Mobiele game moet helpen zoeken naar oorzaken van kanker

Cancer Research UK heeft een game uitgebracht waarmee dna-materiaal wordt geanalyseerd tijdens het spelen. In het spel moet met een ruimteschip door een asteroïdeveld worden gevlogen, waarbij de route overeenkomt met informatie die uit een micro-array wordt afgelezen.

De game is te downloaden voor Android of iOS, zo maakte Cancer Research UK bekend. Het spel is gebaseerd op grote databases met informatie over de activiteit van genen. Normaal wordt deze informatie, waarbij genen met duizenden tegelijk op een micro-array worden afgelezen, handmatig nagekeken door wetenschappers, een proces dat veel tijd in beslag neemt. Het door Cancer Research UK aangekondigde spel is echter gebaseerd op de gemeten data.

Door met een ruimteschip een bepaalde route te kiezen door een asteroïdeveld wordt er een patroon gegenereerd dat representatief is voor de gemeten variatie in gen-activiteit. Door de activiteit van genen te vergelijken tussen gezonde mensen en kankerpatiënten, en hierbij te zoeken naar patronen, kan informatie over het ontstaan van kanker worden verkregen. Op termijn moet dat weer leiden tot betere medicijnen tegen kanker.

Elk level wordt door meerdere gebruikers gespeeld, zodat de 'gevlogen' patronen betrouwbaarder zijn. De vergaarde data wordt na de spelsessies teruggestuurd naar wetenschappers. Android-gebruikers kunnen de game gratis downloaden uit Google Play, terwijl voor iOS een versie in de App Store is geplaatst. Onduidelijk is of de game ook voor andere mobiele besturingssystemen uitkomt.

Helaas!
De video die je probeert te bekijken is niet langer beschikbaar op Tweakers.net.

Reacties (33)

[Alxndr]

Waarom ze mensen nodig hebben:

"Many scientists are trying to use computer software to trawl through the huge amounts of data generated to spot the precise location of copy number changes, but in many cases these are not accurate enough. The human eye is still the best technology we have for picking up these patterns, and Play to Cure: Genes in Space is harnessing this power."

bron: laatste zin van het gelinkte artikel

[svenk91]

Ik zie niet in waarom een mens dit parsé moet doen. Het lijkt me prima mogelijk om een AI te ontwikkelen die die levels perfect doorloopt en dat vele malen sneller kan als ik dit filmpje zo zie.

Weet iemand een verklaring waarom menselijke input hier zo onmisbaar is?

[Mikero]

In het begin van het spel krijg je een scherm te zien met enkel vage "ruis". Er word de speler gevraagd lijnen te trekken door de meeste dichte gebieden om zo je "harvest" te verhogen. Dit is denk ik wat de wetenschappers normaal gesproken zelf gaan doen, het level is verder enkel voor de fun. Door de input van honderden mensen automatisch te vergelijken en het gemiddelde te pakken eindig je uiteindelijk met een betrouwbaar resultaat.

[diederikhu]

Ik was compleet in de veronderstelling dat de menselijke input geen echt toegevoegde waarde had en dat deze app daarin simpelweg een vorm van BOINC, en dergelijke, was gemaskeerd in de vorm van een game. Hierin ben ik dus echter fout naderhand.

Bedankt voor de toelichting. Vanuit mijn opzichte essentiële informatie die ik niet duidelijk uit het artikel kon opmaken.

[James Flare]

Niet de input, maar wel de 'resources' denk ik. We vinden het niet erg dat onze batterij snel leeg is als we wat gamen... maar een applicatie op de achtergrond runnen en dan na een paar uur aan de lader moeten vinden we niet fijn... dus dan zetten we 'm uit... gamen is leuk, dus doen we vaker, dus helpen we meer...

Vele mobiele telefoons, maakt veel rekenkracht... waar je anders niet over zou beschikken... het nuttige met het aangename verenigen dus...

edit: kleine nuance

[Reactie gewijzigd door James Flare op 31 juli 2024 11:44]

[diederikhu]

James maakt hier een goed punt, ondanks de -1 die mensen er klakkeloos op gooien.

Alle mobiele apparaten hebben samen enorm veel potentiële rekenkracht die vaak niet wordt gebruikt. Die rekenkracht kan goed gebruikt worden voor dit soort doeleinden, medische wetenschap.

Maar... wie wil nou een app op de achtergrond hebben draaien die constant aan het rekenen is? Je batterij zal snel leeg zijn zonder dat je hem echt gebruikt. Door deze processen te 'maskeren' in de vorm van een game, hebben mensen enigszins plezier terwijl het process aan de gang is, waardoor mensen niet al te snel het gevoel krijgen dat deze 'je batterij leegzuigt.'

Dus ja, daarmee is de menselijke input nodig alszijnde een soort trigger voor mensen om de app te draaien zonder dat deze in de achtergrond aan je batterij zit te vreten.

[mohf]

Ik vraag me echt af waarom men zoiets doet.

Dan kan je beter het spelletje betaald maken, of reclame toevoegen, en met die opbrengsten wat goedkope krachtige desktops of servers kopen, want die doen het werk factor 100 keer sneller. Of desnoods laat je de app bitcoins uitrekenen in de achtergrond en die verkopen, ofzo.

Nu betalen ze hoge development kosten om een game te maken, om een kans te maken om "kleine kosten" te besparen. (het is ook mogelijk dat de app niet aanslaat en de development kosten niet terug betaald kunnen worden) Hebben ze echt niets beters te doen?

80% van de smartphones zijn allemaal low-end meuk die amper het OS op 60 fps kan draaien, wat voor rekenkracht kan je hier uit halen?

[Reactie gewijzigd door mohf op 31 juli 2024 11:44]

[diederikhu]

"Play our game! It will mine bitcoins in the background, so that we can buy some servers for out medical research!" *kuch*

Ik denk dat het daarbuiten ook een beetje imago is van Cancer Research UK, wat te vergelijken is met het KWF.

Één miljoen keer 'low-end meuk' brengt toch leuk wat rekenkracht, om je zomaar een idee te geven.

Daarbuiten is het ook nog eens zo dat je referentie naar FPS is gerelateerd aan GPU, terwijl dit soort rekentaken vaak door de CPU worden gedaan. Zelfs bitcoins werden in de eerdere dagen gemined door middel van CPU power en later pas GPU. Maar dat is normaal gesproken zo, en ligt ook maar aan de applicatie en de type rekentaken die uitgevoerd moeten worden.

En hé, telefoons zijn nou eenmal geen game PC's met i7-4960X's en GTX 780ti's in triple SLI op hand formaat. Om nou te gaan lullen over het draaien van een OS op 60 FPS...

[mohf]

Nee.

Een gemiddelde low end smartphone is minimaal een factor 100 keer langzamer dan een simpel desktop met 50W cpu, en dan praat ik nog niet over leeglopende accu's, warmte problemen, throttling, battery savers en dergelijke.

Hieruit volgt dat 1 miljoen smartphones overeen komen met 10.000 desktops. Maar hier ga je de mist in. De desktops leveren 24/7 betrouwbaar en consistent werk. Zo'n game wordt door 9 van de 10 downloaders (leuk, laat ik het eens proberen) dezelfde dag nog weggegooit, of vergeten in de menu. Laten we heel positief zijn en zeggen dat alle miljoen downloaders elk gemiddeld 1 uur met het spelletje gamen (niet realistisch). Als je dus 1 desktop een jaar laat rekenen, heb je even veel uitgerekend als dat je game door (365 * 24) * 100 = 876.000 personen wordt gedownload!
Nogmaals, een paar servers laten rekenen en je kon alle development kosten en risico's vermijden.

[Kosonik]

Interessante discussie, maar voor de duidelijkheid: Als het goed is wordt je smartphone hier NIET ingezet om berekeningen uit te voeren! Ik kan daar in ieder geval niets over vinden, en bovendien is het doen maken van berekeningen helemaal niet het doel van deze app. Zoals Mikero hieronder aangeeft gaat het puur om het "met het menselijk oog" analyseren van data in de vorm van een plaatje. (Het tekenen van de lijn door de "ruis", wat tussen de levels in gedaan moet worden, lijkt mijns inziens veel op het oplossen van een handelsreizigersprobleem, maar dat is een wilde gok van me!)

[Verwijderd]

Niet alles draait om het terug winnen van kosten. Het gaat er om dat mensen geholpen kunnen worden die anders dood gaan. Ik wil liever dat er vandaag nog een oplossing voor kanker komt dan morgen.

[Enai]

In Folding@Home en dergelijke was niemand geïnteresseerd. Want wie laat zijn computer nu stroom verbruiken en sneller slijten?

MAAR ALS ER BITCOINS TE MINEN VALLEN!...

[Verwijderd]

Door met een ruimteschip een bepaalde route te kiezen door een asteroïdeveld wordt er een patroon gegenereerd dat representatief is voor de gemeten variatie in gen-activiteit. Door de activiteit van genen te vergelijken tussen gezonde mensen en kankerpatiënten, en hierbij te zoeken naar patronen, kan informatie over het ontstaan van kanker worden verkregen

Dus het gaat niet om de rekenkracht, maar om de input van, al dan niet zieke, mensen.

[Verwijderd]

Ik zie niet in waarom een mens dit parsé moet doen. Het lijkt me prima mogelijk om een AI te ontwikkelen die die levels perfect doorloopt en dat vele malen sneller kan als ik dit filmpje zo zie.

Weet iemand een verklaring waarom menselijke input hier zo onmisbaar is?

Dat staat toch in de text.

Door met een ruimteschip een bepaalde route te kiezen door een asteroïdeveld wordt er een patroon gegenereerd dat representatief is voor de gemeten variatie in gen-activiteit.

en

Elk level wordt door meerdere gebruikers gespeeld, zodat de 'gevlogen' patronen betrouwbaarder zijn. De vergaarde data wordt na de spelsessies teruggestuurd naar wetenschappers.

Dit kan waarschijnlijk niet gemakkelijk (efficiënt) geautomatiseerd worden.

Voor de mensen die denken dat er op de achtergrond een number crunching proces loopt. Dat is volgens de tekst helemaal niet waar. Daarom zal de accu niet sneller leeg zijn dan bij een andere 3D spel.

Daarom heeft investeren in hardware helemaal geen zin. Ze hebben de hulp van mensen nodig.

[Verwijderd]

De tekst is super vaag. Het is absoluut niet duidelijk waarom je een mens nodig hebt om dit bewuste patroon te analyseren. Er zijn allerhande algorithmen waarmee je deze analyse kan doen. Daar is echt geen mens voor nodig.

Ik denk dat het uitgangspunt hier primair was om het concept van "menselijke analyse via spellen" eens te implementeren, en niet dat het voor deze data nou zo moeilijk was dat zonder menselijke input te doen.

Maar nu de eerste stap gezet is, kun je eens kijken hoe je het zou doen bij situaties waarbij menselijk input wel absoluut essentieel is.

[Verwijderd]

Ik denk dat het uitgangspunt hier primair was om het concept van "menselijke analyse via spellen" eens te implementeren, en niet dat het voor deze data nou zo moeilijk was dat zonder menselijke input te doen.

Maar nu de eerste stap gezet is, kun je eens kijken hoe je het zou doen bij situaties waarbij menselijk input wel absoluut essentieel is.

Deze mening deel ik niet. Daarbij zou het onlogisch zijn het doel van het kankersintituut is om kanker te genezen en niet om te onderzoeken of menselijke input effienter is dan via number crunching.

Zie ook het originele artikel: Cancer Research UK launches ‘spaceship’ smartphone game to seek cancer cures

Players must guide a fast-paced spaceship safely along a hazard-strewn intergalactic assault course to collect precious material called ‘Element Alpha’. Each time the player steers the spaceship to follow the Element Alpha path, this information is fed back to Cancer Research UK scientists – cleverly providing analysis of variations in gene data.

ik snap sowieso niet dat er door sommige mensen zo negatief tegen zoiets aangekeken wordt. Maar ondertussen maakt men zich helemaal niet druk over applicaties die toegang hebben tot alle informatie.
Het feit is dat deze applicatie geen rechten op de contact database e.d. heeft.

[James Flare]

Zoals Mathelicious aangeeft zullen "kwalitatief lage games" niet de grote massa's bereiken. Er gaat dus een hoop potentiële rekenkracht verloren.

Er worden steeds meer 'second screen' toepassingen aan bijv. AAA-games toegevoegd. Dit zijn denk ik toepassingen die relatief weinig rekenkracht vragen (???) of die je speelt terwijl je apparaat aan de lader hangt...

Het zou een aantal grote uitgevers in mijn ogen niet misstaan om dergelijke achtergrondapplicaties (optioneel) in zulke apps te integreren. Goed voor het imago van de game-uitgever én goed voor de wetenschap... Zou een mooie win-win kunnen zijn...

[diederikhu]

Ik denk dat de meeste grote game developers daar niet direct behoefte aan hebben;
- Dit betekent dat je batterij waarschijnlijk eerder leeg zal zijn. Wat slechte recensies zal opleveren.
- Grote games zullen waarschijnlijk ook zelf veer rekenkracht vereisen.

De vraag is dan ook in hoeverre dit voor hun interesse zal opwekken, en waarschijnlijk zal dit ook maar voor één, misschien twee developers interessant zijn. Wanneer het een soort hype onder hen wordt, zal het al snel minder meerwaarde hebben.

Misschien leuk als het in de vorm van een optionele feature komt met een duidelijke uitleg die men makkelijk aan en uit kan zetten. Als het een soort boost geeft in het spel, zoals betere percentages in experience, zal het vaak snel als tip rondgaan tussen de spelers en in guides. Daarmee is het niet een irritante optie die zonder dat je het weet in de achtergrond draait, maar misschien toch aantrekkelijk voor de speler.

[Prysm Software]

Ga hem zeker downloaden.
en spellen.
zouden wel allemaal moeten doen !
Vaak doen we niks bijzonders met onze spullen en rekenkracht. Android en ander os
Laten we het eens nuttig gebruiken en als je gamed gelijk een oplossing zoeken!

[Reactie gewijzigd door Prysm Software op 31 juli 2024 11:44]

[diederikhu]

Leuk!

Het is een vorm van grid computing, maar in plaats van idle PC's, zoals BOINC, maken ze gebruik van mobiele apparaten;
Bij BOINC wordt er gebruik gemaakt van computers die niet op het moment gebruikt worden, vaak thuiscomputers gedurende de dag wanneer mensen aan het werk zijn of 's nachts wanneer ze slapen, waardoor er een netwerk van computers ontstaat die samen fungeren als een soort supercomputer zonder daar miljoenen aan te hoeven uitgeven.

Interessant om te zien dat ze dit introduceren als een spelletje. Ik vraag me alleen af hoe effectief dit zal zijn. Mocht het spelletje niet echt aanslaan of niet leuk genoeg zijn, dan zullen ze op deze manier nooit de rekenkracht krijgen die ze misschien hopen te krijgen. Want tja... mensen blijken toch wat picky te zijn met welke games ze spelen op hun telefoon.

[mathelicious]

Het spelletje is wel grappig, maar trekt mij niet over de streep. Nou ben ik ook geen fan van gamen op mijn mobiel. Het spel loopt wel redelijk op mijn Xperia p, en ik zal het erop laten staan om zo nu en dan mijn steentje bij te dragen. Morgen eens kijken of ik mijn leerlingen kan overhalen dit spel te spelen

[DrSnuggles]

Heeft iemand een link naar de wetenschap hier achter? Of is het enkel de reken resources van je telefoon beschikbaar stellen tijdens het gamen?

Zelf doe ik ook het een en ander met microarrays en sequencing, maar ik begrijp geloof ik het probleem niet hier. Tenzij het inderdaad slechts rekenkracht is..

[zonoskar]

Hij wil niet werken op mijn iPad1, crasht elke keer. Jammer. Ook al geen versie voor Windows Phone, dus ik kan niet meehelpen

[Pino Blauw]

Kanker is verschrikkelijk maar het is sinds 1960 al bekend waardoor de meeste vormen van kanker veroorzaakt worden en dat de meeste vormen gewoon voorkomen kunnen worden door bepaalde stoffen in ons dieet en milieu te mijden. En dat het krijgen van de enkele resterende vormen van kanker onvermijdelijk zijn. Tevens is het sinds datzelfde jaartal al bekend dat de kosten voor het ontwikkelen van medicijnen om kanker leefbaar te houden en de kostprijs van de medicijnen zelf in de toekomst onuithoudbaar worden, en beter geïnvesteerd kunnen worden in voorlichting over de oorzaken van kanker. Ik had liever een game gezien waarin kinderen werd geleerd wat kanker is, hoe je het krijgt en hoe je kunt voorkomen dat je het krijgt. Maar dat zal wel niet verschijnen want daarvoor is kanker veel te winstgevend.

[Rhemme]

Je schetst hier een onhaalbare werkelijkheid. Natuurlijk zijn er vermijdbare stoffen zoals sigarettenrook en barbecuevlees. De blootstelling daaraan kan teruggedrongen worden, maar nooit nihil worden. Bovendien zijn er carcinogenen die gewoon niet te beïnvloeden zijn, neem nou achtergrondstraling. De grootste bijdrager daaraan is, jawel: het wonen in een nieuwbouwhuis. Gaan we vanaf nu huizen bouwen om er pas na 30 jaar in te gaan wonen? Ik dacht het ook niet.

Kanker is een realiteit waar we ons tegen moeten wapenen. Er zijn ontzettend veel voorbeelden te schetsen van uiterst succesvolle kankertherapien. Neem leukemie: bij volwassenen (Chronische Myeloide Leukemie) genezingspercentages vanaf 99% indien het Philadelphia chromosoom (BCR-ABL fusie) wordt gevonden. Door gerichte targeting van de afwijking in de kanker. Dat soort patronen zoekt deze app naar. Ik ben dus een groot voorstander en download hem nu meteen.

[Junketsu]

Wat bedoel je met achtergrondstraling in een nieuwbouwhuis? De meeste straling wordt door moderne huizen juist tegengehouden daar deze als bunkers worden gebouwd (figuurlijk, maar slaat op de hoeveelheid isolatie en gewapend beton welke straling tegenhoudt).

[Rhemme]

Gesteenten geven straling af. Wanneer je een betonnen huis bouwt, komt de straling dus niet alleen van onder (zoals in bijvoorbeeld een houten huis), maar van alle kanten. http://www.euronuclear.or...exposure-building-mat.htm

[Junketsu]

Afhankelijk van de informatiebron is dit 70 tot 200 micro Sv per jaar waar je 50.000 micro Sv per jaar is toegestaan (US radiation workers).

Dit lijkt me verwaarloosbaar in tegenstelling tot andere vormen van straling, zie ook deze chartp van Wikipedia: Sievert.

[Verwijderd]

Ik weet niet waar je deze misinformatie vandaan hebt... Hoewel uiteraard bekend is wat kanker in zijn algemeenheid is, is het helemaal niet goed bekend hoe ze ontstaan, en wat je er tegen kan doen. Het idee dat je het krijgt door bepaalde stoffen in je dieet, is (op een paar extreme uitzonderingen na) volkomen achterhaald.
Kanker is een enorm complexe ziekte, en iedereen die beweerd dat we eigenlijk alles al weten, heeft duidelijk geen flauw benul waar hij over praat.

Kanker is onvermijdelijk, in de zin dat het aan ouderdom gerelateerd is. Maar dat wil absoluut niet zeggen dat het niet vermijdbaar, en/of geneesbaar is. Hoe verder we komen in onze kennis, hoe beter we worden in herkennen van de kanker, genezen en/of vernietigen van de kanker, en eventueel preventie. In veel gevallen zitten de kosten in het onderzoek. De medicijnen worden niet per definitie duurder... Het is vooral een kwestie van uitvinden hoe je alleen de kanker cellen doodt, en niet de rest. En dát is vaak heel lastig. Maar hoe selectiever we de medicijnen kunnen maken, hoe beter het werkt, hoe minder bijwerkingen ze hebben, en hoe korter ze nodig zijn. Dat maakt de behandeling inherent goedkoper, hoewel het medicijn zelf wellicht duurder wordt, omdat het complexer is. Maar dat laatste is ook maar de vraag. Uiterst selectief betekent niet automatisch dat de productie ervan duur is.... Het is vooral het onderzoek dat duur is.

[McGryphon]

Ik weet niet uit welke bron je dit haalt, maar mij lijkt dat berekeningen uit 1960 in dit geval best wel eens achterhaald kunnen zijn. Toendertijd hadden ze namelijk geen idee hoe veel financiele, intellectuele en productiecapaciteit er in het jaar 2014 zou zijn. Wellicht zijn de toen berekende kosten veel hoger dan dat ze nu blijken te zijn, of is juist de onderzoekscapaciteit gigantisch onderschat.

Ik blijf in ieder geval betwijfelen dat het economisch onhaalbaar is om medicijnen tegen kanker te ontwikkelen tot ik een recente studie zie die dat bevestigd; mij lijkt het logisch dat als het echt zo was niemand meer moeite zou doen om het toch na te jagen. En ik heb zo het idee dat de grote farmaceutische bedrijven meer inzicht in de materie hebben dan jij en ik.

[Vuvuzela]

Interessant idee, alleen het spel lijkt me niet 1 die aanslaat.