Microarray techniek heeft zeker de toekomst. Electronische chip is niet een dna chip. Dat zal ik proberen hieronder kort uit te leggen.
Er wordt op basis van fluorescentie, een kleuring toegepast (labelen) op de te onderzoeken sample. Dit wordt "geplakt" (ook wel hybridisatie) op een bestaande mal (doorgaans een glaasje) met daarop DNA materiaal (korte DNA sequentie complementair aan de gen sequentie in je DNA sample van in dit geval vlees). Deze DNA mal op een oppervlakte wordt dan chip genoemd (heel iets anders dan door licht geëtste silicium chips
).
Doordat deze mal of template in zijn geheel bekend is, kun je door te kijken naar de mate van oplichten (bij een laser bundel bij bepaalde golflengte) op de verschillende plaatsen waar het complentaire DNA zat, zien welk gen nu meer of minder aan staat (de mate van oplichten, geeft een indruk welke genen "aan staan" (expressie) op het moment van sampling).
Deze fluorescentie en daaraan gerelateerd de expressie data wordt doorgaans opgeslagen in databases (in geval van affymetrix is dat SQL server).
Dit geeft je uiteindelijk kijk van welk dier het een ander af komt.
Deze techniek heeft de toekomst... MAAR er zijn veel variabelen (labelingseffecientie, is de hybridisatie overal goed gelukt op de dna chip.. en de efficientie ook weer etc.) die je achteraf wel enigszins kan compenseren bij de data analyse, maar dat is doorgaans mosterd na de maaltijd. Alleen bij grote aantallen experimenten en repetieve microarrays (met het zelfde sample) kom je een eind (na statistische analyse van de grote hoeveelheid data die daarbij moet worden verwerkt)... maar das weer erg duur en ook heb je heel veel DNA dan wel RNA sample nodig (wat dan weer niet altijd voor handen is .. omdat het lastig te isoleren is). Ook zijn niet alle genen bekend en hun specifiek functie.
Met andere woorden .. het kan op dit moment nog niet als diagnose tool worden gebruikt (WEL met enige variabiliteit als een prognose tool voor bijvoorbeeld uitzaaingen bij borstkanker), door de grote variabiliteit en (nog) andere onbekende factoren (om nog maar te zwijgen dat men nog niet weet welke genen precies bij welk ziektebeeld hoort).
Zie ook
www.micro-array.nl.
Toch even reageren op je goede reactie.
Microarray chip zoals hij in deze vorm beschreven wordt betekend dat mn kijkt naar de expressie van messenger RNA (mRNA). Het mRNA wordt in een cel uiteindelijk vertaald naar eiwit (door bepaalde enzymen). Op zo'n chip wordt er gekeken of bepaalde vormen van het mRNA aanwezig zijn. Zoals het artikel beweerd zal deze array gebruikt worden voor het opsporen van BSE, of beter, potentieel BSE gevaar. Ze kijken alleen of er mRNA van andere dieren aanwezig is. Mijn mening is dat voor de detectie van BSE men beter op eiwit niveau kan kijken. Echter deze methode is veel nieuwer dan micro array en totaal nog niet geschikt voor toepassing in een commerciele setting.
Verder nog een opmerking over de isolatie van RNA. Dit is tegenwoordig eenvoudig uitvoerbaar. Enige voorwaarde is dat er voldoende materiaal is. Ik verwacht dat dit bij een koe geen probleem zal zijn.
Verder een zeer goede reactie.
Nog een vraag die me zelf bezig houd. Wie doet de RNA isolatie bij deze chip?
Ik betwijfel of hier gebruik wordt gemaakt van mRNA. DNA is veel stabieler en dus nog te verkrijgen uit bv gekookte worst of gedenatureerd diermeel, om maar iets te noemen. Het gebruik van mRNA is alleen handig als je geinteresseerd bent in gen expressie. Dat is hier niet het geval, ze willen alleen weten of varken en/of hond aanwezig is of niet. Dus wordt het kwestie van DNA uit je voedsel halen op je microarray plempen, wassen en afkleuren met een dubbelstrengs DNA bindende fluophore (bv cybergreen). Je hebt dan volgens mij ook geen dure laserscanner nodig! Zie vorige treads voor betere uitleg van het principe!!
Even een paar passages uit het artikel:
"....the cost of all the equipment needed to perform the tests is around $250,000, but each test would cost only $350 to $550...."
en
".....The chip's surface sports segments of DNA unique to each species arranged into discrete zones. DNA strands from the food sample are transcribed into RNA and tagged with fluorescent chemicals. These are then washed over the chip. Any matching sequences stick together, so the pattern of fluorescent zones read by a laser scanner reveals which species are present......"
Dit suggereert dat er nog degelijk een dure scanner nodig is.
correct me if am wrong.....
Ruudonline je hebt gelijk. Had het bron artikel niet gelezen
Had wel gelijk dat ze geen RNA gebruiken voor hun analyse
cDNA (copyDNA) gesynthetiseerd van mRNA is voornamelijk voor gen-expressie, het isoleren van RNA/mRNA is, ik spreek uit ervaring, zeer tijdrovend en moet in laboratorium omstandigheden.
![[RSS]](http://tweakimg.net/g/if/v2/icons/rss_small.png){kind=icon}
![[quick]](http://tweakimg.net/g/if/icons/world_link_cropped.png){kind=icon}
De FoodExpert-ID maakt gebruik van een zogenaamde DNA microarray chip. Deze chips werden al langer in laboratoria gebruikt en dit is de eerste commerciële toepassing die gebruik maakt van deze chip. De DNA-strengen in het monster worden omgezet naar RNA en worden voorzien van fluorescerende elementen. Deze strengen worden vervolgens op de chip geplaatst waar de moleculen van hetzelfde vlees elkaar opzoeken. Vervolgens worden de fluorescerende patronen uitgelezen met behulp van een laser en wordt bepaald welk vlees zich in het monster bevond.
00:50
22:10
Door 
)?
![[show]](http://tweakimg.net/g/if/comments/button_down.png "Reactie uitklappen")
