Nintendo heeft besloten om helemaal opnieuw te beginnen met de ontwikkeling van Metroid Prime 4. Het bedrijf vindt dat het huidige proces niet aan de kwaliteitseisen voldoet. Retro Studios, bekend van de eerdere Metroid Prime-spellen, gaat meedoen aan het nieuwe ontwikkelingsproces.
Shinya Takahashi, hoofd van een van Nintendo's managementteams, verklaart in een development-updatevideo waarom de ontwikkeling wordt herzien. Takahashi geeft geen specifieke voorbeelden, maar benadrukt wel dat 'het huidige proces niet voldoet aan de eisen van een Metroid Prime-vervolg'.
Als onderdeel van het nieuwe proces gaat producent Kensuke Tanabe samenwerken met Retro Studios. Dit zou aanvankelijk niet meewerken aan MP4. Nintendo was een samenwerkingsverband aangegaan met Bandai Namco in plaats van met Retro Studios. Of dit betekent dat Bandai Namco niet meer meewerkt aan de ontwikkeling van MP4, is niet duidelijk.
Metroid Prime 4 werd voor het eerst aangekondigd tijdens de E3 2017, via een teaser. Sindsdien zijn er bijna geen updates geweest over het spel en de ontwikkeling daarvan.