Volgens Microsoft kan Apple geen alleenrecht hebben op het gebruik van de naam App Store. Het bedrijf uit Redmond heeft hiervoor een claim ingediend bij de USPTO. Hiermee wil Microsoft Apples merkrecht ongeldig laten verklaren.
De naam App Store zou te algemeen zijn, waardoor het ook concurrenten moet worden toegestaan om deze naam te gebruiken, zo redeneert Microsoft volgens PC World. Gebruikers en media zouden 'app store' gebruiken om onlinewinkels waarin software wordt verkocht in het algemeen aan te duiden. Inmiddels wordt op de statuspagina van de App Store-merknaam bij de USPTO aangegeven dat er een claim is ingediend tegen het toekennen van de merknaam aan Apple. Het is niet bekend wanneer de USPTO beslist over het toekennen van de naam App Store aan Apple.
Apple gebruikt de naam App Store voor zijn iOS-softwarewinkel. Microsoft hanteert voor Windows Phone 7 de naam Marketplace, terwijl concurrent Google de Android-softwarewinkel Market heeft genoemd. Daarnaast lanceerde Apple onlangs de Mac App Store, die software aanbiedt voor Apples desktop-OS.
De App Store voor iOS is de grootste softwarewinkel voor mobiele apparaten; er zijn meer dan 300.000 applicaties in opgenomen. Android staat op de tweede plaats, met naar schatting ongeveer 130.000 applicaties. Microsoft, die met Windows Phone 7 nog niet lang over een online-softwarewinkel beschikt, heeft ongeveer 6000 applicaties in de Marketplace opgenomen.