De standaardkoeling van de MasterCase 5 en de MasterCase Pro 5 bestaat uit twee respectievelijk drie ventilators. Beide behuizingen hebben een 140mm-ventilator achterin en beide hebben een inlaat van 140mm voorin. De Pro 5 heeft voorin echter een tweede 140mm-ventilator. Natuurlijk kun je zelf in de MasterCase 5 een tweede of met behulp van een bracket zelfs een derde 140mm-ventilator voorin inbouwen. Daar is ook plaats voor een radiator van maximaal 280mm. In de Pro 5 kun je ook bovenin een radiator van maximaal 280mm of gewoon ventilators inbouwen. De twee plaatsen voor inlaatventilators, aan de voorkant en onderkant dus, worden beschermd met een stoffilter.
Vooralsnog worden de twee of drie meegeleverde ventilators op het moederbord aangesloten. Het lijkt er echter op dat een derde variant van de MasterCase 5, de Maker 5, over een ingebouwde fancontroller zal beschikken. Of dat zo is, wanneer die uitvoering beschikbaar komt en of een fancontroller eventueel als accessoire beschikbaar komt, is nog niet bekend. Het zou zomaar kunnen dat het frontpaneel, dat kan worden vervangen, gewisseld kan worden met een versie inclusief fancontroller. Een upgrade naar usb 3.1 in het frontpanel zou in de toekomst eveneens mogelijk zijn.
De kabels van de voeding worden in het onderste compartiment gehouden. Via de eerder genoemde, met rubber afgedichte uitsparingen kunnen ze naar het moederbord en de videokaart geleid worden. Naast de drivecages, aan de rechterkant voorin dus, is extra ruimte voor de kabels. Achter de moederbordplaat is 25mm ruimte beschikbaar; bij de drivecages is dat bijna 40 millimeter. Voor de 8-pins-eps-stekker zijn twee uitsparingen boven in de moederbordplaat aangebracht. De ssd-trays hebben eveneens uitsparingen voor de kabels.
Videokaarten met een lengte tot 412 millimeter kunnen in de MasterCase-varianten worden ingebouwd als er geen drivecage in de weg zit. Dankzij de modulariteit zou dat altijd moeten kunnen. Verder bieden de behuizingen flink ruimte voor processorkoelers. Luchtkoelers met een hoogte tot 190 millimeter passen in de brede behuizingen.
Bij het inbouwen blijken de kabeltjes van de meegeleverde 140mm-ventilators wat kort. Vooral die van de voorste reikte zonder aanpassingen niet tot de fanheaders. Daarbij kwam de scheidingswand na installatie van een ssd in de bracket enigszins onder mechanische spanning te staan. Het metaal klikte daardoor tussen bolle en holle toestand. In het algemeen zijn er wat weinig bevestigingspunten voor kabelbinders; de goot met klittenband is eigenlijk de enige plaats waar je kabels kunt vastzetten, maar die ruimte is beperkt en niet alle kabels moeten daarlangs. Een paar extra oogjes voor cable ties was welkom geweest. Verder maken sommige hoeken de installatie lastig; sata-connectors passen lastig in de ssd en haakse moederbordaansluitingen, en dat geldt dubbel voor de stijve usb 3.0-kabel.
Nog een laatste opmerking over de Maker 5 die op een goed moment moet uitkomen. Die zou behalve met een fancontroller ook met een deurtje worden uitgerust. Het modulaire systeem dat Cooler Master Freeform Modular System noemt, krijgen ze natuurlijk allemaal.