PayPal heeft de samenwerking met Mega opgezegd, stelt de opslagdienst. De reden zou zijn dat Mega standaard end-to-end-encryptie aanbiedt, waardoor de cloudopslagdienst geen inzage heeft wat er is opgeslagen.
Of dat daadwerkelijk de reden is dat PayPal de samenwerking met Mega heeft opgezegd, is onduidelijk: PayPal bevestigt de overeenkomst te hebben beëindigd, maar wil desgevraagd niet aangeven waarom.
Mega beweert evenwel dat het bedrijf zou hebben besloten om de samenwerking te beëindigen na onder druk te zijn gezet door creditcardbedrijven MasterCard en Visa. Die zouden op hun beurt onder druk zijn gezet door een Amerikaanse senator, de Democraat Patrick Leahy. Die zou hebben gereageerd op een rapport van de organisatie NetNames, gelieerd aan de Amerikaanse copyrightwaakhond MPAA, waarin Mega wordt neergezet als een 'niet-legitieme dienst'.
Mega stelt dat het wel degelijk een legitieme dienst is, die net zo goed samenwerkt met de autoriteiten als onder meer Google, Microsoft, Apple, Dropbox en SpiderOak. Het grootste verschil bij die diensten, los van SpiderOak, is dat Mega echter geen inzage heeft in de bestanden die gebruikers opslaan. Bestanden worden versleuteld met het wachtwoord van de gebruiker, in tegenstelling tot bij bijvoorbeeld Dropbox en Google Drive. Die versleutelen bestanden wel, maar met een sleutel die bekend is bij de aanbieder. Desgevraagd kunnen die diensten de overheid toegang geven tot bestanden, iets wat Mega niet kan. Mega zegt niet van plan te zijn om die werkwijze te veranderen.
In 2010 veroorzaakte de weigering van PayPal om nog samen te werken met klokkenluiderssite WikiLeaks veel ophef. Daardoor werd het voor die site een stuk moeilijker om geld te accepteren, iets wat PayPal op ddos-aanvallen van WikiLeaks-aanhangers kwam te staan. Ook weigert PayPal soms samen te werken met bijvoorbeeld usenet-providers.