Een ontwikkelaar met de naam ClusterM heeft zijn Hakchi2-tool aangepast zodat deze ook gebruikt kan worden om roms aan de SNES Classic toe te voegen. Daarmee zijn gebruikers niet gebonden aan de meegeleverde games.
De ontwikkelaar schrijft op de GitHub-pagina van de tool dat driekwart van de games goed werkt. In de bijbehorende Reddit-thread verwijst hij naar een Google Docs-bestand waarin wordt bijgehouden welke games wel en niet functioneren. Voor problematische games zouden gebruikers ook de RetroArch-mod kunnen inzetten, waarvan de ontwikkelaar eveneens een nieuwe versie heeft uitgebracht.
De tool was ook al beschikbaar voor de NES Classic, die eerder uitkwam en dezelfde hardware aan boord heeft. ClusterM was naar eigen zeggen niet de eerste die een hack ontwikkelde, maar geeft die eer aan een Rus met de naam madmonkey. ClusterM maakte deze tool vervolgens toegankelijker.
De SNES Classic Mini heeft 21 games ingebouwd, zoals Donkey Kong Country, The Legend of Zelda: A Link to the Past, Street Fighter II Turbo: Hyper Fighting, Super Mario Kart, Super Metroid en Star Fox 2.