Belangrijke mijlpaal voor DPC in het onderzoek naar kanker

3 april 2001 is de dag waarop de Dutch Power Cows, Nederlands grootste distributed computing team, begon aan de projecten van United Devices (ook wel UD Grid genoemd). Vandaag, twee jaar en drie maanden later, hebben de Dutch Power Cows een belangrijke mijlpaal bereikt bij deze projecten. Als negende team wereldwijd heeft DPC de barrière van 100 miljoen punten doorbroken (zie hier). Daarvoor hebben we ruim 888 jaar processortijd nodig gehad. Dit is dus een hele prestatie! Maar de negende plaats is DPC natuurlijk onwaardig.

Het Project

United Devices en Intel hebben, in samenwerking met de University of Oxford Chemistry Department een non-profit programma opgezet, dat de overgebleven processorkracht (de zogenaamde 'idle time') van je computer gebruikt om te zoeken naar een medicijn tegen kanker (leukemie om te beginnen). In april 2001 is het onderzoek gestart met de eerste fase van het project, met behulp van de analysemethode THINK. In deze fase werden ongeveer 3,5 miljard moleculen oppervlakkig gescand op sommige eigenschappen, met als doel de meest kansrijke kandidaten voor een medicijn te selecteren. In de zomer van 2002 is de tweede fase van start gegaan, met een andere analysemethode, namelijk LigandFit. De moleculen die in de eerste fase van het project grof gefilterd zijn worden opnieuw bekeken en aan andere, uitgebreidere onderzoeken onderworpen.

UD is onlangs naast het onderzoek naar kanker ook begonnen aan een nieuw project, dat zoekt naar een medicijn voor het pokkenvirus (Smallpox), waarbij ook van de LigandFit analysemethode gebruik gemaakt wordt. Standaard zal de client zowel werk verrichten voor het onderzoek naar kanker, als voor het onderzoek naar het pokkenvirus. Dit is echter in de instellingen te wijzigen, als je liever alleen aan het kankeronderzoek meewerkt. Dit doe je door in te loggen op de UD Member site en via My device manager en dan Profiles het vinkje weg te halen bij PatriotGrid. Meer info over dit project op het Grid.org forum.

De Tussenstand

Inmiddels heeft UD meer dan 2 miljoen leden waaronder 1.892 DPC'ers. De kans bestaat dat DPC nog gaat stijgen in de ranglijsten, maar de kans dat we gaan zakken is helaas groter. Twee teams die nu nog onder DPC staan leveren dagelijks een grotere bijdrage aan het project dan DPC doet. Waarschijnlijk zullen we binnen nu en een week een plekje af moeten staan aan het team "DSL Reports Team Discovery". Een kleine drie maanden later zal het team "IBM Internal", volgens de huidige stand van zaken, ons ook voorbij gaan, waardoor we zelfs uit de toptien verdwijnen. Pas anderhalf jaar later hebben we dan weer zicht op het terugkeren in de toptien. Alle hulp is dus welkom om DPC in de toptien te houden! Daarnaast help je (moeiteloos)ook nog eens mee aan een goed doel, want de kans is 25% dat je ooit in je leven zelf te maken krijgt met kanker.

Wil je aan dit project meedoen? Check dan de FAQ of kijk op GoT waar iedereen je graag helpt met het beantwoorden van je vragen.

Reacties (57)

[Verwijderd]

Ik ben ervan overtuigt dat hier het probleem bij is dat er teveel distributed projecten zijn.

Vroeger had je RC5-64 en Seti challanges. Meeste tweakers deden rc5. NU is dat voorbij en schieten ze als bloemetjes uit de grond. ja welke kies je nou als tweaker zijnde?

Ook dpc doet hier vroolijk aan mee. 10-15 verschillende stats etc op de site. Bundel je forces naar 1 iets en ga niet alles zitten verspreiden.

Toegegeven, als je klaar bent heb je wel 10-15 dingen
klaar, maar als je daar 100jaar voor nodig hebt schiet dat natuurlijk niet op.

so dpc, bundle your forces.

[Freakertje]

Ik vind dat je nu wel heel erg overdrijft. 10 à 15 projecten is wel iets anders dan 10.000. En als je geen variateit had gehad dan denk ik dat een groot gedeelte van de mensen die nu zo'n ander project doen niet hadden meegedaan met welk project dan ook, gewoonweg omdat niet iedereen dezelfde projecten leuk vinden.

[Verwijderd]

Het was mijn bedoeling ook om te overdrijven, en dat op zo'n manier dat het erg duidelijk was dat het overdreven is. Ik heb het voor je aangepast : P

En de keuze welk project je aan mee doet, maakt dit echt uit? Vind jij het echt zo belangrijk dat de rc5-72 bits sleutel gevonden word? het is toch maar een kwestie van tijd. Of dat er aliens gevonden worden, nou is dat nog wel geinig, maar projecten die zoeken naar een medcijn tegen kanker lijkt me toch aanzienlijk belangrijker dan die anderen.

En je dwingt mensen .... je installeert een programmatje en dat rekent. merk je er echt van wat ie rekent? voor het zelfde geld zitten we met zn allen via alle projecten geheime FBI shit te decoden en niemand die het weet.

[ColdFusion]

Niet iedereen voelt zich aangetrokken tot RC5 bv. Door de vele projecten heb je ook veel variatie in je aanbod en dat is alleen maar positief naar mijn mening. Zo kan iedereen doen wat hij/zij leuk/nuttig vindt om te doen.

Als je je puur wilt focussen op 1 of 2 projecten dan zou je mensen moeten gaan dwingen een bepaald project te doen en dat gaat hier, waarbij we afhankelijk zijn van een welwillend persoon die zijn pc wil afstaan voor dit soort doeleinden, niet gebeuren.

[Tweeke]

Ben ik het mee eens

En ik denk dat de UD-client uitstekend geschikt is om te dienen als dé DPC-project Client, waar dus eigenlijk álle DPC'ers aan mee moeten doen! Ik heb het progje ook een tijdje gedraaid, het werkt soepel, en vreet nauwelijks andere system resources dan processor idle time.

Goed beschouwd zijn projecten als RC5-72 alleen maar leuk voor de stats..... en toch doen daar de meeste DPC'ers aan mee. Misschien idd eens tijd om de Distributed Computing projecten waar de mensheid écht wat aan heeft meer te promoten, en langzaam maar zeker de 'nutteloze' projecten uit te faseren.

Beetje jammer dat er in dit artikel nog zoveel de nadruk gelegd wordt op het 'stats' gebeuren. Lekker boeiend dat DPC 9e of 10e is en wellicht wel 11e wordt
Waar het dus om gaat is dat er met het draaien van de UD client mensenlevens gered kunnen worden! Dat mag toch wel VOOROP staan

[_WgV_]

Dan kunnen we Team_Switch ook wel afschaffen!
Geen goed idee dus!!

[Verwijderd]

Ik vind het heel cool maar wat is nou de lol van dat hele project, geld ook voor SETI.
Bij het rc64 project was dat het breken van een code en met het vaststaande feit dat de code gebroken word en niet de vraag of het ooit gebroken wordt valt er dus wat te halen.

Bij dit, allemaal heel bewonderenswaardig allemaal maar er is geen enkele zekerheid en ook geen drijfveer om een code te breken want de vraag is niet wanneer die gebroken worden maar of er iets is wat gebroken kan worden dus met een duidelijk uiterste eindpunt na x keer processortijd.

m.a.w. is dit geen project met echt een oneindig afloop waarvan het antwoord altijd onvindbaar zal blijven en waarbij de drijfveer alleen is het pochen van je hoeveelheid berekende blokjes met de daarbij behorende ranglijst

Begrijp me niet verkeerd als er zekerheid is (100%)dat er iets te halen valt dan moet er vooral mee doorgegaan worden.

[Cyberdeck]

Hey er kan zeker een eindpunt zijn. Als er een middel gevonden wordt tegen kanker! En daar heeft iedereen profijt van.

[Verwijderd]

Ja maar "als" hangt samen met vele onzekerheden daarom gebruik je ook bij onzekerheden het woordje "als".

Ik zou graag eerst zekerheid willen hebben en die had je bij het encryptie project wel, toegegeven dat was weinig bewonderenswaardig voor de mensheid met het vinden van de sleutel enkel het aantonen van de veiligheid met hedendaagse encrypties voor brute force.

[Enthroned]

Als er bij iemand waarvan jij houdt kanker wordt geconstateerd kan het je toch ook niet schelen hoe zo iemand beter kan worden, als het maar gebeurd.

Als je dan via dit proggie daaraan mee kan doen is dat voor mij voldoende drijfveer om eraan mee te doen.

Ik ben 2 jaar geleden van het RC-64 project naar UD overgestapt toen ik te horen kreeg dat mijn zus kanker had (ik weet dat dit een vorm van eigenbelang is maar zo is het nu eenmaal gegaan), inmiddels is mijn zus al overleden maar blijf ik met UD draaien omdat ik niemand het verdriet gun dat de ziekte en dood van mijn zus met zich meebracht.

Dus hou aub op over het ontbreken van een drijfveer omdat er geen 100% zekerheid is, je weet volgens mij niet wat je zegt of vergeet na te denken.

[Jis]

Doe je dan ook nooit mee aan een loterij? Of zeg je dan tegen de verkoper dat je alleen het winnende lot wilt kopen Beleg je ook niet op de beurs en sluit je ook geen beleggingshypotheek af? En dan ga je zeker ook nooit met de trein naar school? Want je weet nooit 100% zeker of de trein wel rijdt en als ie al rijdt, dan weet je niet of je uberhaupt wel wat leert.

Dit is wetenschappelijk onderzoek en daarbij weet je nou eenmaal niet van te voren precies welke resultaten je gaat boeken. Dan kan je natuurlijk net als de meeste andere diersoorten gewoon alleen doen wat je al weet; eten, slapen, voortplanten en weer eten... Maar dat onderscheidt de mens dus ook juist van de rest. Wij zijn beter in staat om nieuwe dingen (aan) te leren.

Ik vind het juist fantastisch dat iedereen met enkel een pc een bijdrage kan leveren aan dergelijk belangrijk onderzoek. En hierdoor raak je misschien ook nog eens meer betrokken bij het het onderzoek. En de zekerheid die je wel hebt is dat er stats van jouw werk worden geproduceerd. Als dat niet genoeg is, tsja, dan is het gewoon jammer...

[Mr_Big]

Er staat dat de DPC's 888 jaar processortijd hebben geinvesteerd. Waar wordt dat op gebaseerd? Één jaar computertijd voor een P100 is wel wat anders dan voor een P4 3Ghz... Of is er een bepaald aantal berekeningen gelijkgesteld aan een jaar processortijd?

[Floor-is]

Processortijd is processortijd, of dat nu met een AMD K6-2-400 is of een P4 3.06.
In dit project krijg je echter wel meer compensatie voor een tragere processor, het is dus niet zoals bij RC5-72 dat je eigenlijk een hele snelle machine moet hebben. Wij hebben een aantal servers draaien (P2-400, P2-450 en P4-1.6) en die scoren nagenoeg hetzelfde, daarom is het voor de leden ook laagdrempeliger om mee te doen met UD-THINK.

Wat overigens nog niet is vermeld is het volgende:
1. Je doet mee met een nuttig onderzoel, je zoekt naar een medicijn tegen ziekten die we nog niet de baas zijn. Hiermee kan je potentieel levens redden en dat is heel wat nobeler dan domweg een sleutel voor een DB proberen te kraken met brute-force (en dat schiet ook niet op).
2. Bij dit project maak je al snel leuke scores, mijn teampje heeft nu ongeveer 18 machines draaien, waarvan ongeveer 60% een dagelijkse output heeft. Toch staan we hiermee al een tijdje in de dagelijkse top30. De laatste dagen hebben we een aantal machines die wat langer hebben gedraait dan normaal en we halen nu dan ook de top10. Met een relatief klein aantal systemen kan je dus echt al leuk meedoen.
3. Er is een hele leuke sfeer tussen een aantal subteams: Op het moment is er bijvoorbeeld een 'race' naar de 150k punten, wat ongeveer een dag of 40-50 zal duren. Door deze race leer je elkaar wat beter kennen en probeert iedereen toch weer een extra machine mee te laten doen. Goed voor de sfeer, goed voor de resultaten en goed voor het project.

Als ik kijk naar RC5-72, zie ik dat DPC hardstikke voorloopt op de rest, tof natuurlijk, maar ook de dagelijkse output is zo veel groter dat DPC voorlopig niet wordt bijgehaald. Misschien is het (naast het feit dat RC5-72 weinig nut heeft) daarom wel leuker om je te concentreren op iets wat nut heeft voor de samenleving.

[twixx]

De 150k race roeleert Volgens de stats van vandaag duurt het nog maar 38 dagen, maar het e.a. zal wel binnen 33 dagen gefixed zijn

Anyway doe mee aan de volgende race! Log samen met je buurman of je zusje in en je hebt al 4 systeempjes pruttelen. DPC against Cancer!

[Verwijderd]

Of je een P100 een jaar laat rekenen of een P4 3Ghz... een jaar processortijd blijft een jaar processortijd.

Werknemers werken ook niet allemaal even snel maar daarom kan je nog wel een x aantal arbeidsjaren achter de rug hebben.

[Tweeke]

Blijkbaar wordt gewoon de uptime van de UD client gemeten, daar zijn geen moeilijke berekeningen voor nodig hoor!

En het maakt dan ook helemaal niet uit om wat voor processor het gaat, immers alleen de tijd dat het progje draait is van belang

[JJay]

Bij de puntentelling van grid.org wordt het aantal gecrunch'te pakketjes gewogen tegen de processortijd. Meer CPU power levert dus niet direct meer punten op ;-)

Het is dus ook niet belangrijk met wat voor Proc's je aan je punten komt..

[Floor-is]

Zolang je maar binnen 8 dagen een workunit af kunt maken. Want dat is wel een eis. Daarom heeft een 386 ook niet zoveel zin, maar alles vanaf een P200 scoort gewoon hardstikke leuk

[Hark_k]

Fout, in de FAQ staat:

De client mag 264 uur (11 dagen) over een WorkUnit doen, en een WorkUnit moet binnen 456 uur (19 dagen) bij UD terug zijn.

[Hark_k]

Meedoen? De UD Agent voor Windows is hier te downloaden.

Aanmelden bij DPC kan vervolgens via deze pagina.

[Cyberdeck]

Ik doe al een tijdje niet meer mee aan dpc omdat ik niet echt de toegevoegde waarde erin zag. Deze toepassing daar kan ik me wel in vinden. Ik heb nu m'n net nieuwe p4 2,4@3,1 toegevoegd aan de dpc for cancer.

Ik merk de belasting minder dan bij andere clients, of het kan zijn dat ik het minder merk op deze compu tov m'n vorige 1,3 celeron.

[Cow_tipping]

Dat laatste.
De programmatjes die op de achtergrond draaien voor de nuttige projecten zijn wat geheugengebruik intensiever dan de 'nuttelozere' projecten waarbij alleen maar naar getalletjes wordt gekeken, al dan niet in een wiskundige formule.
Het berekenen aan eiwitten en proteines is dusdanig ingewikkeld dat je met een klein programmatje niet uit de voeten komt.
(Dat is ook de reden dat de meeste mensen die van 1 van de d.net projecten afkomen klagen dat de andere projecten zoveel resources opvreten)
Maar als het goed is gebruikt het programma wat op de achtergrond draait alleen je idle-cycles van de CPU dus je zou er helemaal niks van moeten merken tijdens gewoon gebruik, mits je voldoende geheugen hebt in je pc.

[Witlof]

Ben blij dat er weer wat nieuws is gepost van DPC. Geeft altijd een boost een nieuwe members. In totaal zijn er nu 61 bijgekomen in 2 dagen

[Verwijderd]

* 786562 BladeMaster
Het zijn er al 71
zondag 14 nieuwe leden
maandag 57 nieuwe leden

en wie weet wat dinsdag gaat brengen

[KoW]

Kijk, dat is het betere nieuws

Een goed verhaal van DPC, en een hoop nieuwe leden die samen gaan werken om het kankeronderzoek naar een hoger peil te trekken.

[Verwijderd]

Allé dat is goed nieuws, mijn pc'tje draait al meer dan een jaar met dat United Devices proggy en ik zie da maar punten genereren, maar nu hebben ze eindelijk resultaat bereikt. Way to go!

[Diggie9]

Nou, ik zoek al 4 jaar naar aliens zonder resutaat, enige wat ik heb gevonden is me broertje

[gp500]

nutteloos dus

[Verwijderd]

De reden waarom ik huiverig ben om aan dergelijke projecten mee te doen is dat het mogelijk is dat een bedrijf dankzij ons non-profit beschikbaar stellen van CPU-tijd waardevolle patenten in handen krijgen, met als gevolg dat de uiteindelijke geneesmiddelen zo heel duur worden en de vruchten van het project hoofdzakelijk in de zak van dat ene bedrijf zouden belanden.

Welke garantie hebben vrijwilligers die CPU-tijd beschikbaar stellen dat de onderzoeksresultaten waar onze machines aan hebben bijgedragen niet gepatenteerd zullen worden en indien wel: of die patenten door een eerlijke neutrale non-profit partij zullen worden beheerd?

[Verwijderd]

Met die vraag heb ik in het begin ook sterk zitten worstelen, maar als je op deze pagina kijkt: http://www.grid.org/projects/cancer/participants.htm

Dan krijg je een overzicht van de deelnemers voor het kankeronderzoek. UD biedt alleen de technische mogelijkheden voor distributed computing, en de andere twee deelnemers zijn een universiteit en een stichting. De aard van beide partijen (universiteit als wetenschappelijk onderzoeksinstituut en een foundation (of stichting) met een ideële doelstelling) geeft mij het vertrouwen dat hier geen misbruik van processerkracht wordt gemaakt.

Als je dit bijvoorbeeld vergelijkt met wat UD als "PatriotGrid" draait. Daar wordt, onder meer in opdracht van het US Department of Defence, onderzoek gedaan naar het SmallPox virus. Dit virus is volgens de WHO uitgeroeid in de wereld, maar is door het beleid van de USA ten aanzien van terrorisme (specifiek bioterrorisme) een hot item geworden. Met dit project heb ik zelf ook de twijfels die je hierboven uitspreekt. Wie garandeert ons dat de resultaten door de het Amerikaanse leger beschikbaar worden gesteld voor het grote publiek? Ik kies er dan ook voor om hier niet aan mee te doen.

Het blijft natuurlijk persoonlijk of je voldoende vertrouwen hebt in een achterliggende organisatie, maar ik hoop dat ik je met deze info enigszins heb kunnen helpen.

(Overigens heb ik met rc5 meer het gevoel dat ik bijdraag aan commercieel succes van een bedrijf, daar wordt "gratis" bewezen voor de hele wereld hoe goed een beveiligings algoritme als rc5-64 en rc5-72 wel niet zijn)

[Verwijderd]

Ah, een project met nut!
Ik heb twee computers toegevoegd, er volgen er nog meer...

[twixx]

Welkom bij de club! Niet meteen volgende week de top10 binnen stormen he

[GeeBee]

...want de kans is 25% dat je ooit in je leven zelf te maken krijgt met kanker.

Dit vind ik geen leuke zin om reclame te maken voor dit project.

[jeroon]

Het hoofddoel van dit project is meehelpen een medicijn te vinden tegen verschillende soorten van kanker, en niet zo mooi mogelijke stats oid. Het is dus niet zo dat er een ziekte misbruikt wordt om reclame te maken, dat zinnetje is gewoon de harde waarheid, en jij kunt meehelpen met het project.

Of je deze methode zinnig vindt is aan jou om te bepalen, ik schenk ze iig mijn idle cycles