dutch Power Cows, het eigen distributed computing team van Tweakers.net, een grote mijlpaal behaald in het D2OL-project. Na hard werken werd de mijlpaal van 2.000.000 aangetikt, als tweede team ter wereld.

Wat doet dit project precies?

D2OL staat voor Drug Design Optimization Lab en is gericht op het onderzoek naar mogelijke medicijnen voor de meest besmettelijke ziekten ter wereld. Het project begon met de drie meest besmettelijke virussen op aarde (die mogelijk gebruikt konden worden voor bioterrorisme), te weten ebola, pokken (smallpox) en miltvuur (anthrax). Ten tijde van de SARS-uitbraak in Azië werd het project hierop gefocust vanwege de actualiteit en de dringende noodzaak naar onderzoek voor deze ziekte. Als laatste virus is malaria toegevoegd aan het project, dat volgens het WHO verantwoordelijk is voor 2,1 procent van de sterfgevallen op aarde, en daarmee na aids en tbc de meest dodelijke ziekte op aarde is. Op dit moment is het project niet echt toegespitst op één ziekte en wordt er actief naar medicijnen voor elk 'target' gezocht.

Hoe gaat dat in z'n werk?
Het project probeert voor deze ziekten medicijnen te vinden met behulp van het sleutelgat/sleutel-principe. De client downloadt een library met informatie over een specifieke verschijning van een ziekte. Vervolgens gaat de client aan de hand van de molecuulvorm allerlei moleculen die de ziekte onschadelijk zouden kunnen maken, erop 'passen'. De twintig moleculen die hiervoor het meest geschikt worden bevonden (conformers) worden dan gebundeld (candidates) en weer naar het project teruggestuurd. De wetenschappers bij The Rothberg Institute, dat het project leidt, analyseren vervolgens de informatie en gaan ermee aan de slag. Zo dragen we bij aan onderzoek naar die ziekten en het ontwikkelen van medicijnen ervoor.

Hoe doen we het in de stats?
Op dit moment staan we tweede wereldwijd, achter onze grote vrienden van Team Anandtech (een beetje een kwestie van oud zeer dus ). Verder doet onze achtervolger dagelijks meer dan wij, dus rooskleurig is het op dit moment niet. Een overzichtje van de overall output en de dagelijkse output:

	Team		Overall		Daily
	Team Anandtech		2,5 miljoen		13.000
	Dutch Power Cows		2 miljoen		8.000
	Team Norway (Norge)		1,5 miljoen		11.000

Gelukkig kunnen we melden dat de stampede nog bezig is waar ook veel D2OL'ers aan mee doen. Deze loopt vrijdag 13 februari om middernacht af en daarna belooft het bij D2OL een spannende strijd te gaan worden met onze vrienden van Team Anandtech. Wil jij ook mee doen om net als vroeger (in de tijd van RC5-64) Team Anandtech te verslaan en de eer van Dutch Power Cows hoog te houden? Installeer dan snel de client!

Je hebt me overtuigd! Een nuttig doel, een leuke strijd in het vooruitzicht, hoe doe ik mee?

Dat is makkelijk. Download de client hier (beschikbaar voor Windows, Linux, Mac OS X en Solaris) en installeer hem met behulp van dit stukje uit de FAQ. De client is erg gebruiksvriendelijk, dus veel problemen zul je niet tegenkomen. Mocht je nog vragen hebben of meer informatie willen dan kan je die in dezelfde FAQ vinden. Je kan natuurlijk ook je vraag in een D2OL-hitparade op het DPC-forum op Gathering of Tweakers stellen .

Reacties (59)

[Hakker]

Vind het echt jammer dat men nog steeds geen non-java CLI versie heeft geschreven daarmee kan je gewoon die 90 MB geheugen met minstens 85 MB weggooien waardoor gewoon zoveel mensen meer mee zouden gaan doen. Het is voor mij ook de reden geweest om ermee te stoppen.

Het is al zo vaak voorgesteld om zo'n versie te maken op de forum van Sengent maar daar schijnen ze niets van te willen weten
Tis jammer want ik durf te zeggen dat 2x zoveel mensen mee zouden gaan doen als ze zo'n versie hadden gemaakt al is het alleen maar voor de 3 main OS software Windows, Linux en Mac OS

[Grrr...]

<qoute>kan je gewoon die 90 MB geheugen met minstens 85 MB weggooien</quote>

En waarop is deze boude bewering gestaafd? Java is echt geen programmeertaal, die 90% geheugen verspilt.

[MachoM]

Nee, niet verspillen nee, maar er is wel een deel van nodig, gokje zo'n 10 mb, om de virtual machine te draaien. Dit vraagt helaas ook weer resources.

Een voordeel van die VM is wel weer dat de platform optimalisaties wel een stuk beter zijn dan die van de gemiddelde C++ software engineer.

[Verwijderd]

Da's niet helemaal waar. De rekencore is namelijk gewoon in C++ geschreven en die hoeveelheid RAM is nodig om de library te laden.

Het java gedeelte is alleen voor de controls van de client, het uploaden en downloaden en voor het aanmaken van de logs en gebruikt 13 Mb geheugen.

De grafische client is ook in java en die gebruikt 25 Mb, maar die hoef je in principe nooit te openen, (behalve als je draaiende moleculen mooi vind ). Deze is ook compleet gescheiden van de rest van de client, dus gebruikt geen resources als 'tie niet open staat.

De hoeveelheid RAM is dus echt nodig en kan niet kleiner (bij mijn weten).

[BlackB1rd]

Zonde dat er geen console versie van is en dat Java VM een vereiste is. Anders had ik heel wat servertjes kunnen voorzien van deze client, welke aan dit bijzonder mooie project hadden kunnen bijdragen. Helaas

[Verwijderd]

Inderdaaad jammer. We zijn aan het lobbyen voor een java vrije client, maar het zit er niet in ben ik bang.

Misschien heb je wel een thuis pctje waar je het op wil proberen?

[Armageddon_2k]

Ik heb alles ff door gelezen en et bevalt me wel, count me in

[Wapwap]

Ik heb me zojuist ook aangemeld, lekker duidelijke uitleg.

Lets go cows!

[ocf81]

FYI: Malaria is een parasiet, geen virus.

[Verwijderd]

Jullie hebben allemaal gelijk, ik had beter een ander woord kunnen kiezen. Hier heb ik een mooi stuk geschreven over wat malaria precies is. Misschien interessant voor sommige mensen?

[Suepahfly]

Correct me if i'm wrong maar volgens mij is Malaria een vrius dat wordt overgedragen door een parasiet nl. de malaria mug.

Malaria zelf is dus geen parasiet.

[musiman]

Malaria wordt veroorzaakt door protozoa: Plasmodium vivax, ovale, malariae, falciparum, die enkel de mens als gewervelde gastheer hebben. Occasioneel kunnen ook Plasmodia van apen de mens besmetten, met in ernst sterk variërende ziektebeelden. De levenscyclus van de Plasmodia is complex. Plasmodium vivax en ovale vertonen bovendien persisterende slapende levervormen ('hypnozoïeten') na infectie en klinische genezing, die lange tijd later en zonder nieuwe infectie tot een nieuwe malaria-aanval kunnen leiden. Binnen de species is er nog belangrijke genetische variatie, wat aanleiding geeft tot multipele 'strains'.

bron: http://users.skynet.be/paul.demunter/Malaetio.html#Epi

Oftewel, parasieten dus

En wel 10 tot 15 micrometer lang, hebben hun eigen stofwisseling, hoeven dus niet van de productiefaciliteiten van "gast"cellen gebruik te maken zoals virussen dit doen. Hebben zelfs hun eigen mitochondrieen (dit zijn een soort energiecentrales die ook in onze cellen zitten).

[edit] @MachoM Volgens jouw url naar people.ku.edu is een virus: "A virus is not strictly alive.. nor is it strictly dead... A virus has some fundamental information (genes made of DNA or RNA) which allows it to make copies of itself. However, the virus must be inside a living cell of some kind before the information can be used"
Oftewel, heeft geen eigen synthese. Dat heeft een parasiet wel. {/edit]

[MachoM]

Geloof me het is een virus, een virus heeft namelijk ook gastheer en is in weze een extreem kleine parasiet. (Op het cel niveau.)

zie ook: http://people.ku.edu/~jbrown/virus.html

[trogdor]

het is een protozoa, dus geen virus.

[blobber]

Een koe is een dier , dus alle dieren zijn koeien?
Een virus heeft parasitaire capaciteiten, maar dat wil niet zeggen dat alle parasieten virussen zijn.Het protozoa zoals de malaria parasiet, is een eencellig wezen, geheel self supporting en duizenden malen groter dan het gemiddelde virus dat vaak niet meer is dan een strengetje dna en wat eiwit

[AxiMaxi]

Nee, je gaat er niet noodzakelijkerwijs dood van.

[vanderaalst]

-edit-

ocf81 je hebt toch gelijk, ik was weer iets te snel met mijn reactie.

[Ortep]

Van het Amerikaanse Centre Of Deasease Control

Malaria (mah-LARE-ee-ah)

What is malaria?

Malaria is a serious, sometimes fatal, disease caused by a parasite.

[Maxonic]

Ik zie anders liever een doorbraak dan een mijlpaal...

[Verwijderd]

Zeker waar! Maar statistieken is het enige resultaat wat je als gebruiker op korte termijn krijgt, en dan is het leuk om zo'n mijlpaal in de schijnwerpers te zetten! Zo krijgt het project wat aandacht, doen er meer mensen mee en komt er eerder een doorbraak!

[Westereen]

Toch fijn dat we de 2miljoen hebben gepasseerd. Tot hoeveel moeten we voordat er een medicijn is?

[Verwijderd]

Dat is niet te zeggen (helaas!). Van elke ziekte is een library die we helemaal moeten doorwerken, maar er is geen garantie dat er dan een medicijn beschikbaar is. Wel kan er met de gevonden informatie beter en gerichter onderzoek gedaan worden, dus dat is al een enorm voordeel!

[Verwijderd]

4miljoen zoiets denk.

[BokanoiD]

Voor mij ook een goede reden om straks ook mijn Athlon in de strijd te gooien en eindelijk eens mee te doen

Ik snap eerlijk gezegd niet waarom mensen hun CPU tijd verspillen aan het kraken van keys of andere meuk *kuch*SETI*kuch* als het ook ten goede van de wetenschap kan worden ingezet?

[vormstreber]

Is SETI geen wetenschap dan?

[BokanoiD]

ja het is een wetenschap, maar eentje die is gebaseerd op de veronderstelling dat buitenaardse intelligentie op een of andere manier radiogolven gebruiken om te communiceren.

dat vind ik IMHO nogal een eh.. slag in de ruimte

ik vind het ook niet vergelijkbaar met medisch onderzoek met uitzicht op "echt" resultaat waar de hele mensheid baat bij heeft.

[monkel]

Hoe nuttig zo'n project ook is. Ik vind 80-90 Mb aan geheugen voor zo'n client toch echt een drempel om er op over te stappen. (zelf heb ik wel genoeg, maar ik heb ook pc's staan die maar 128 of 64 mb geheugen hebben)

(@ Mar hieronder: ik doe nu inderdaad df daar kan je tenminste kiezen of je voor weinig geheugen of voor de volle mik gaat)

[Mar]

Misschien is Distributed Folding dan iets voor jouw en je Pc's? Ook een zeer nuttig medisch project en die client heeft iets minder geheugen nodig

[BachW]

Ik heb mezelf maar even voor dit project gerecht en een Node geinstaleerd... Deed al een tijdje nix meer voor DPC.. Dit lijkt me wel een leuk project maar vooral nuttig project.

Op naar de 3M!

[sHiKoRa]

Dit lijkt me wel een leuk project maar vooral nuttig project.

Helemaal mee eens, daarom doe ik ook mee.

[Verwijderd]

Wat ik me eigenlijk afvraag, wordt er ooit iets bereikt met zulke projecten? Want als ik met wetenschappers praat, zeggen deze mensen me dat dit soort projecten weinig nuttige output hebben en enkel een wiskundige aanpak kennen. De realiteit is helaas iets meer gecompliceerd dan dat. Daarom vraag ik me af of zo'n distributed project al ooit iets heeft bijgebracht. Want zoeken naar een middel tegen SARS is één, of naar malaria, maar ook eens resultaat halen... dat is toch iets anders.

[Verwijderd]

De client berekend aan de hand van de informatie over het gedrag van moleculen/atomen in z'n library welke moleculen kandidaten zouden zijn voor een medicijn. Hiermee gaan de wetenschappers bij TRI dan aan de slag in de praktijk. Door de resultaten van de computerberekeningen weten ze veel meer over het gedrag van moleculen dan eerst.

Ik denk persoonlijk niet dat er een kant- en klaar medicijn uit het project zal rollen, maar het levert wel superveel informatie op voor de wetenschappers en draagt zo wel bij aan het vinden van een medicijn.

Als je hier erg geinteresseerd in bent en een beetje wetenschappelijk onderlegd bent op dit gebied heb je hier misschien wat aan?

[Verwijderd]

foutje