Op hun jaarlijkse conferentie, heeft de PCI Special Interest Group hun toekomstplannen voor PCI Express bekend gemaakt. PCI Express zal volgens de groep in zes verschillende richtingen evolueren. Als eerste zal er een Trusted versie van PCI Express komen. Deze voldoet aan de Trusted Computing Group-standaard en maakt het mogelijk om via een beveiligde link met een PCI Express-kaart te communiceren. Dit zou waarschijnlijk al in versie 1.1, die in de zomer moet uitkomen, verwerkt zijn. In de eerste helft van 2006 zal versie 2.0 van de PCI Express-specificatie het licht zien. Deze zal onder andere een hogere snelheid hebben. In plaats van de huidige snelheid van 2,5GHz zal versie 2.0 een snelheid van 5GHz hebben. Uiteraard zal PCI Express v2.0 overweg kunnen met PCI Express 1.x-kaarten.
Met de komst van multi-coreprocessors en virtualisatietechnieken, wordt er door PCI SIG ook nagedacht over virtuele PCI Express-verbindingen. Met AMD's Pacifica of Intel's Virtualisation Technologie technologie is het weliswaar mogelijk om meerdere besturingssystemen op een processor te draaien, de I/O is hier echter nog niet geschikt voor. Door PCI Express uit te breiden met virtualisatie zouden verschillende besturingssystemen tegelijkertijd van uitbreidingskaarten gebruik kunnen maken, zonder softwarematige arbitrage. In eerste instantie is deze techniek bedoeld voor bladeservers, waarin meerdere blades bepaalde resources, zoals netwerkkaarten, met elkaar delen. Ontwerpers sluiten echter niet uit dat deze techniek ook voor desktops gebruikt gaat worden.
Verder wordt er ook gewerkt aan een versie van PCI Express die het mogelijk maakt om een extra behuizing met PCI Express-sloten op een computer aan te sluiten via een kabel. Voor notebooks komt er een speciale PCI Express-module die achter het LCD-scherm geplaatst kan worden en alle draadloze communicatie voor zijn rekening moet nemen. Daarnaast waren er op de conferentie prototypes van PCI Express-modules te zien voor servers. Deze moeten het mogelijk maken om PCI Express-kaarten te plaatsen zonder de behuizing te openen, min of meer vergelijkbaar met spelcomputers die van een cartridge gebruik maken.