Samen met Fedora 24 komt ook Flatpak officieel uit. Flatpak, voorheen bekend als 'xdg-app', is een framework om desktopapplicaties voor Linux in een eigen sandbox te draaien en is beschikbaar voor verschillende Linux-distributies. Het is vergelijkbaar met Ubuntu's 'snap'.
Flatpak is een systeem om applicaties zo te verpakken dat ook alle afhankelijkheden meegeleverd worden. Het is in die zin vergelijkbaar met het onlangs door Canonical naar voren geschoven snap-pakketsysteem. Flatpak wil de fragmentatie op de Linux-desktop oplossen door in één pakket alle benodigde afhankelijkheden mee te leveren. Het systeem maakt gebruik van data-deduplicatie om ruimte te besparen. Net als bij snap is LibreOffice van de Document Foundation een van de eerste applicaties die met een Flatpak worden geleverd.
Omdat Flatpak van een sandbox gebruikmaakt, kan de app in principe alleen bij de benodigde bibliotheken en interfaces van het besturingssysteem. Er is nog wel een probleem bij sandboxing binnen een X11-omgeving; daarin zitten veiligheidsrisico's. Deze veiligheidsrisico's zitten volgens Fedora niet in Wayland, de grafische omgeving waarop Fedora en andere Linux-distributies hun grafische desktop willen laten draaien.
De grafische manager Wayland staat nog niet standaard aan, maar sinds XWayland goed genoeg is bevonden, ziet de community achter Fedora graag dat gebruikers toch voor een Wayland-sessie kiezen op het login-scherm. XWayland is de laag voor applicaties die niet native op Wayland draaien, maar eigenlijk X11 nodig hebben. Waarschijnlijk wordt Wayland de standaard vanaf Fedora 25.
Naast Flatpak zijn er enkele andere in het oog springende wijzigingen in Fedora 24, zoals het gebruik van een grafisch updatemechanisme vanuit de Gnome Software-app binnen de Gnome 3.20-desktop.