Kaspersky ontkent dat het gebruikmaakt van een 'rootkit' in zijn antivirussoftware. Mark Russinovich van Winternals Software beschuldigde Symantec en Kaspersky ervan gebruik te maken van een rootkit. De term rootkit wordt gebruikt voor technieken die ingezet worden om bepaalde processen en bestanden te verbergen en worden tegenwoordig vaak ingezet door virussen. De laatste tijd was de term veel in het nieuws door de 'rootkit' die werd gebruikt door Sony's DRM-software. Zowel Symantec als Kaspersky geven toe dat ze informatie verbergen voor de Windows API, maar zeggen dat de gebruikte technieken niet uitgebuit kunnen worden door kwaadwillende software. Toch kwam Symantec met een update voor Norton SystemWorks die de NProtect-directory zichtbaar maakt.
Kasperksky legt uit dat het checksumgegevens van alle bestanden opslaat door gebruik te maken van 'NTFS Alternate Data Streams'. Deze technologie werd bijna twee jaar geleden in Anti-Virus 5.x geïntroduceerd onder de naam iStreams. De checksums worden gebruikt om te controleren of bestanden niet zijn veranderd tussen twee virusscans. Hierdoor kan de antivirussoftware snel beslissen of het bestand gescand moet worden. De technologie is niet gevaarlijk volgens Kaspersky, omdat het alleen door de antivirussoftware gebruikt kan worden wanneer deze actief is. Wanneer de antivirussoftware is uitgeschakeld, zijn de gegevens zichtbaar met speciale software. Als een programma de checksums aanpast, zou de antivirussoftware het formaat niet meer herkennen en een nieuwe database met gegevens aanleggen door de oude gegevens te overschrijven. Kaspersky geeft echter wel aan dat het in de volgende versie van zijn antivirussoftware afstapt van iStreams. Dit zouden ze doen om de deïnstallatietijd te verkorten. Dit nieuws lijkt dan ook vooral een storm in een glas water. Een jaar geleden was al bekend dat de checksumbestanden van iStreams gedetecteerd werden als rootkit.