Eerste resultaten kankeronderzoek Folding@home

Folding@home, een distributed-computingproject dat onderzoek verricht naar het vouwproces van eiwitten, heeft de eerste resultaten van hun aan kanker gerelateerde onderzoek gepubliceerd. Het is hiermee, voor zover bekend, het eerste distributed-computingproject dat resultaten met betrekking tot onderzoek naar kanker vrijgeeft.

Aan de universiteit van Stanford leidt de 'PandeGroup', onder leiding van Vijay Pande, het Folding@home-project. Met behulp van duizenden computers over de hele wereld probeert men inzicht te krijgen in de werking van menselijke eiwitten en de ziektes die hieraan gerelateerd zijn. Eiwitten vouwen zich gewoonlijk in strengen om elkaar heen. Dit vouwen kan echter misgaan, waardoor de eiwitten beschadigd raken en zij hun functie niet meer kunnen uitvoeren.

Eén van de onderzochte eiwitten is p53. Dit is een tumorsuppressor die de vermenigvuldiging van cellen controleert. Als DNA in een cel beschadigd raakt, kan p53 de celdeling afremmen om herstel mogelijk te maken, of als dit nodig is zelfs de cel dood laten gaan. Zo wordt de ontwikkeling van tumoren tegengegaan. Als p53 echter zelf beschadigd is door verkeerd vouwen, kan het niet meer functioneren en kunnen tumoren ongeremd groeien en muteren. Afgelopen zondag postte Vijay Pande dit bericht op de website:

"The nature of our results can best be described in our paper. However, here's a brief summary of our results. Roughly half of all known cancers result from mutations in p53. Our first work in the cancer area examines the tetramerization domain of p53. We predict how p53 folds and in doing so, we can predict which amino acid mutations would be relevant. When compared with experiments, our predictions have appeared to agree with experiment and give a new interpretation to existing data."

In het kort vermeldt hij hier dat ruwweg de helft van alle kankergevallen te wijten is aan verkeerd gevouwen p53-eiwitten. Verder kunnen ze nu aardig voorspellen hoe p53 zichzelf vouwt en welke mutaties in aminozuren, die zorgen voor het vouwen van eiwitten, hiervoor relevant zijn. Hoewel dit een mooie stap voorwaarts is betekent dit uiteraard niet dat er nu een oplossing voor kanker is. Er zijn vele vormen van kanker en dit gepubliceerde werk licht slechts een tipje van de sluier op.

Uiteraard doet ook het distributed-computingteam van Tweakers.net, Dutch Power Cows, aan dit project mee. Mensen die mee zouden willen werken aan dit onderzoek kunnen terecht bij de FAQ en de stap voor stap installatiehandleiding.

Reacties (31)

[Verwijderd]

Toch mooi een DC project met echte meetbare resultaten die ook nog iets opleveren (geen RC-64 ofzo...).

Ik hoop dat ze nog veel meer vinden en dat kanker (of andere ziektes) binnenkort de wereld uit zal zijn. Nu hopen dat ze zo open blijven met de resultaten zodat iedereen er gebruik van kan maken.

Zelf houdt ik het nog gewoon bij SETI/BOINC maar dat is dan dus om persoonlijke redenen

[Verwijderd]

@ukkie001
Je kan het ook zien als zeer positief dat een non profit gemeenschap zich inzet om mensen ze ver te krijgen mee te werken aan dit soort projecten.

En ja, mensen zijn eerder geneigd te participeren en anderen uit te nodigen als er iets van een wedstrijd element is. Niet anders dan het toegestuurd krijgen van een foto je foster parents kindje, of het nieuws rond azië waar een ranglijst van meest-gevende landen telkens wordt aangehaald, zelfs met vermelding van wie wie ingehaald heeft.

Het is niet anders dan dat je tegenwoordig óók als steunorganisatie met de reclame methoden van vandaag meemoet om te kunnen overleven.

[gp500]

Dit zijn absoluut niet de eerste onderzoeken door D.C.

http://www.find-a-drug.org.uk/frame.html zijn er al verschillende resultaten geschreven.

De onderzoeken zijn wat algemener/breder volgens mij maar oke.

[SandStar]

Ze geven hun resultaten vrij.
Dat is iets anders dan zeggen dat je resultaten hebt.

[ernstblaauw]

Ik zou graag me willen doen, maar ik heb een AMD Athlon 64 met Cool 'n Quiet. Ik wil graag op en laag voltage draaien, zodat mijn stroomrekening wat minder hoog is. Ik zou graag een programma willen die ervoor zorgt dat mijn Athlon wel in de energiezuinige modus blijft draaien, maar dat zolang de Athlon in de energiezuinige modus draait, alle 'idle'-tijd naar kankeronderzoek gaat.
Is er al zo'n programma?

[Yobby]

Ik heb zelf geen ervaring met dat Cool 'n' Quiet, maar het toeval wil dat de client van dit project het toestaat de maximale processorbelasting in te stellen. Bij 25 wordt dan nooit meer dan 25% van je idle belast. Dus er is misschien wel een percentage waarbij de processor nog cool & quiet blijft, en je toch nog iets voor het project kan betekenen.

[Witlof]

Daar heb je helemaal gelijk in. Dat ik dat zelf ook niet even kon bedenken

Ben wel benieuwd hoeveel dagen je dan over de WU's doet als je 'maar' 25% gebruikt van de totale CPU power. Heb nu al soms dat ik 10 dagen bezig ben met 1 WU

[Verwijderd]

Zou je niet denken dat je dan zo'n beetje 4x zoveel tijd nodig hebt voor je WU'tje??

[phusg]

Programma weet ik niet van, maar waarom verlaag je de voltage niet direct in de BIOS van je moederbord? Dan heb je een 24/7 energiezuinige processor.

Het idee achter Cool 'n Quiet is niet echt compatibel met een DC client die er altijd voor zorgt dat je processor 100% belast is, en dus nooit idle.

[OldButNotSoWise]

Ach mijn overklokte Pentium 4's doen bijna 20 uur per dag niets anders als UD-grid wu's verwerken, ik heb juist een hekel aan collectebussen aan de deur en zie mijn hogere energierekening dan maar als bijdrage aan het kankeronderzoek.

[Ge Someone]

Het percentage hier is (inderdaad) de totale processor belasting, dus incl. wat er verder draait. Het voordeel vind ik dat als je dit niet op 100% zet (maar op 95% bijv) de DC client het rustiger aan gaat doen als je zelf wat op je computer doet. De response blijft hetzelfde als zonder (uiteraard heeft zo'n DC client ook priority idle)

[PaulC]

Het is ook veel beter voor je processor dat die op dezelfde temp. blijft (lees 100%)
En voor het project
Cool&Heat is nadeliger voor de levensduur van je processor dan constant 50 graden

[erikdenv]

Hoe kom je aan die wijsheid?

[Kristof]

Hij heeft eigenlijk wel gelijk.
Als je metalen verwarmt, dan zetten ze uit.
Als je metalen afkoelt, dan krimpen ze.
Dit uit zetten en krimpen is niet zo bevordelijk voor de levensduur. Dus als je je procesoor steeds op 100% houdt, en deze dezelfde temperatuur behoudt, is het beter.

Natuurlijk is een constante *te hoge* temperatuur ook weer niet goed.
Dus als je processor een goede koeling heeft, is het inderdaad beter om dezelfde temperatuur te behouden.
Indien hij geen goede koeling heeft, ...

[Witlof]

Was er niet een programma waarbij je de hoeveelheid power kan instellen? Was dat niet iets van threadmaster oid? Volgens mij stond dat ergens in een FAQ

[Verwijderd]

Moet je even SpeedSwitchXP v1.4 opzoeken en installeren, ik gebruik het zelf voor al m'n processoren met dat soort functies (o.a. m'n Athlon64)

[Crack]

Bij de installatie kan je opgeven hoeveel procent processorcappaciteit aan F@H toegewezen moet worden.

[Verwijderd]

Als kankerpatient, ICT-er en onderzoeker naar ALS kende ik dit project niet. Ik vind het een zeer goed initiatief en ga meteen meedoen en een aantal mensen in mijn omgeving uitnodigen om mee te doen

[Verwijderd]

Goed idee! Ik heb nog wel een paar uur idle tijd over elke dag... Ik vind dit trouwens een veel beter project dan SETI@home, niet zozeer omdat het 1 een beter programma heeft dan het ander ofzo, maar gewoon, wat ben je nu in hemelsnaam met de kennis dat er op x lichtjaren een planeet is die een radiosignaal uitzend? Hier kunnen op termijn mensenlevens mee gered worden!

Laat die aliens maar stikken

[Verwijderd]

Hee, niet gaan janken he als er straks aliëns aankomen zonder dat we het wisten en alle kanker en niet-kanker patiënten uitroeien.

[sjares]

Nogal verschillende onderzoeken he, denk dat de mens nu meer baat heeft bij onderzoek naar kanker dan naar aliens. Nogal doelloos zoeken vs gerichte aanpak van een wellicht een van de belangrijkste aandachtsgebieden in komende decenia. Hiermee wil ik niet zeggen dat kennis verworven in onderzoek naar buitenaards leven niet nuttig is, in tegendeel dit kan wellicht ook gebruikt worden voor ander onderzoek. Echter ik denk dat de kans dat aliens ons uitroeien (zeker op "korte termijn"; vergelijk ontwikkeling kanker maar eens met leeftijd heelal) niet zo waarschijnlijk is als de kans dat kanker een steeds groter aandeel krijg als doodsoorzaak en de diverse vormen die zich aannemen. Er is voorlopig nog geen controle over het onderzoek naar kanker.

[Verwijderd]

Ik heb die folding op 2 machines draaien, nu weet ik waar we het voor doen, erg leuk dat er ook resultaten gepubliceerd worden.

[Verwijderd]

Zo zeg dat zijn fijne berichten. Dit soort resultaten, en met name het feit dat het op non-commerciele basis gebeurt is precies de reden waarom ik meedoe met medische projecten van DPC.

Zo draai ik nu alweer een tijdje mee met dit project, en zie dit als een mooi goed doel waarin ik mijn overgebleven CPU-time kan doneren.

En het geeft me sowieso een goed gevoel dat ik meer doe aan het onderzoek ter bestreiding van ziekten, dan bijvoorbeeld alleen maar iets in de collectebus stoppen.

Dus: Fold on mede FaH'ers !!

[AOC]

erg leuk dat de resultaten ook gepost worden... Ik laat folding nu ook op m'n 2800+'je draaien, nou wordt deze pc toch nog voor een nuttig doel gebruikt

[Verwijderd]

Mooi, dit is veel nuttiger dan bv seti@home, deze moet ik ook maar eens op me linux pc gaan draaien, staat de helft van de tijd te idlen

[Marcelloz]

Kijk, doe ik het toch niets voor niets

[Verwijderd]

Daar ik zeer betrokken ben bij dit onderwerp doet mij het vreugd te zien dat er resultaten geboekt worden. Elk stapje hoe klein ook is er 1.

Wat me daarnaast even van het hart moet, is dat gezien de aard van het onderwerp, ik de volgende commercial niet erg passend vind:

----Uiteraard doet ook het distributed-computingteam van Tweakers.net, Dutch Power Cows, aan dit project mee. Mensen die mee zouden willen werken aan dit onderzoek kunnen terecht bij de FAQ en de stap voor stap installatiehandleiding.----

Dat mensen mee willen doen aan het project is niets anders als toe te juichen. Maar hier krijg ik weer de smaak in de mond, van 'kijk wij power cows zijn weer eens goed bezig...' Ik had voor een iets subtielere oplossing gekozen....

[Verwijderd]

Dit artikel is door DPC geschreven. Het is dan niet meer dan logisch dat ze zichzelf even promoten.
Zowel het project (en dus het onderzoek) als het team hebben hier baat bij.
Imho doet deze 'commercial' niets af aan de verdere inhoud van het bericht.

Mooi te zien dat DC concrete resultaten oplevert. Ik geloof dat DC in de toekomst een nog vele belangrijkere rol zal gaan spelen. Niet enkel op medisch gebied.

[Verwijderd]

hier krijg ik weer de smaak in de mond, van 'kijk wij power cows zijn weer eens goed bezig...''

Er is iets mis met je smaak papillen ukkie...

Mijn eerste gedachte, zoals velen die dit bericht lezen denk ik, was "Hoe doe ik hier aan mee?".
Het is alleen maar handig dat het er alvast bij staat, hoeft die discussie hier niet gevoerd te worden.

[NBK]

Zo'n stukje staat een het einde van alle stukjes geschreven door DPC en heeft helemaal NIKS te maken met hoe goed wij wel niet zijn. Toen DPC begon met DC bestond het gedachtegoed van "kijk eens hoe goed wij zijn" nog helemaal niet...

[_Thanatos_]

En dat terwijl dr. Flox ooit zei dat de longkanker van mevrouw een eenvoudig te genezen ziekte is