Genome@home ten einde voor Dutch Power Cows

Op 8 maart 2004 bereikte ons het bericht dat na ruim 3 jaar het Genome@home project helaas ten einde liep.

Genome@home is een distributed computing project van de Stanford University in de Verenigde Staten. Het doel van Genome@home was het ontwerpen van genen die nog niet zijn gevonden in de natuur en die werkende proteïnen kunnen vormen in een cel. Door het vergelijken van deze "virtuele genomes" met degenen die wel zijn gevonden in de natuur, kunnen we beter leren hoe de natuurlijke genomes zijn geëvolueerd en hoe natuurlijke genen en proteïne werken. Een paar belangrijke toepassingen van de Genome@home virtuele genome proteïne ontwerp database:

• Ontwikkelen van nieuwe proteïnen voor medische therapie.
  
• Ontwikkelen van nieuwe pharmaceuticals.
  
• Begrijpen van proteïne evolutie.
  
• Toewijzen van functies aan de verschillende dozijnen genes die elke dag "sequenced" worden.
  

De wetenschappelijke resultaten van het onderzoek die in al die jaren zijn verzameld, zullen worden gepubliceerd op de website van Stanford. Deze informatie kan dan door Stanford en de rest van de wereld worden gebruikt voor diverse wetenschappelijke doeleinden.

Verder onderzoek naar proteïnen zal nog wel worden voortgezet door Stanford middels het zuster project van Genome@home, namelijk Folding@home. Ook met dit project doet DPC al jaren mee.

It is with the deepest gratitude that we wish to thank all those who have contributed over the years to the Genome@home project. It has accumulated a large database of protein sequences, which will be used for important scientific purposes for many years by our group and many others throughout the world. Like all good things, however, its time has come. Over the last year we have kept Genome@home running on a very low budget by sharing much of its client infrastructure with Folding@home, but several months from now its funding will no longer be available at all.

For this reason, the Genome@home project will be terminated. While the servers will stop distributing new work units on March 10, they will remain up until April 15 to receive the final results.

Our sister project Folding@home remains on very solid financial ground. While it requires a more frequent connection to the Internet and it has a somewhat different scoring system for those who enjoy the competition, we would highly recommend it. Your continued donation of computer time to Stanford University in the Folding@home project will always be, as it has been with Genome@home, truly appreciated.

Voor het ontwerpen van de genomes werd gebruik gemaakt van duizenden pc's van vrijwilligers verspreid over de hele wereld. Al sinds het begin van het project in februari 2001 deed ons team Dutch Power Cows (DPC) ook mee met dit project. In het begin moest DPC het nog doen met een plek ergens in de top 40, maar naarmate de maanden vorderden kwam de top 15 toch in zicht.

Naar aanleiding van een megaflush begin augustus 2001 maakte DPC al kennis met The Knights Who Say Ni! (KWSN) via dit topic: DPC wordt belachelijk gemaakt. Na een enorme megaflush op 1 oktober 2001 belandde DPC al op de 13e positie. Hiermee werd ook gelijk het team KWSN op spectaculaire wijze ingehaald. Helaas bleken ook zij nog wat achter de hand te hebben en moest de strijd al snel weer worden heropend. Begin januari 2002 werden we er dan ook weer even subtiel aan herinnerd dat we het nog niet goed genoeg deden. Gelukkig konden we dit aan het einde van dat jaar weer goed maken tijdens de traditionele sinterklaasflush wat een 7e plaats overall opleverde.

In mei 2003 werd de oude vertrouwde 0.99 'beta' client uit productie genomen en moest er worden overgestapt op de folding client. Dit betekende dat pc's zonder internetverbinding niet meer konden worden ingezet en we best wat leden verloren hebben. Blijkbaar was DPC echter niet de enige met dat probleem want in mei wisten we toch nog de 5e plek te pakken in de monthly stats. Later dat jaar op 13 november werd de 3 miljoen mijlpaal behaald en ter ere daarvan werd er een bericht op tweakers.net geplaatst.

Inmiddels is het dus april 2004 en is DPC definitief geëindigd op de 7e plek. In de laatste Dutch Power Cows Hitparade van Genome@home is de eindstand van de top 15 teams nog eens terug te zien.

Het feit dat Genome@home is afgelopen betekent echter natuurlijk niet dat er niets meer te doen is met de ongebruikte processortijd. Op www.dutchpowercows.org en SID vind je informatie over de overige projecten waar DPC aan mee doet en hoe je kunt meehelpen. Je kunt natuurlijk ook altijd nog een kijkje op GoT nemen voor de dagelijkse statistieken en discussies.

Tot slot nog een dankwoord aan een ieder die een bijdrage heeft geleverd aan dit project. Het zal de wetenschap zeker ten goede komen.

Reacties (11)

[ColdFusion]

Het is natuurlijk niet de bedoeling dat iedereen hier een beetje subteam of project reclame gaat maken. Voor een overzicht van alle projecten ga je naar www.dutchpowercows.org of neem je een kijkje op SID.

Om de sfeer te proeven bij de diverse projecten volg je de dagelijkse topics op GoT. Kijk welk project het beste bij je past en werk je vervolgens daar omhoog in de stats

[Witlof]

Het was een leuk gezellig en zeker ook knus project waarbij je met een kleine kudde al een verschil kon maken. Heb het erg leuk gehad in de tijd dat ik het draaide. Helaas net te laat terug gekomen om die top 30 te behalen maar had ik het project maar moeten blijven draaien

In iedergeval het 2e project in korte tijd dat afgelopen is dus ik ben benieuwd wat dit voor de andere projecten gaat betekenen. Ze moeten toch wel overstappen op een ander project en zullen toch nooit stoppen?

[Cow_tipping]

Leuk project, met leuke mensen die meededen bij DPC en concurrerende teams.
DPC werd 7e van de teams, ikke 6e bij de users.
Ik heb bij dit project mijn roots gevonden in het dc wereldje waarbij ik het gevoel had dat nu mijn idle-cycles wel nuttig werden gebruikt. (dit in tegenstelling tot enkele andere projecten)
Crew en statsbouwers bedankt!

[cryforhelp]

Er lopen wel veel projecten af de laatste tijd. Is er een trend om alle kracht wat meer te concentreren ofzo?
Dat zou wel nuttiger zijn dat mensen niet uit 20 verschillende projecten kunnen kiezen, maakt de keuze wat makkelijker

[E-Vix]

Misschien een idee voor iedereen die nu op Genome zit om na dit project over te stappen op een van de 'oerprojecten' van DPC zoals het RC5-72 of het OGR project. Zou wel leuk zijn als we daar namelijk weer op de 1e positie in de daily stats uit zouden kunnen komen.

[Forage]

Met het folding project is het DPC team de laatste tijd gedaalt van de 23e plaats naar de 25e. Een beetje hulp hier is natuurlijk ook welkom ;-)

[DeadMetal]

Maar bij Distributed Folding gaan we juist hard op weg naar de nummer 1

[Crack]

Dit was een heel fijn project om te draaien: dagelijks in de stats en de resultaten dienen een goed doel. Ik ben ook zeer tevreden met m'n 10e stek, aangezien ik eerst maar weinig power op G@H had staan.
Nu ben ik wat andere projecten aan 't uitproberen en het dagelijks inhalen van teamleden is (bijna) weer een nieuwe ervaring.