Red Hat heeft zich aangesloten bij een groep die werkt aan onderlinge interoperabiliteit van hun producten. Een van de leden van deze groep is Microsoft, en Red Hat is dan ook specifiek van plan om de compatibiliteit met de producten van deze fabrikant te verbeteren.
De Interop Vendor Alliance, naast Red Hat en Microsoft zijn ook Sun, EMC en CA lid, richt zich vooral op interoperabiliteit met Windows. Vooral de middleware die Red Hat in zijn productassortiment heeft moet beter compatible worden met Microsoft-producten, zo heeft het bedrijf laten weten. De Red Hat-dochteronderneming JBoss werkte hier eerder al aan, en op de resultaten hiervan zal Red Hat verder voortbouwen. JBoss heeft een aantal projecten uitgevoerd waarin gepoogd werd de open source middleware die het bedrijf heeft ontwikkeld, compatible te maken met Windows door ondersteuning voor veiligheidsprotocols en standaarden die door de Microsoft-software wordt gebruikt. Red Hat wil zich nu ook meer richten op compatibiliteit op besturingssysteemniveau. De aankondiging van Red Hat volgt op de publicatie van de roadmap die Microsoft samen met Novell heeft opgesteld. Deze laatste twee bedrijven zijn van plan om in het kader van hun samenwerking producten te ontwikkelen op het gebied van virtualisatie, webservices implementaties en verbetering van de compatibiliteit van documentformaten.