De makers van BioShock hebben een aantal eigenschappen onthuld die tijdens het ontwikkelproces gesneuveld zijn. Zo zouden spelers een navigatierobot op kunnen roepen en zou de druk in elke kamer veranderd kunnen worden.
In een post op de website van Irrational Games onthullen de makers van BioShock een aantal eigenschappen die gepland stonden voor het eerste deel van het spel, maar gedurende het ontwikkelproces werden geschrapt. Zo was het de bedoeling dat spelers in de eerste BioShock, dat in 2007 verscheen, de druk in elke kamer konden variëren. De druk kon ingesteld worden op laag, normaal en hoog, waarbij alle levende wezens in het spel anders zouden reageren op de veranderde omstandigheden. Zo waren er wezens die onder normale druk immuun waren voor vuur, maar onder hoge druk niet meer en wezens die zich onder lage druk minder bewust waren van de omgeving en de speler dus minder snel opmerkten.
Irrational was al ver met de uitvoering van de optie. Volgens technical director Chris Kline was het programmeerwerk al klaar en zelfs aanwezig in de versie die in de winkel verschenen is. De optie is echter geschrapt omdat de standen ook bijna drie keer zoveel werk opleverden. Bovendien heeft Irrational volgens Kline nooit een goede manier gevonden om de variatie in druk op een audiovisuele manier goed aan de speler duidelijk te maken.
Verder was het team bezorgd dat spelers de weg niet zouden weten te vinden in Rapture, de onderwaterstad waarin BioShock zich afspeelt. Het opnemen van een plattegrond in het spel lag voor de hand, maar Kline vreesde dat het veel tijd zou kosten om een kaart in te bouwen. Dus kwam het team op het idee om een navigatierobot in te bouwen. Die kon de speler oproepen en dan uit een simpel 2d-menu een bestemming kiezen, waarna de Nav-Bot de weg zou wijzen. De bot werd echter afgeschoten omdat het concept te nieuw en onduidelijk geacht werd, waarna besloten werd om de extra tijd uit te trekken die nodig was om een plattegrond te maken.
Volgens Alexx Kay, een van de bedenkers van het spel, was het oorspronkelijk de bedoeling om allerlei soorten insecten op te nemen in BioShock. Het spel zou een complexe ecologie krijgen, met een koningin, werkers en strijders voor elk insectenras. De wezens zouden niet kunnen praten en nooit een teken van hogere intelligentie vertonen. Uiteindelijk is precies het tegenovergestelde geworden. Alle wezens in het spel kunnen praten en er is juist heel veel tekst in het spel opgenomen.
Tot slot was het de bedoeling dat Rapture een biomechanische basis zou krijgen. De audiologs die de speler nu via elektrische apparaten als een radio te horen krijgt, zouden oorspronkelijk uit een soort planten komen. De vele apparaten in het spel zouden in eerste instantie mechanisch lijken, maar de speler zou er pas gedurende het spel achter komen dat die apparaten eigenlijk bediend werden door een soort zombies.
