PayPal heeft toegegeven dat het eBay-klanten een vals gevoel van veiligheid heeft geboden door hen te laten geloven dat gekochte producten verzekerd waren zoals dat ook bij creditcardmaatschappijen gebeurt. Wanneer klanten via eBay een product aanschaffen en het product wordt niet geleverd terwijl er al wel betaald is, betaalt PayPal niet in alle omstandigheden het al overgemaakte bedrag terug. Om deze zaak in der minne op te lossen, is PayPal overeengekomen 150.000 dollar te betalen aan een advocaat die de zaak aanhangig had gemaakt. Vorig jaar hebben twee creditcardmaatschappijen, American Express en Discover, besloten wel de "chargebacks", de technische term voor terugbetalingen in geval van fraude, te betalen. Aangezien PayPal niet onder hetzelfde systeem valt als de twee maatschappijen, is het bedrijf niet verplicht om mee te doen aan dit systeem. Dit is niet de enige zaak waarbij PayPal betrokken is. Er wordt, ondermeer door de Amerikaanse Federal Trade Commission, onderzoek uitgevoerd naar het bedrijf.