Huisartsen en apothekers krijgen, in ieder geval voorlopig, geen toegang tot het landelijke EPD. Ze krijgen dus alleen toegang tot gegevens van patiënten in hun regio. Ziekenhuizen blijven wel landelijke toegang tot het Patiëntendossier houden.
Volgens de NOS gaat het om een tijdelijke maatregel; wanneer huisartsen en apothekers wel toegang zouden moeten krijgen tot de landelijke uitwisseling van patiëntengegevens, is niet duidelijk. Een woordvoerder van de Vereniging van Zorgaanbieders voor Zorgcommunicatie, die de uitrol van het nieuwe EPD coördineert, zegt 'uiteindelijk liever een systeem zonder regionale schotten' te hebben.
Afgelopen weekend ontstond kritiek op het EPD toen NRC ontdekte dat huisartsen geld krijgen voor het aanmelden van patiënten. Artsen aan wie meer dan 90 procent van de patiënten toestemming geeft om in het Elektronisch Patiëntendossier te kunnen kijken, krijgen tot 125 procent van de kosten hiervoor vergoed van de zorgverzekeraar. Artsen en apotheken die niet meedoen dreigen volgens de krant op termijn geen contract meer te krijgen van de verzekeraar en kunnen daardoor mogelijk niet meer functioneren.
In 2011 wees de Eerste Kamer het Elektronisch Patiëntendossier van de hand; de Kamer achtte de invoering van het EPD niet veilig genoeg. Daarop besloten de zorgaanbieders op eigen initiatief een dergelijk systeem op te zetten. Patiënten moeten toestemming geven om in het systeem opgenomen te worden. Het voordeel van het EPD is dat artsen een completer beeld van patiënten krijgen, doordat ze kunnen zien welke medicijnen en behandelingen een patiënt heeft gehad. Er is echter veel kritiek op de beveiliging van het systeem en de privacybezwaren die met uitwisseling van patiëntgegevens gemoeid zijn.