Asus heeft de eerste gebruikers van de Transformer Prime voorzien van de software-update die Android Ice Cream Sandwich naar de tablet brengt. Het gaat om versienummer 4.0.3, momenteel de nieuwste versie van het besturingssysteem.
Gebruikers kunnen wachten totdat Asus de nieuwe software over-the-air naar de tablet stuurt, maar het is waarschijnlijk ook mogelijk om zelf de update te installeren, door het installatiebestand te gebruiken. Android Police publiceerde het bestand dat hiervoor nodig is, al werd er geen handleiding bijgeleverd. Uit de eerste ervaringen blijkt dat de tablet met Android ICS soepeler draait.
De update lijkt het ook mogelijk te maken om de Tegra 3-processor in de Transformer Prime op 1,6GHz te draaien, zo ontdekten gebruikers van XDA Developers. Asus heeft weliswaar de 1,6GHz-stand uitgezet, maar met een aangepaste kernel is dit mogelijk aan te passen. Standaard draait de processor op 1,3GHz.
Eerder beloofde Asus nog de Android ICS-update voor de Transformer Prime vanaf 12 januari uit te rollen, maar de fabrikant blijkt eerder te zijn begonnen. De software wordt gefaseerd uitgerold, waardoor niet iedereen tegelijk de update binnenkrijgt. Het gaat om Android 4.0.3, dat enkele bugfixes bevat ten opzichte van de 4.0.1-versie waarmee de Galaxy Nexus werd uitgebracht.
Android Ice Cream Sandwich bevat onder andere een vernieuwde interface en brengt volledige hardwareacceleratie. Daarnaast voegt het de tablet- en smartphoneversies van Android samen. Kortgeleden bracht Asus al een update uit die de problemen met gps en met de camera op de Transformer Prime moest verhelpen.
