Polderpioniers - Guido van Rossum: Ontwerper van de programmeertaal Python - Computer - Video's

In de derde aflevering van dit seizoen van Polderpioniers, gaan we langs bij Guido van Rossum. We spraken hem in het Centrum voor Wiskunde en Informatica in Amsterdam, waar hij eind jaren tachtig meehielp om de taal ABC te ontwikkelen. Die taal werd niet populair, maar het gaf Van Rossum de inspiratie voor een programmeertaal die wél enorm populair werd en die inmiddels miljoenen gebruikers wereldwijd heeft: Python.

Afleveringen seizoen 2:

Afl.1: Polderpioniers - De baanbrekende chips van Bram Nauta

Afl.2: Polderpioniers - Jeroen Tel en de opkomst van gamemuziek

Reacties (113)

BugBoy 15 november 2015 11:13

Leuke serie inderdaad. Ik ben zelf ook al 25 jaar bezig met programmeertalen en ook Python heb ik regelmatig gebruikt. Erg leuke taal, maar zoals zoveel talen is het lastig om grote programma's mee te onderhouden. Ik ben toch wat meer aanhanger van de visie van Anders Hejlsberg (Turbo Pascal, C# en TypeScript). Die houdt ook erg goed rekening met onderhoudbaarheid en refactoring. Die man benoemt problemen, waar ik dagelijks mee te maken heb. Dat is voor mij de echte language held

Wat ik wel jammer vind is dat de interviews niet wat dieper gaan. Ik had wel graag willen weten wat deze man vindt van andere talen en wat hij ziet als toekomste dingen die belangrijk zijn in Python. Kortom... wat is zijn toekomstvisie. NodeJS met JavaScript is een belangrijke tegenhanger van Python. In mijn ogen nog minder gestructureerd, maar wel waanzinnig populair. Graag hoor ik zo iemand vertellen wat hij hier van vind.

Rutje! @BugBoy • 15 november 2015 13:04

Hij heeft recent nog veel tijd gestopt in het toevoegen van de AsyncIO module in Python. Dat maakt de standaard library geschikt voor concurrency problemen wat één van de sterke kanten van NodeJS is. Iets wat voorheen enkel beschikbaar was in Python via externe modules als Twisted, gevent etc. Dus dat voordeel, en de noodzaak ervan, zal hij ongetwijfeld erkennen.

BugBoy @Rutje! • 15 november 2015 14:24

Ik zag het inderdaad voorbij komen tijdens wat code-voorbeelden. Async processing zie je eigenlijk in steeds meer talen als feature erbij komen. Javascript voegt promises toe (dat handig is bij async processing) en ook in .NET is het tegenwoordig een language-feature i.p.v. alleen library support.

jaapzb @Rutje! • 16 november 2015 09:58

Dat maakt de standaard library geschikt voor concurrency problemen

Dat is niet helemaal waar. Asyncio zelf zit wel in de standaard library, klopt, maar het overgrote deel van de standard library zelf is niet compatible met asyncio , omdat asyncio met coroutines werkt. Als gevolg daarvan komt de asyncio module zelf wel met een heleboel nieuwe modules voor TCP sockets, futures en streams die wel coroutine-gebaseerd zijn. Maar je kan dus niet zomaar elke lib in de standard library in asyncio gebruiken, aangezien niet-coroutine-gebaseerde modules de event loop zullen blokkeren.

Wolfos @BugBoy • 16 november 2015 15:51

Python is echt geweldig als een soort cross-platform vervanger voor batch scripts. Niet alles hoeft geschikt te zijn voor grote projecten.

BugBoy @Wolfos • 16 november 2015 16:09

Dat klopt en daar gebruik ik het ook voornamelijk voor. Maar als ik dan lees dat Dropbox bovenop Python is gebouwd, dan verbaast mij dat eigenlijk. Ik vind het niet de meest onderhoudbare taal. Daarbij is ook de snelheid niet geweldig. Gezien de schaalgrootte van Dropbox lijkt me 10% performancewinst mij best een belangrijk issue (tenzij alles toch al I/O bound is).

BramV 15 november 2015 11:27

Wederom een fantastische aflevering van Polderpioniers !!! Goed bezig Tweakers. Het gaat tijd worden voor Tweakers TV (programma?). Het is bijna dramatisch dat er tussen alle shi* op tv geen leuke ICT programma's zijn.

Game_overrr @BramV • 15 november 2015 12:38

Zeker omdat een serie als polderpioniers ook erg professioneel gemaakt is en er erg goed uit ziet.

remya @BramV • 15 november 2015 15:31

Ben het hier helemaal mee eens. "Vroeger" was de oplossing dan om direct naar Discovery of NG te zappen, maar sinds dat ze daar (bijna) alleen nog maar in scene gezetten reality show maken zou het erg leuk zijn als er ruimte zou zijn voor z'n tech zender.
Misschien niet alleen maar van Tweakers maar in samenwerking met andere tech sites & community's kan je toch wel een leuke programmering maken.

memphis @BramV • 15 november 2015 19:51

Was ooit een grote fan van de WDR Hobby Computerclub en ook van Hobbyscoop maar dat was nog in tijden dat computers in vele vormen bestonden en de hobbyïst ook interesse had in de vele ontwikkelingen. Vandaag de dag is de computer een gebruiksvoorwerp wat samen met de vele info vindbaar op het web een dergelijk programma op de nationale omroep overbodig maakt.
Tweakers kan beter denken aan een eigen internet station.

Maar toch weer leuk om te zien dat een Nederlander de grondlegger is van een goed gebruikte programmeertaal.

[Reactie gewijzigd door memphis op 22 juli 2024 13:29]

1nsane @BramV • 16 november 2015 18:38

Amen, tussen alle schreeuwerige klapvee programma's zou het een verademing zijn, ik kijk sowieso bijna alleen nog Discovery en Nat Geo uitzendingen en zelfs daar begint het ooeeeh en aaaah gehalte al aardig omhoog te schieten.

RobbieB @BramV • 15 november 2015 15:19

Of gewoon een AppleTV app

SSDtje

@RobbieB • 15 november 2015 16:38

Waarom Apple TV, YouTube werkt namelijk ook prima voor hoor, mocht je dat soort content willen zoeken/bekijken.
Plus daar heb je niet gelijk Apple TV voor nodig. Verder een top aflevering weer, zeker het kijken waart

[Reactie gewijzigd door SSDtje op 22 juli 2024 13:29]

To_Tall

@SSDtje • 15 november 2015 18:02

Je geeft dus je content waar je zwaar voor hebt gewerkt gratis aan Youtube

Na dan een app op een device zoals XBOX of AppleTV

SSDtje

@To_Tall • 15 november 2015 18:10

Nee, dat is niet wat ik zeg.
Ik zeg alleen dat, mocht je content zoeken over hoe code werk/ooit tot stand is gekomen, dan kan je daar vaak ook prima content van op YouTube vinden.
En dat je daar dus niet gelijk Apple TV voor nodig bent.
Thats all

Simpel voorbeeldje
En een uitgebreider voorbeeldje

[Reactie gewijzigd door SSDtje op 22 juli 2024 13:29]

Anoniem: 28739 @BramV • 15 november 2015 23:21

Ben ik het helemaal mee eens, waarom is er niet wekelijks een IT programma op TV, leuke afwisseling.

Lednov @Anoniem: 28739 • 16 november 2015 11:11

Op TV? Dood medium, na de krant zal dit het volgende zijn wat gaat sneuvelen. Zal nog wel ff duren, dat dan weer wel. Alleen T.Net zou er verstandig aan doen om voor internet te gaan producren.

Rafe 15 november 2015 13:19

Leuk item! Het enige wat wel een beetje afbreuk doet is dat beelden van Amerikaanse partijen (PBS, CBC) soms niet kloppen met de context van het verhaal. Op 5:08 zie je Objective-C terwijl Guido het over C heeft, op 8:26 komt Ruby on Rails en op 8:43 zie je RoR met CoffeeScript terwijl Guide praat over shell script

Auteur

LukevanDrie Teamlead Mediateam @Rafe • 15 november 2015 17:19

Fijn dat je de video leuk vond. Ik heb mijn best gedaan om zoveel mogelijk passende beelden te vinden voor deze edit. Mijn kennis als video-editor m.b.t. programmeertalen hielp ook niet heel erg om alles 100% dicht te krijgen. Ik hoop desondanks dat het mooie werk van Guido van Rossum goed tot zijn recht komt.

To_Tall

@LukevanDrie • 15 november 2015 18:04

Misschien dan volgende keer filmpjes vragen aan iemand die het vak wel verstaat

....

No Offence.. Mooie film.. ga zo door.. Maar idd passende beelden zou je dan aan iemand anders moeten vragen of zelf dieper in de materie duiken

Rafe @LukevanDrie • 16 november 2015 16:43

Het is ook wel een beetje beroepsdeformatie

ik werk dagelijks met Rails en heb een jaar lang met Objective-C gewerkt, dus zoiets valt mij (te) snel op. Ik zou als programmeur dan weer niet weten waar je zo snel materiaal vandaan kan halen en ook de rechten goed bij kan regelen.

Verder vond ik het een prima item! Kijk er elke zondag weer naar uit

Olaf @Rafe • 15 november 2015 18:11

Volgende keer vragen we je om te 'proofwatchen' Rafe.

deathz0rz @Rafe • 15 november 2015 19:03

Op 15:38 weer Ruby

xTmPizzaMan @deathz0rz • 15 november 2015 21:41

Nou ja , Ruby en Python lijken ook wel op elkaar

Anoniem: 582905 @xTmPizzaMan • 17 november 2015 12:18

Mhaw, voor de leek misschien. Als er een kenmerk is van python dan is het wel dat codeblocks niet worden afgesloten met "end", en laat er daar nou net veel van staan.

Verder is nokogiri een vrij bekende ruby library, en die naam komt vrij prominent in de code voor van 15.43.

Er werken bij tweakers toch wel mensen die eventjes een kleine twintig minuten zo'n filmpje kunnen nalopen.

fmhc 15 november 2015 14:49

De naam Python is gebaseerd op het TV programma Monty Python Flying Circus, zoals Guido van Rossum zegt. Ik vraag me af of de mannen van Monty Python weten of zich realiseren dat er een programmeertaal naar hen vernoemd is. De interviewers stellen deze vraag niet en Guido zegt daar verder niks over. Iemand enig idee?

Olaf @fmhc • 15 november 2015 16:20

Dat heb ik wel degelijk gevraagd, maar hij wist het niet. Hij heeft iig nooit iemand van Monty Python ontmoet en kende ook niemand die dat wel had.

Auteur

LukevanDrie Teamlead Mediateam @fmhc • 15 november 2015 16:50

We hebben deze vraag wel degelijk gesteld, maar het antwoord heeft de edit uiteindelijk niet gehaald. Ik heb het antwoord van Guido van Rossum even opgezocht voor je.

[Reactie gewijzigd door LukevanDrie op 22 juli 2024 13:29]

fmhc @LukevanDrie • 17 november 2015 10:10

Leuk dat jullie het toch gevraagd hadden. Ik had het anders moeten formuleren in mijn reactie

. Bedankt voor de 'extra' video met het antwoord. Overigens heel interessant interview en verder een mooie serie.

[Reactie gewijzigd door fmhc op 22 juli 2024 13:29]

Probook8979 15 november 2015 09:26

Zeer mooie review. Toch mis ik net zoals bij voorgaande delen dat er gevraagd wordt of de persoon in kwestie " rijk " is mee geworden.

Vind het jammer dat er nu bij deze aflevering niet gevraagd wordt. Echter werdt dat wel gevraagd in de voorgande afleveringen.

Daarnaast heb ik een probleem met de filmpje op mijn iphone. De filmpje speelt opnieuw af als hij bezig is met afspelen op de Iphone?

CurlyMo @Probook8979 • 15 november 2015 11:19

De vraag: "Ben je er rijk van geworden?" komt niet letterlijk voor nee. Maar ik hoor wel genoeg antwoorden op die mogelijke vraag:
- Guido heeft wereldwijde erkenning gekregen voor zijn vakmanschap.
- Python wordt gebruikt door vele miljoenen mensen en staat in de top 10 meest gebruikte programmeertalen.
- Google en DropBox zijn ontstaan met Python en waarschijnlijk zit er een verband tussen dat en het feit dat hij er is gaan werken en heeft gewerkt.
- Hij krijgt regelmatig mails die hem bedanken voor de taal.

Genoeg "rijkdom" (erkenning en trots) als je het mij vraagt.

En waarschijnlijk kan hij doen waar hij zin in heeft. Als je op de C.V. kunt vermelden dat je de maker van Python bent, dan kan je waarschijnlijk overal aan de slag. Aan jou om de werkgever te selecteren waar je wil werken.

[Reactie gewijzigd door CurlyMo op 22 juli 2024 13:29]

Anoniem: 463321 @Probook8979 • 15 november 2015 10:24

Zo'n vraag en vooral het antwoord boeit mij totaal niet. Het ontstaan van de taal en het nog steeds aanwezige enthousiasme vind ik veel fijner om te zien dan de inhoud van zijn portemonnee. Beter dit dan personen die met een simpel appje van gebakken lucht miljoenen verdienen.

Falcone @Anoniem: 463321 • 16 november 2015 08:27

Het boeit jou niet maar misschien andere mensen wel. Ik ben persoonlijk daar wel erg benieuwd naar. Het kan ook aangeven uit welk belang mensen doorgaan met hun werk.

Verder weer een mooie aflevering.

Kees BOFH @Probook8979 • 15 november 2015 10:41

Als je bijna midden in San Francisco woont, je werkte voor Google en hebt dat opgezegt voor een baan bij Dropbox, en je kan zomaar 'maanden' op vakantie, dan heb je er waarschijnlijk wel een aardig centje aan overgehouden. Maar dat is dan omdat je specifieke kennis hebt, niet omdat zijn product zoveel geld heeft opgebracht.

Don Corleone 15 november 2015 09:13

Ik krijg hier heel sterk een "Linux gevoel" van, omdat ik veel paralellen met Linus Torvalds zie. Iemand die ook ontevreden was met de dan beschikbare middelen en dacht; "dat kan ik beter". Maar ook de aankondiging via mail dat mensen het konden gaan testen. Daarnaast hij, net als Linus, ook een "goedmoedige dictator", die alleen zeggenschap heeft in wat er in de basis verander in de code. Grappig ook trouwens dat ze beide met Andrew Tanenbaum te maken hebben gehad, zij het in een andere hoedanigheid.

Oja, mooi interview wederom. Complimenten!

[Reactie gewijzigd door Don Corleone op 22 juli 2024 13:29]

Kalief @Don Corleone • 15 november 2015 17:03

Tanenbaum werd ook al genoemd door Grune in een van eerste Polderpioniers afleveringen over CVS.
video: Polderpioniers: het concurrent versions system (iets voor de helft).

280562 @Kalief • 15 november 2015 23:47

Bedankt voor de link ! Dat ik die gemist heb ! Dick Grune is een fantastisch aardige man. Ik heb begin jaren negentig ook aan de VU gewerkt. Ik heb vaak met hem gelunched. Geen idee dat hij CVS had gemaakt. Jaren later ging ik programmeren bij een groot Amerikaans bedrijf. Die gebruikten CVS. Ik las toen in de manpage dat Dick CVS had gemaakt. Ik schaamde me een beetje dat ik dat niet wist. Nu blijkt dat hij het zelf ook niet wist.

Kees BOFH @Don Corleone • 15 november 2015 10:35

Het was voor beide begin jaren 90, de tijd dat het internet door begon te breken en je veel eenvoudiger samen kon werken aan 1 project. En gezien het gebrek aan goede open source projecten in die tijd was het ook veel makkelijker om een begin product op te zetten die vervolgens 'af' geschreven werd.

Als je nu een nieuwe programmeertaal released dan ben je een van de vele, zul je redelijk compleet moeten zijn en is het vrij lastig om vernieuwend te zijn. Bovendien heb je zoveel keuze dat je niet snel ontevreden kan zijn over het huidige aanbod

LowTone 15 november 2015 09:47

Ik gebruik python al een tijdje in mijn VWO informaticalessen en het is echt een verademing om te gebruiken ten opzichte van Java (wat ik voorheen deed).
Niets mis met Java op zich, maar als beginnende programmeur wil je je niet druk maken om complexe structuren, klassen en andere op het eerste gezicht alleen maar verwarrende concepten. Python is overzichtelijk, elegant en een perfecte instaptaal, die stiekem verrekte krachtig is.
Tof dat het een NL uitvinding is idd.

Bilel @LowTone • 15 november 2015 10:59

Dat wil je juist wel, die complexe structuren. Want nu ga je op basis van een structuur a-la "het werkt" hele programmas opbouwen die later heel moeilijk beheerbaar zullen zijn later. Ook zorgt de structuur in Java ervoor dat de compiler van tevoren al heel erg veel weet over het compilen en dit bespaard gigantisch veel tijd.

Python is leuk voor wetenschappers die snel, zonder teveel kennis, een programma willen kunnen schrijven. Maar als programmeur is het een taal die je het lieft terwege wilt laten tot je de echte programmeurtalen kent (Java, C++, C#). Structuur mag nooit onderschat worden, zelfs al doe je iets simpels.

Sh4wn @Bilel • 15 november 2015 11:54

Daar ben ik het echt niet mee eens.

Python biedt veel tools om jouw programma prima te structureren en onderhoudbaar te laten zijn. Ik denk dat de enorme grote hoeveelheid webapplicaties die op Python draaien daar prima een voorbeeld van zijn. Het hangt zoals in elke taal vooral af van de developers.

Het klopt dat Python hier een daar minder strict is, maar daar staat vaak tegenover dat de implementatie van jouw oplossing voor een bepaald probleem veel simpeler is in Python dan bijvoorbeeld in Java, waardoor de code significant minder onderhoud vraagt. Doet mij altijd een beetje denken aan dit linkje: https://medium.com/@webse...ware-engineer-db854689243

Het blijft trouwens een strictly typed taal: je kan niet zomaar een int bij een string "optellen". Die informatie is wel pas tijdens runtime beschikbaar, en we hebben dus geen compiler die dat tijdens compile time kan checken. Daarom zijn unit tests bijzonder populair in veel grote community Python projecten, die het gemis van een compiler die de types checkt opvangt.

[Reactie gewijzigd door Sh4wn op 22 juli 2024 13:29]

gekkie @Sh4wn • 15 november 2015 12:40

Het blijft trouwens een strictly typed taal: je kan niet zomaar een int bij een string "optellen". Die informatie is wel pas tijdens runtime beschikbaar, en we hebben dus geen compiler die dat tijdens compile time kan checken. Daarom zijn unit tests bijzonder populair in veel grote community Python projecten, die het gemis van een compiler die de types checkt opvangt.

Vandaar de optionele Type hinting in python 3.5 waar Guido nog aan refereert als recent project waar hij zich zelf nog actief voor heeft ingezet. Maakt het voor je IDE en interpreter mogelijk om aan type checking te doen als je dat wilt. Voor grotere projecten denk ik dat dit wel een uitkomst is, voor kleinere scripts (waar je alle context makkelijker voor handen hebt) is het dan weer geen ballast omdat het optioneel is.

Mont2uk

@Bilel • 15 november 2015 14:20

Ok, je wordt minder snel afgestraft met een taal als Python op het moment dat je niet goed of gestructureerd programmeerd. Mee eens, maar zeggen dat het geen echte programmeertaal is vind ik niet terecht.
Maar misschien bedoel je dat ook niet.

Ik vind Python een uitstekende instap om talen als C(++) te leren, mits je met Python op een correcte manier leert programmeren. Zoals een aantal mensen al aangeeft kan je Python en C(++) goed gebruiken in combinatie met elkaar; om de specifieke kracht van de verschillende talen optimaal te gebruiken. Slim toch?

Anoniem: 432173 @Bilel • 15 november 2015 15:46

Wel heel kort door de bocht.

1) Python bezit ontzettend veel libraries die het leven van een wetenschapper serieus kunnen vereenvoudigen (denk maar aan nympy, scipy, pylab en sympy).
2) Misschien nog even het interview herbekijken van wat Van Rossum nu echt zegt, want je snapt het nog niet helemaal. Hij haalt aan dat een C-programma misschien wel 60 keer sneller kan zijn, maar dat je er een week aan bezig bent terwijl je voor de python-implementatie een halve dag zou nodig hebben. Er zijn situaties waarin python overduidelijk de betere keuze is en andere situaties waarin je beter c++ gebruikt.

En wees er maar zeker van dat wetenschappers maar al te goed beseffen dat je python maar tot op een bepaald punt gebruikt, om dan over te schakelen naar c++ voor de berekeningen. Analyse zal je echter meestal in python doen, omdat het gewoon zo eenvoudig is (en vooral niet iedere keer moet compileren om iets kleins aan te passen in een plotje).

Veel verklaart ook het feit dat Van Rossum een wiskundige van opleiding is, hij werd geconfronteerd met het probleem en bedacht er een geweldige oplossing voor.

S1W 15 november 2015 08:32

Leuke man, niet alleen met een eigen visie op programmeertalen maar hij lijkt me ook goed toegankelijk voor een ieder. Mooi om te zien dat Python door het open community based karakter zo succesvol is.

z1rconium @S1W • 15 november 2015 08:55

Ik denk dat Python succesvol is door z'n relatief makkelijke inzetbaarheid, leesbaarheid, goed en relatief makkelijk te leren.

Bedankt Guido!

jdh009 @z1rconium • 15 november 2015 09:08

Bij de universiteit van Wageningen wordt de taal gebruikt als instap taal omdat het inderdaad relatief gemakkelijk te leren is. Dit was voor mij zelf ook de eerste taal die ik leerde en kon daarna de aangeleerde kennis gebruiken om een iets lastigere taal ook onder de knie te krijgen.

Gebruik het tegenwoordig nog steeds bijna elke dag om dingen die normaal veel werk kost te automatiseren. Liever 8 uur bezig met programmeren en dan resultaat dan 8 uur met de muis klikken waarbij je mogelijk geheel opnieuw moet beginnen als je er op het einde achter komt dat je een kaartbeeld of formule net verkeerd hebt doorgevoerd.

Tevens knutsel ik regelmatig dingen in elkaar met de Raspberry pi die bij mij voornamelijk op python loopt. Toch grappig als ik er nu over nadenk, deze man heeft best veel invloed gehad in mijn manier van probleemoplossend handelen en hoe ik dingen aanpak. Zelfs mijn groentetuin word mede mogelijk gemaakt door hem

[Reactie gewijzigd door jdh009 op 22 juli 2024 13:29]

ericvdwoude @z1rconium • 15 november 2015 09:20

Helemaal mee eens. Je kunt er daarnaast ook belachelijk veel mee

ONiel @z1rconium • 15 november 2015 12:22

In computerbeveiliging (meer bepaald pen-testing) wordt het ook vaak gebruikt om de redenen die jij net opsomde, maar ook omdat het ondertussen zoveel ondersteuning heeft, zoveel libraries,... Je kan dus iets wat normaal 500 - 1000 lijntjes van code kost, in Python met twintig doen bijvoorbeeld (misschien beetje overdreven, maar het komt wel op hetzelfde neer).

Veel pen-testing tools, en enkele beveiligingstools zijn in Python gemaakt. Natuurlijk heb je ook nog voor veel dingen C/C++ nodig. Maar groot deel kan in Python.

DrSnuggles 15 november 2015 10:30

Leuk om te zien hoe Guido het vooral lijkt te doen uit enthousiasme en nieuwsgierigheid. Ideeën die uit die motivatie zijn geboren, lijken het keer op keer te winnen van proprietare en/of commerciële ontwikkelingen.

Zelf al meerdere malen op het punt gestaan om te beginnen met Python in plaats van of naast R, waar ik mijn werk eigenlijk altijd in doe. Python is over het algemeen sneller dan R, alleen de enorme userbase en aantallen libraries die beschikbaar zijn voor de bioinformatica maken R (helaas) geschikter in die niche.

[Reactie gewijzigd door DrSnuggles op 22 juli 2024 13:29]

supersnathan94

@DrSnuggles • 15 november 2015 10:58

Mwah. Ben ik het niet geheel mee eens. Ik zit zelf in hetzelfde vakgebied en ben met python begonnen. R heb ik eigenlijk nog nooit echt gebruikt (naast een aantal pca plots). Voor statistische berekeningen ben ik het met je eens dat R geschikter is, maar voor bijna al het andere (big data, literature mining, front-end development/webapps en de daar bij behorende backbone) zijn python en java veel krachtiger.

Edit: misschien zit het verschil em ook in opleidings graad? Ik zie dat jij WO gedaan hebt (of doet) en je zal dan waarschijnlijk veel meer de data technische/statistische kant krijgen dan de praktische kant. Dan is R inderdaad veel belangrijker en handiger dan python.

[Reactie gewijzigd door supersnathan94 op 22 juli 2024 13:29]

gekkie @supersnathan94 • 15 november 2015 11:15

Veel SciPy dan neem ik aan ?

supersnathan94

@gekkie • 15 november 2015 11:43

Kan. Maar wij proberen veelal de bioloog de daadwerkelijke interpretatie te laten doen aan de hand van de data die we met python en java hebben vergaard. Echt statistische pakketen hebben we dan niet direct nodig.

Ik ben momenteel vooral bezig met het ontwerpen van een methode om de zogenaamde speld in de hooiberg te vinden zonder dat je de hooiberg in de fik steekt.

DrSnuggles @supersnathan94 • 15 november 2015 11:31

Completely agreed, sequencing data en R gaan bijvoorbeeld niet al te fraai samen. Er zijn wel wat paketten die er tegen aan schuren (e.g. GenomicRanges, edgeR, DESeq2), maar die werken dan weer meer met variant calling formats, eigenlijk. Wat betreft front-end, er zijn wel een aantal paketten (Shiny) die dat een stuk toegankelijker maken, maar ook daar moet R het afleggen tegen Python.

Data analyse en dan met name statistische analyses zijn inderdaad beter te doen in R. Ook voor plotten en interpreteren van data is, wat mij betreft in ieder geval, R een stuk geschikter.

supersnathan94

@DrSnuggles • 15 november 2015 11:51

EdgeR en DESeq2 heb ik inderdaad ook een blok mee gewerkt en snap de meerwaarde, maar tis helaas niets voor mij. Maar goed. Ik werk dan ook het liefst met sequencing data, heel veel reads, grote compound databases en alles wat maar dna interpretatie doet.

ThjK 15 november 2015 09:31

Guido is een held. Python is zo'n ontzettend fijne programmeertaal - en wat een veelzijdigheid in één aanpak. Van hardcore data mining tot web development, dat doet vrijwel geen enkele taal naast C, dit.

blorf @ThjK • 15 november 2015 09:54

Ik ben van C. Al jaren denk ik erover om te proberen Python op te pikken, maar niet genoeg tijd. Maar bij C kost het naar mijn idee weer te veel tijd om bestaande zaken snel te doorgronden of oude code van mezelf weer te snappen. Ik moet er altijd eerst "in zitten" wat soms lang duurt. Voordeel is weer dat ik met C snel ter plekke een oplossing voor iets of een poging daartoe eruit rammel.

[Reactie gewijzigd door blorf op 22 juli 2024 13:29]

supersnathan94

@blorf • 15 november 2015 10:38

Dat kan met python ook gelukkig. Python wordt binnen de bio-informatics vaak gebruikt icm literature mining en tekstuele analyse want daar is het erg goed in.

Maar ook even snel van het ene formaat naar het andere formaat parsen is geen probleem en is vaak een stuk sneller dan in java.

divvid @supersnathan94 • 15 november 2015 19:56

Jup, helemaal mee eens. Waar vroeger veel perl gebruikt werd is python nu een goede keus, met name door de goede libraries zoals biopython, numpy/scipy, matplotlib. Ook de integratie met C helpt daar bij.

BasilFX @blorf • 15 november 2015 11:08

Ik heb regelmatig dat ik iets in C(++) schrijf en dat dan door middel van bindings koppel met Python. Ik gebruik daar Cython voor,

Vaak zijn die C(++) modules specifieke algoritmes die gewoon snel moeten zijn, maar Python is dan weer erg gemakkelijk om de rest te doen (bestanden inladen, data voorbereiden, web interface etc.)

Soortgelijk: ik heb ook wel eens wat voor de Arduino geschreven, en vervolgens in Python gehangen zodat ik het kon simuleren en testen (in dit geval een PID controller).

Op dit item kan niet meer gereageerd worden.

Polderpioniers - Guido van Rossum: Ontwerper van de programmeertaal Python

Lees meer

Reacties (113)

Sorteer op:

Weergave: