Volgens Jack Emmert van ontwikkelaar Cryptic Studios speelt Star Trek Online zich een aantal generaties later af dan de laatste film en daarom zullen James T. Kirk en Jean-Luc Picard niet in het spel voorkomen.
Tegenover Yahoo laat Jack Emmert, bij Cryptic Studios bekend als de Chief Creative Officer, weten dat zij niets zullen gebruiken van het werk dat Perpetual Entertainment in het spel gestopt heeft. Cryptic nam de rechten op Star Trek Online begin 2008 over van Perpetual en kreeg daarbij ook de inhoud van het spel overgedragen. Volgens Emmert was die inhoud echter niet de moeite waard en is Cryptic opnieuw begonnen. Star Trek Online speelt volgens Emmert een aantal generaties na de gebeurtenissen uit de laatste Star Trek-film, waardoor het uitgesloten is dat spelers bekende figuren uit de films tegen komen zoals de kapiteins James T. Kirk en Jean-Luc Picard. "Misschien vliegt er nog ergens een schip rond dat Enterprise heet, maar dat is waarschijnlijk niet het schip zoals we dat nu kennen," volgens Emmert. "Alle bekende personages zullen inmiddels overleden zijn, maar de speler zal zeker op alle bekende plaatsen uit Star Trek komen, zoals Vulcan en Bajor en favorieten als Andoria en Qo'noS."
Spelers beginnen aan Star Trek Online als gezagvoerder van een klein Starfleet of Klingon Empire schip. Spelers kunnen hun personage kiezen uit bekende rassen als Klingons en Gorn en kunnen zelfs een nieuw ras starten. Gedurende het spel kunnen spelers in rang stijgen, een groter schip krijgen en meer bemanning werven. "Spelers kunnen de ruimte verkennen waarbij ze nieuwe beschavingen en levensvormen zullen ontmoeten," volgens Emmert. Spelers kunnen bovendien afdalen naar het oppervlak van diverse planeten, al zal een deel van de missies zich ook afspelen aan boord van het schip van de speler. Volgens Emmert verschijnt Star Trek Online in ieder geval op pc en misschien ook op Xbox 360 en Playstation 3. De studio heeft enige ervaring in het ontwikkelen voor consoles. Cryptic werkt ook aan de mmo Champions Online en dat verschijnt op de pc en de 360.