De Wii-versie van het spel Guitar Hero 3 zal bij de release geen online modus bevatten. De 'vriendencode', waarmee Nintendo gamers samen laat spelen, gooit roet in het eten. Het is nog niet bekend wanneer de online functionaliteiten wel zullen werken.
Bryan Lam, pr-manager van ontwikkelaar RedOctane, gaf in een interview aan dat er bij de lancering van Guitar Hero 3 voor de Wii nog geen online mogelijkheden zullen zijn. Lam kon niet aangeven wanneer deze verwacht worden. De Playstation 3 en Xbox 360 zullen wel direct over een online modus beschikken.
Nintendo's systeem om spelers wereldwijd met elkaar te laten gamen krijgt de nodige kritiek: zowel DS als Wii gebruikers moeten een twaalfcijferige code uitwisselen om tegen elkaar te kunnen spelen. Bovendien bevat elke online game een andere vriendencode. Lam geeft aan dat RedOctane op dit moment samen met Nintendo een oplossing probeert te vinden. Het downloaden van aanvullende muzieknummers kan volgens Lam ook problemen op gaan leveren.

De gitaar geleverd bij de Wii-versie van Guitar Hero 3 heeft wel een aantal voordelen tegenover de andere versies. Zo is de gitaar tien euro goedkoper en kan de Wiimote in de gitaar opgeborgen worden, waardoor het muziekinstrument kan trillen en geluid maken. De lanceerdatum van het spel is overigens met twee weken verschoven van 9 november naar 23 november.