Het voortbestaan van Silicon Knights is onzeker geworden. Er zouden nog slechts vijf werknemers bij de twintig jaar oude spelstudio werken. De laatste game van de ontwikkelaar, X-Men: Destiny, werd bovendien slecht ontvangen door recensenten en fans.
In een achtergrondartikel op Kotaku blijkt hoe de moeizaame ontwikkeling van X-Men: Destiny is verlopen. Veel ex-werknemers noemen de stijl van leidinggeven door oprichter en studiobaas Denis Dyack als bron van de problemen. Dyack zou niet geïnteresseerd zijn in het superheldenspel dat in opdracht van Activision werd gemaakt en feedback van de uitgever werd niet verwerkt. Ondertussen werkte Silicon Knights ook aan een demo van Eternal Darkness 2 om een uitgever voor dit nieuwe spel binnen te halen.
X-Men: Destiny liep vertraging op omdat er steeds meer mensen op het Eternal Darkness 2-project werden gezet. Dyack ging ervanuit dat Activision de verzoeken voor uitstel zou verlenen, maar in plaats daarvan draaide de uitgever de duimschroeven aan en werd X-Men: Destiny met een trailer aangekondigd. Silicon Knights zette al zijn werknemers weer op het X-Men-project om een speelbare game voor de deadline op te leveren. Er werd overgegaan op crunch time, waarbij van werknemers werd verwacht dat zij zestigurige werkweken zouden draaien om het spel af te maken. In de maanden daarvoor hadden 25 werknemers ontslag genomen, waaronder leidinggevenden en ervaren ontwikkelaars.
Silicon Knights was van plan de namen van deze werknemers uit de credits te schrappen, maar heeft hier uiteindelijk van afgezien. De vertrokken werknemers zijn vermeld onder de 'special thanks'-sectie van de aftiteling, in plaats van een vermelding voor hun bijdrage. X-Men: Destiny werd matig ontvangen door zowel recensenten als gamers en verkocht slecht. Na een eerdere ontslagrondes zouden momenteel slechts vijf man bij Silicon Knights werkzaam zijn, waaronder Denis Dyack. De Eternal Darkness 2-demo zou niet verder zijn gekomen dan een enkel level.
Ook spande Silicon Knights een rechtszaak tegen Epic Games aan. De studio had een licentie op Unreal Engine 3 genomen voor de ontwikkeling van het in 2008 verschenen Too Human. Volgens Silicon Knights had Epic een tweederangsversie van de spelmotor geleverd, waardoor er een eigen engine gemaakt moest worden voor de game. Epic sloeg terug met een eigen rechtszaak wegens inbreuk op auteursrechten, contractbreuk en het openbaar maken van handelsgeheimen. In mei gaf de rechter Epic op alle aanklachten gelijk en luidde het oordeel dat Silicon Knights een schadevergoeding van 4,45 miljoen dollar moest betalen.
De situatie bij Silicon Knights doet denken aan die van L.A. Noire-ontwikkelaar Team Bondi. Deze studio kwam in zwaar weer door slecht management, lange werkweken en een hoog verloop. Uiteindelijk sloot Team Bondi in oktober 2011 zijn deuren.