Microsoft-accounts krijgen de mogelijkheid voor tweestaps-authenticatie, zo blijkt uit verschillende screenshots. Microsoft heeft ook een 'authenticator'-app voor Windows Phone uitgebracht, waarmee beveiligingstokens gegenereerd kunnen worden.
De screenshots die het tweestaps-verificatiemechanisme tonen, zijn te zien op LiveSide. De site heeft ook informatie over de authenticator-app. Deze mobiele applicatie voor Windows Phone kan aan een Microsoft-account gekoppeld worden, waardoor er 'tokens' gegenereerd kunnen worden om via de extra controlestap toegang te krijgen tot Microsoft-diensten. Voor diensten die met een Microsoft-account werken, maar geen tweestaps-authenticatie ondersteunen, is het mogelijk om een apart 'app password' te genereren.
Microsoft-accounts worden voor steeds meer verschillende diensten en producten van de softwaregigant gebruikt, zoals Windows 8, Office, Outlook.com en Skype. Daarnaast kunnen diensten van derden zoals Facebook, Twitter en LinkedIn aan het account gekoppeld worden. Tot nog toe is een e-mailadres en een wachtwoord genoeg om in te loggen op een Microsoft-account.
Beveiliging met behulp van meerdere stappen wordt steeds vaker toegepast. Accounts van concurrent Google kunnen al enige tijd op deze manier beveiligd worden en ook Twitter werkt aan een implementatie van de inlogwijze.