Een naam voor organisatie noemde de Europese Commissie nog niet maar deze krijgt de vorm van een regulerend agentschap, wat betekent dat het een onafhankelijk Europees orgaan wordt. De organisatie moet in eerste instantie het langdurige beheer over het Schengen Information System, oftewel SIS II, het Visa Information System en Eurodac krijgen, drie grote databases die onder andere gegevens over paspoorten, visa en vingerafdrukken van asielzoekers en illegale immigranten bevatten. "De wetgevende voorstellen hebben als doel om de huidige situatie eenvoudiger te maken door een enkele beheerstructuur in te voeren voor meerdere grote it-systemen op het gebied van vrijheid, beveiliging en recht", luidde het in de woorden van vice-president Barrot, de Europese Commissaris die belast is met Justitie, Vrijheid en Beveiliging.
Het agentschap moet in een later stadium tevens het beheer krijgen over de databases met informatie over het binnenkomen en uitgaan van Europa van individuen. Aan de betreffende databases gaan ook biometrische gegevens toegevoegd worden, vertelt een anoniem commissielid tegen PC World. Bovendien verwacht de Europese Commissie dat de drie genoemde databases niet alleen gehuisvest worden bij de nieuwe organisatie, maar dat deze tevens belast wordt met de ontwikkeling van nieuwe it-systemen op het gebied van justititie, vrijheid en beveiliging. Burgerrechtenorganisaties vrezen de komst van een geavanceerd Big Brothersysteem dat de 27 lidstaten omvat, maar de Europese Commissie verzekert dat het nieuwe orgaan geen toegang krijgt tot gedetailleerde gegevens en dat het ook niet de bevoegdheid heeft de data van afzonderlijke databases met elkaar te verbinden.