Ook de gebruikers van supercomputers zijn niet veilig voor SCO. Op veel clusters en supercomputers wordt gebruik gemaakt van Linux. SCO heeft gedreigd met een aanklacht tegen twee afdelingen van het Amerikaanse Ministerie van Energie. De Lawrence Livermore National Laboratory en de National Energy Research Scientific Computing Center (NERSC) hebben een brief van SCO ontvangen waarin gevraagd wordt om een afspraak te maken. SCO wil dat beide organisaties een licentie voor het gebruik van Linux bij het bedrijf aanschaffen.
Als er niet op de brief gereageerd wordt zal SCO verdere stappen overwegen. De beide bedrijven wilden nog niets over de zaak zeggen. Het NERSC bezit een Linux-cluster met 412 nodes, genaamd 'Parallel Distributed Systems Facility'. Livermore is in het bezit van een uit 1.152 systemen bestaande supercomputer, dit systeem is terug te vinden op de zevende plek in de ranglijst van 's werelds snelste computers.