Je keuze voor Shogunate of Emperor heeft daarna natuurlijk invloed op het verdere verloop van het spel. Sta je aan de kant van de keizer, dan richt je je op de ontwikkeling van moderne technieken. Geholpen door de samenwerking met de westerse landen krijg je de beschikking over moderne eenheden zoals Line Infantry en als je met de Verenigde Staten samenwerkt zelfs US Marines. Kies je echter voor de Shogunate, dan ga je voor het perfectioneren van de oude, Japanse vechtstijl. Weliswaar leren je troepen ook een aantal moderne technieken te gebruiken, maar het zijn je uitstekend getrainde Samurai die je aan de macht moeten helpen.
Vrij in aanpak
Toch is het met name aan jezelf of je je houdt aan die verdeling. Ook als 'Shogunate'-clan kun je er voor kiezen om je te richten op het ontwikkelen van vuurwapens en de moderne manier van oorlog voeren. Je zult er uiteindelijk alleen niet zo gespecialiseerd in raken als de clans die aan de kant van de keizer staan. Het is lang mogelijk om je met de traditionele units te redden, maar uiteindelijk gaat artillerie een te grote rol in de gevechten spelen om het compleet links te laten liggen. Een briljant tacticus zal de kanonnen van de tegenstander kunnen uitschakelen en dus veldslagen kunnen winnen zonder zelf kanonnen te hebben, maar je maakt Fall of the Samurai dan wel onnodig moeilijk voor jezelf.
De keuze voor Shogunate of Imperial bereikt zijn hoogtepunt als je clan de hoogste fase van ontwikkeling bereikt. Op dat moment krijg je de keuze voorgelegd om de oorlog te gaan winnen voor je keizer of shogun, óf zelf de macht te grijpen. In het eerste geval veranderen je clankleuren in de kleuren van de keizer of shogun en word je geacht de 'final push' in te zetten. Kies je echter voor jezelf, dan zullen zowel de aanhangers van de keizer als die van de shogun zich tegen je keren. Alleen de clans waar je een zeer sterk bondgenootschap mee hebt opgebouwd zullen dan nog aan je zijde blijven staan...
Minieme verschillen
De vrijheid die je hebt in je aanpak kent zijn voors en tegens. Aan de ene kant vinden we het positief dat de keuze voor een clan je niet dwingt een bepaalde aanpak te hanteren. Aan de andere kant is het natuurlijk wel wat zwakjes, omdat er zo nog maar minieme verschillen overblijven tussen beide kanten. Globaal kan trouwens wel gezegd worden dat de campagnes van de Imperial clans iets gemakkelijker zijn, al hangt veel - ook de kracht van je bondgenoten - af van hoe goed jij speelt en hoe snel jouw clan zich ontwikkelt.
Aan die ontwikkeling zit overigens ook een keerzijde. Het Japanse volk heeft een afkeer voor moderne technieken en modernisatie levert je strafpunten op als het gaat om de tevredenheid van je volk. Dat kun je counteren door bepaalde voorzieningen te bouwen, maar het is onvermijdelijk dat je je steden zult moeten voorzien van genoeg troepen om de orde te bewaren. Zo moet je er bij elke volgende ontwikkeling in een stad dus voor zorgen dat de stad in kwestie klaar is voor een volgende modernisering; voor je het weet duiken er rebellen op en zijn je kostbare legers bezig de orde te herstellen in je eigen provincies.