San Jose State University is de derde Californische universiteit in korte tijd die het gebruik van Skype verboden heeft. De onderwijsinstelling droeg bandbreedtegebruik en veiligheidsproblemen als redenen voor de maatregel aan. Met name computers die als 'supernode' binnen het Skype-netwerk functioneren, zouden makkelijk een gigabyte per maand opsouperen en zo het functioneren van het universiteitsnetwerk belemmeren. Verder is de EULA van de software te breed geformuleerd en vergt het VoIP-programma aanpassingen aan de firewall van Windows XP die 'uitstekende aanvalsmogelijkheden' bieden, aldus de automatiseringsdienst van de universiteit.
Het verbod op Skype heeft tot veel protesten geleid. Professor Steve Sloan, die in het programma een uitstekend leermiddel ziet, riep zijn collega's op om tegen de maatregel in verzet te komen: 'Skype is niet zomaar een programma, het is een wereldwijd communicatie- en samenwerkingsplatform.' Het verlies van deze mogelijkheid tot eenvoudige communicatie is 'een strategisch nadeel', aldus de prof. Andere publieke organisaties die in Skype een 'onjuiste toepassing van overheidsgelden' zien, zoals het natuurkundig onderzoekscentrum Fermilab in Chicago, namen minder drastische maatregelen, zoals het verbieden van supernodes. Skype-eigenaar eBay heeft al toegezegd dat er naar een oplossing voor San Jose State gezocht wordt die de supernodefunctionaliteit technisch onmogelijk maakt. Andere VoIP-software, zoals Gizmo en Wengo, mag van de universiteit overigens nog gewoon gebruikt worden.