IBM gaat voor zichzelf een klein broertje van de Blue Gene/L in elkaar knutselen. De 'Watson Blue Gene' is vernoemd naar het New Yorkse onderzoekscentrum waar hij komt te staan, en krijgt een capaciteit van ruim 91 teraflops. Daarmee wordt de machine de tweede snelste ter wereld, alleen - maar wel dik - overtroffen door het origineel. De versie die op dit moment voor het Amerikaanse Ministerie van Energie in elkaar wordt gezet zal voor het einde van dit jaar ongeveer 360 teraflops gaan klokken. De Watson (ookwel BGW genoemd) zal voornamelijk door IBM zelf gebruikt worden, en dan met name door de afdeling Research en het 'Center for Business Optimization'. Het bedrijf gaat echter ook vijf procent van de tijd op de machine beschikbaar stellen voor problemen van derden. Hieronder rekent het niet alleen zijn eigen klanten, maar ook bijvoorbeeld universiteiten.
Ook in Nederland staat al een versie van Blue Gene. De Groningse Stella wordt gebruikt voor het LOFAR-project en voert 27,4 teraflop per seconde uit. Recent is er ook een exemplaar met een capaciteit van 22,8 teraflops besteld door een groep Zwitserse onderzoekers, die er de menselijke hersenen mee willen gaan simuleren.
