AIDS-onderzoek via distributed computing

Nadat de halve wereld tevergeefs naar buitenaardse wezen heeft gezocht of mee deed aan de RC5-contest, is er nu een zinnige besteding voor je idle-time gekomen. Het FightAIDS@Home-project gebruikt de voorheen ongebruikte processortijd van alle deelnemende computers om AIDS-onderzoek te verrichten. Ingewikkelde berekeningen en molecuulsimulaties zullen moeten leiden tot een medicijn tegen de ernstige ziekte. Een zeer goed initiatief dus.

Er zit echter één kleine catch aan, namelijk dat het bedrijf dat de cliënt geprogrammeerd heeft een klein percentage van de CPU-tijd voor commerciële doeleinden wil gebruiken. Dit valt echter uiteraard in het niets bij de hoeveelheid mensenlevens die gered kan worden als dit project succesvol zal zijn. Mijn koe is in ieder geval al vervangen door Entropia 2000 (Het spijt me, DPC-crew). Overigens bestaat ook bij dit project de mogelijkheid tot teams en zijn er stats beschikbaar. Dit is wat Salon erover schrijft:

A new distributed computing project, FightAIDS@Home, is trying to do for computational research in HIV treatment what SETI@HOME does for all those little green men who may be lurking beyond our solar system. FightAIDS@Home is gunning to harness millions of idle processor cycles from PC users around the world to conduct computer modeling of molecules that will help in the creation of new AIDS-fighting drugs. Since the site launched Sept. 26, more than 1,050 computers have taken up the charge.

The researchers use computers to "represent the structures and processes of molecules in computer simulation to make predictions about how things might bind together and behave." The FightAIDS@Home project wants to increase the speed of such experimentation exponentially by harnessing the computing power of thousands of PCs all over the world. The software works in the background when your computer is idle or you're not using all your computer's power.

Met dank aan Xunder voor de tip.

Reacties (69)

[Verwijderd]

Hmmm, uit de faq:

What computers can run FightAIDS@Home?
Any Internet-connected Windows PC with a Pentium 166 or faster processor, and 90 MB of RAM or more, and Internet Explorer 5 or higher installed. Click on the link to upgrade to Internet Explorer 5 for free.

90MB, en IE5.. Beetje vaag he. Als dit programma 90MB nodig heeft ga je mij niet wijsmaken dat je het niet gaat merken. En waar je IE5 voor nodig hebt is mij al helemaal een raadsel. Verder zijn dit soort initiatieven leuk, maar voor commercieel onderzoek moet een commercieel concept komen, in andere woorden, je zou betaalt moeten worden voor je proc. tijd!

[Verwijderd]

Ik heb het ook ff geinstalleerd. IE heb je nodig omdat de overzichtspagina van het proggie gemaakt is in HTML!

[Zr40]

90 MB??? Hoe kom je aan 90 MB geheugen?
Toch eerder 96 MB!

[iNSaNe-oNe]

90MB is inderdaad een raar getal. Maar wat dacht je van de machines met on-board video die videogeheugen afsnoepen van het hoofdgeheugen?

Voor de rest zal dit best off-topic zijn.

[Zr40]

[meer off-topic ]

Ik zelf heb namelijk 60 MB (of 56 mb, kan ik in mn bios instellen) en 4 (of 8 ) mb extra videogeheugen.

geef mij maar meer ram en minder videogeheugen! (is daar ook een afko voor? v-ram? )
van meer v-ram wordt windows toch echt niet sneller...

edit:
jah typos enzo

[Verwijderd]

Dat van 90 mb Ram is inderdaad niet zo verstandig, aangezien veel standaardcomputers voor consumenten en bedrijven standaard geleverd worden met 64 mb Ram om de totale kosten wat te drukken.........
met als extreem voorbeeld natuurlijk vobis:
www.tweakers.net/nieuws.dsp?ID=13481

*slayer2001 heeft maar 32 mb in zijn p166 dus blijft lekker voor DPC grazen

[deputy]

Er kan wel degelijk een goede reden zijn om ie5 te eisen van je clients.

In IE5 zit namelijk een module waarmee je heel makkelijk XML bestanden kunt uitpluizen. Als dat de manier is waar op ze hun data verpakken, kan ik me goed voorstellen dat ze ie5 nodig hebben. (Staat op de meeste windows pc's toch wel geinstalleerd)

[nightlight]

Ik zet wat vraagtekens bij dit project. Distributed computing is commercieel gezien zeer lucratief geworden de afgelopen jaren. Bedrijven zullen dan ook alles uit de kast halen om zoveel mogelijk gratis CPU cycles naar zich toe te halen. Ze schromen er niet voor om hier ook zeer gevoelige ethische onderwerpen onder de arm te nemen. Dit kweekt namelijk bij de meeste mensen symphatie.
Dit bedrijf laat al doorschemeren dat ze commerciele bedoelingen hebben met dit project. Met andere woorden: het is ze helemaal niet te doen om de ziekte AIDS, ze gebruiken de ziekte alleen maar omdat het veel gemakkelijker is om zo meer CPU cylces (= geld) te werven.
Hier ben ik dus echt tegen: misbruiken van dodelijke ziekten met als doel er zelf beter op te worden.
Als het een alleenstaand medisch instituut was dat geen enkele commerciele achtergrond heeft (wat heel opmerkelijk is vandaag de dag) dan zou ik het nog wel reeel vinden om van RC5 over te stappen naar een dergelijk project.
In dit geval lijkt het me duidelijk: als je voor dit project kiest dan geef je toe dat je het niet erg vind om je computer-farm de gehele dag te draaien zodat iemand anders over een aantal jaar kan gaan rentenieren op de Bahama's omdat hij al jouw CPU cycles heeft verkocht.
En het ergste van dit alles is nog: het werkt! Kijk maar naar de poster van dit bericht. Hij heeft zich zonder bedenkingen over weten te halen.

Overigens weet je nooit precies welk percentage van de CPU cycles commercieel is, en welk voor het goede doel. Het zijn allemaal random keys die je berekent. Het is voor de organisator veel te gemakkelijk om 99% van de keyspace commercieel te maken en 1% voor het goede doel. De eindgebruiker kan er toch nooit achter komen.

[TumbleCow]

Goh, wel een dilemma hoor...

maar ik moet zeggen dat het wel opvallend is wat voor verhaaltjes iedereen verzint om hun geweten te sussen en hun koetje niet te hoeven slachten..

sorry, maar ik vind het vinden van medicijnen voor aids zowiezo beter dan het zoeken van de een of andere nutteloze sleutel, sorry koe, sorry dpc. Maar je moet wel prioriteiten stellen...

[witchdoc]

whiterazor:

als het effectief onderzoek zou zijn nar AIDS, met een iets grotere kans op success dan SETI, dank je dan niet dat ze steubn zouden hebben gekregen van de overheid voor het setuppen voor hun dsitributed computing clientje?
Denk je dat ze er dan nog commercieel zouden moeten op nahouden?

Entropia is a for-profit corporation. In our view, profit is as necessary as oxygen for longevity; while oxygen is essential for life

voor zo'n goed doel zou ik toch best wel effe non-profit willen werken als ik het ook maar de minste slagingskans achtte hoor.. en ik denk met mij iedereen wel!!

[victorb]

Ik ben het helemaal mee eens.
Want dit is een goedkope manier voor bedrijven om van alles uit te rekenen zonder dure computers te huren.

[Delerium]

Wel, ik als chemicus zal het dan eens over een andere boeg gooien.
Wat voor soort berekeningen willen ze nu concreet met uitvoeren. Met Distributed Computing kan je wel enorm veel rekenkracht aanspreken, maar dan moet je wel doelgericht werken.
Op proteïne-niveau rekenen is ontzettend moeilijk. Er zijn nu teveel variabelen en onzekerheden, die nog niet met algoritmes zijn gevangen. Op een beetje eiwit kan je je helemaal scheel rekenen.
Deel-niveau's van proteïnen zijn benaderingen, maar soms is alleen de directe data van de Core interesant. Indien je de core eruit haalt, dan verwaarloos je een hoop interacties, en meestal doet de natuur net iets anders.
Je kunt ook moleculen ontwerpen die in de core zouden passen en dan het specifieke AIDS-eiwit uitschakeld. Dit kan met de huidige stand van zaken al reeds (beetje SGI kan dat wel). Meestal lijken die moleculen op al reeds bestaande moleculen en is slechts een kleine modificatie nodig voor betere activiteiten.

* 786562 ecteinascidin
Een computer kan mooi rekenen, maar een mens heeft iets extra's: INZICHT. Een beetje chemicus kan met nadenken iets verzinnen dat veel meer resultaat boekt dan duizenden bakjes silicium.

Ik zie het nut er net echt van in, en ik vrees dat de makers meer het commerciele deel voor ogen hadden dan de humanitaire toepassing.

[Verwijderd]

Natuurlijk mag een bedrijf winst maken. En veel medicijnen waren zonder commercie niet ontwikkeld.
Maar er is een groter bezwaar hiertegen. De besmettingskans op AIDS is zeer gering als je niet in een risicogroep zit, voor de doorsnee heteroseksueel 1 op 600.000 per onbeschermd seksueel contact. Krijg je het toch, dan is met behulp van een scala aan proteaseremmers (blokkeren de eiwitten van het virus, grof gezegd) het verloop van de ziekte sterk te vertragen. Zodanig dat er in NL moeilijk buddies meer te vinden zijn voor aidspatienten: de begeleiding duurt veel langer dan vroeger, sommige AIDS-patienten gaan niet eens meer dood.
Da's Europa en de VS. Woon je in Afrika, dan is het een ander verhaal. Daar is AIDS een epidemie, MAAR: daar heerst een andere variant van het virus, waar Westerse medicijnen weinig of niets tegen kunnen beginnen. De farmaceutische industrie heeft geen klap zin om medicijnen te maken tegen de Afrikaanse variant, want ze hebben er daar toch geen geld voor.
Maw: Als er al een medicijn bijkomt door dit project, dan zal dit gericht zijn op de westerse varianten van het virus, en voor veel geld worden verkocht. Lekker eerlijk en idealistisch.
Er zijn legio dodelijker ziektes (waarom doen ze geen simulatie van P53-eiwittherapie, wat een mogelijk geneesmiddel tegen kanker zou kunen brengen), waar meer mensen wat aan hebben.
Zelf draai ik Folderol ([url="http://www.folderol.org),"]www.folderol.org),[/url] dat proteinevouwsimulaties doet voor het Human Genome Project. De resultaten daarvan komen in het publieke domein terecht, gratis dus. Daar wordt iedereen beter van, niet alleen Europeanen en Amerikanen met (te)veel geld.

[dextertje]

Er zijn legio dodelijker ziektes (waarom doen ze geen simulatie van P53-eiwittherapie, wat een mogelijk geneesmiddel tegen kanker zou kunen brengen), waar meer mensen wat aan hebben.

Waarschijnlijk komt entropia daar ook wel een keer mee... Ze hebben allerlei plannen voor projecten: milieu, economie, wetenschap, wiskunde, entertainment (?!) en product ontwerp (zie members.entropia.com/stats/Entropia_Overall_Stats.asp )

[TTLCrazy]

Hoe kan je nu als bedrijf rechtvaardigen om een gedeelte van deze tijd voor commerciele doeleinden te gebruiken ? Yuk!

Ik bedoel, elk half procentje processortijd is toch meegenomen. Laat ze gewoon een ad banner maken in de client ofzo.

[Verwijderd]

Ze hebben de client natuurlijk wel gescheven. Wie weet hoeveel dat gekost heeft. Dat ze een tegenprestatie (loon na werken) kunnen krijgen is logisch. Reklame kan ook een oplossing zijn maar:

1) brengt het genoeg op om de kosten te dekken?
2) schikt het mensen niet af?

Programma's met een banner zijn voor sommige mensen irritant. Als dat resulteert in dat de client door 5 % minder mensen wordt gebruikt, kun je dus beter voor deze oplossing kiezen waarbij bijvoorbeeld 4 % van de CPU tijd voor commercieel gebruik wordt benut.

3) Wat voor een reklame zou je kunnen toepassen?

"Albert Hein" reklame op een client als deze lijkt me ongepast. Een reklame banner doet de client minder serieus overkomen. Het is bovendien zo dat jij jouw CPU tijd beschikbaar stelt, dus jij zo daar wat voor moeten vangen. Als je dan ook nog eens als dank een banner voorgeschoteld krijgt zou ik het niet meer gebruiken.

Commerciele toepassingen kunnen overigens ook nuttig zijn. Het simuleren van een meteoor inslag in de noordzee bijvoorbeeld. (noem maar iets dat ook levens kan redden)


* 786562 Flipz

[Verwijderd]

3) Wat voor een reklame zou je kunnen toepassen?

Ik ben het met je eens dat reclamebanners mensen afschrikken en het programma minder maakt maar het is niet zo dat je geen sponsors kunt vinden voor je reklame. Wat denk je van Durex?
En ik las vandaag ofzow nog in de krant dat er binnenkort een of andere doe-het-zelf aidstest bij de pillenboer gekocht kan worden (hoewel ik ook weer denk dat als je graag bij de apotheek komt je net zo goed een paar dagen eerder kan gaan om een pak condooms te kopen )

[gridfox]

Het is zo dat Durex een product op de markt brengt dat een ziekte als AIDS kan voorkomen, maar ik betwijfel of ze dit als reclame-uiting kunnen voeren.

Persoonlijk vind ik het onzin dat ze zo een vergoeding voor hun programmeerwerk afdwingen. Dit staat namelijk niet gerelateerd aan hun inspanningen en zie het eerder als misbruik van resources die mensen ter beschikking stellen. Beter lijkt me om een kostprijs te rekenen en dit middels donaties betaald te krijgen, als ze dan toch zo graag geld willen zien.

[tweakerbee]

En hoeveel processortijd vreet zo'n leuk animated bannertje?

[Verwijderd]

Jullie vergeten iets:

Als je een dagje gevraagd wordt om in de AH te werken, ben jij tijd kwijt, waarin je geld had kunnen verdienen.
Als je computer toch dag en nacht aanstaat, kan je in de tijd waarin je hem niet gebruikt toch best iets voor anderen doen? Je wordt er zelf niet minder van, anderen worden er wel beter van, dat is toch een mooie gedachte?!

Maar omdat je er zelf niets van merkt, vinden veel mensen het niet nodig, egoistisch noemen ze dat geloof ik...

OK, ik heb dat ding zelf ook nog niet draaien, om twee redenen:
1. Ik ben egoistisch, in dit opzicht
2. Ik doe al RC5, en vindt het veel toffer om dat te doen.

-=Maar als dat onderzoek echt tegen AIDS zou zijn, en dat bedrijf wil maar een klein deeltje winst maken, dan zou ik er zo aan meedoen!=-

[Stropdas]

Zoals je al zelf zegt: koetjes grazen is veel toffer!
Je bent gelijk je plezier van je koetjes kwijt als je overstapt! Daarom gaan vele mensen (nog) niet over. Maar je hebt gelijk: je bent geen tijd kwijt.

[dusty]

omdat ik mijn computer aan laat staan betaal ik stroom.

dus ik betaal voor MIJN cpu tijd. dan wil ik ook de mogelijkheid om te zeggen of die cpu tijd voor commerciele doeleinden gebruikt mag worden.

het zou al verstandiger geweest zijn als ze een "opt-out" functie erbij hadden gemaakt waarbij je kunt zeggen dat je alleen voor de "AIDS" packets wilt werken en niet af en toe commerciele rotzooi erdoor heen.

Maarja ik ben zelf programmeur aangezien het programma-tje uit een client bestaat zal het mij niet verbazen als er een "hack" komt waardoor commerciele packets worden geweigerd (lees; "verloren gegaan") en alleen de packets voor de AIDS worden verwerkt..


* 786562 dusty

[nightlight]

Worst: een paar graadjes? Misschien brand jouw PC wel helemaal door omdat hij te overhit is geweest doordat hij 99% commerciele pakketjes heeft zitten verteren. Geeft je dat ook nog zo'n goed gevoel?
Doordat de drempel om fraude te plegen bij dit soort projecten veel te laag ligt is het een van de belangrijkste dingen (misschien wel het belangrijkste) om te verifieren wat voor een organisatie, en in hoeverre hun bedoelingen 100% non-commercieel zijn. Het gaat om vertrouwen. Als ze al zelf beginnen over commerciele bedoelingen dan is bij mij het vertrouwen in ieder geval al meteen weg.
Distributed.net vertrouw ik daarentegen wel om het feit dat ze deze wedstrijden organiseerden in de tijd dat distributed computing nog helemaal niet ondekt was door de commercie.

[Verwijderd]

Als ze al zelf beginnen over commerciele bedoelingen dan is bij mij het vertrouwen in ieder geval al meteen weg.

????? Moeten ze er dan om liegen of zo?

Ik begrijp dat commercie in bepaalde kringen een vies woord is, maar wat je nu zegt raakt kant noch wal. Bak je soms ook je eigen brood omdat je de commerciele bakker niet vertrouwt? En de processor in je computer is volgens mij ook niet door een non-profit organisatie gebakken.

Ik moet wel zeggen dat ik me een heel stuk comfortabeler zou voelen over dit project als de verhouding van tijd besteed aan commercie : goed doel bekend zou worden gemaakt.

Genus Loci

[witchdoc]

genuslooi: als ze dan toch zo began zijn met AIDS, waarom willen ze dan nog cycles verspillen aan commerciele shit..
bottom line: zij willen gewoon geld verdienen.. dat aids programma laat hen koud!

[Verwijderd]

Ik vind het om te

Humanitaire excuses worden al zo lang gebruikt door rechtspersonen als de postcodeloterij et al om de consument zo ver te krijgen om toch maar mee te doen terwijl zij er flink rijk van worden. Nu is het dus tijd voor de aidspatienten om over hun rug rijker te worden. Humanitaire redenen zijn mooi maar als er zon commerciele organisatie achter zit die zo summier is met het toelichten van hun motivatie dan vind ik het ethisch totaal onverantwoord.

Het zou anders zijn als ze exact aan zouden geven voor wie en hoeveel er commercieel werk gedaan word. "u heeft nu 3 uur gewerkt voor shell". Dan kan je dat ding nog eens uitzetten mocht je het daar niet mee eens zijn. Ook stellen ze totaal geen vergoeding hier tegenover. Als ze bijvoorbeeld 50% van het bedrag zouden uitkeren zou het nog heel wat anders zijn dan "bedrijf:wij vullen onze zakken ok?We zijn namelijk een bedrijf....gebruiker:en ik dan?...bedrijf:"Jij doet goed werk!!"

YEAH RIGHT!

En had ik al gezegd dat ik hiervan moet kotsen?
Trap er niet in.

[dextertje]

Humanitaire excuses worden al zo lang gebruikt door bedrijven als de postcodeloterij et all om de consument zo ver te krijgen om toch maar mee te doen terwijl zij er flink rijk van worden.

Als je 'et all' gebruikt, doe het dan goed. Het is namelijk: et al. (van et alumni).
Als informatie geeft, doe het dan ook goed, want de postcodeloterij is geen gewoon bedrijf, maar een stichting. Oftewel: de postcodeloterij wordt niet flink rijk onder het mom van humanitaire excuses. Dat mag namelijk niet, als stichting.

Dat entropia een commercieel bedrijf is (ik heb bovenstaande tekst over profit echter nog niet kunnen vinden), maakt mij ook wat wantrouwiger. Echter, commercieel is niet per definitie slecht, naar mijn idee. Er zouden simpelweg veel minder medicijnen zijn als er geen commerciële farmaceutische industrie was.

Voor wat het aids-project betreft, werkt entropia samen met een non-profit organisatie: het olson lab (www.scripps.edu/pub/olson-web/)
Er zijn ook nog andere interessante projecten die voor de mensheid eigenlijk een stuk nuttiger zijn dan RC5 kraken (voor zover ik nu kan overzien, want wie weet, wordt RC5 ooit nog van levensbelang ).

Ik zou dus niet al te snel entropia veroordelen, ik geef ze vooralsnog het voordeel van de twijfel (maar ik ga nog niet de client downloaden.. ze hebben niet eens een Linux-client en de systeemeisen zijn nogal hoog)

[Verwijderd]

Is bij deze verbeterd. Wist jij al dat die stichting o.a. geld heeft geschonken aan bedrijven/instellingen (cq rechtspersonen) welke "leeg" bleken te zijn? En die bleken dan weer een bestuurder van de postcodeloterij als (mede-) eigenaar te hebben.

Wel persoonlijke verrijking dus...

[Slein]

Als je 'et all' gebruikt, doe het dan goed. Het is namelijk: et al. (van et alumni).

Volgens mij betekent et al. et alii
Een alumnus is een oud-student.
Niet om het een of ander...

[Verwijderd]

Op zich kan ik zo ook niet inschatten hoe betrouwbaar ze zijn, maar het idee op zich is goed.

Alleen vind ik wel dat ze betere clients moeten schrijven, en meer openheid van zaken geven, wat jij onder andere zegt over shell enzo.

Maar dat ze geld moeten uitkeren vind ik niet, alle geld die ze binnen halen moet vind ik hun kosten gewoon dekken, en alles wat overblijft kan naar het aids fonds, alleen eventueel een bonus voor de teams die iets belangrijks uitrekenen, mits ze in een top 10 staan of zo, zo kan je namelijk zoveel mogelijk mensen in teamverband laten werken, wat m.i. grotere rekenkracht opleverd, moedigen ze elkaar waarschijnlijk vaker aan .

De vraag blijft natuurlijk altijd in hoeverre je dit door profit-organisations moet laten doen, maar bedrijven die medicijnen maken zijn ook bijna altijd commercieel. Alleen vind ik niet dat ze voor onderzoek vette winsten moeten kunnen draaien, investeren in betere methoden is wel een optie vind ik.

[witchdoc]

Maar dat ze geld moeten uitkeren vind ik niet, alle geld die ze binnen halen moet vind ik hun kosten gewoon dekken, en alles wat overblijft kan naar het aids fonds, alleen eventueel een bonus voor de teams die iets belangrijks uitrekenen...

Volgens mij heb jij hier net de omschrijving van NON-profit gegeven!!

[yossarian]

Dit valt echter uiteraard in het niets bij de hoeveelheid mensenlevens die gered kan worden als dit project succesvol zal zijn. Mijn koe is in ieder geval al vervangen door Entropia 2000 (Het spijt me, DPC-crew).

Euhm, Amerikaans bedrijf zeker? Diezelfde Amerikanen die hun eigen aids en hiv patienten al jarenlang willens en wetens om zeep helpen met AZT? Diezelfden die alternatief wetenschappelijk onderzoek naar de ware oorzaak van Aids blokkeren?

Aan die schijnheilige zooi ga ik geen cycles geven, dank je....

[dextertje]

Diezelfde Amerikanen die hun eigen aids en hiv
patienten al jarenlang willens en wetens om zeep helpen met AZT? Diezelfden die alternatief wetenschappelijk onderzoek naar de ware oorzaak van Aids blokkeren?

Nee, ik denk dat het andere Amerikanen waren.


* 786562 dextertje

[Verwijderd]

Ik vind dit een zeer goede zaak! Ook al wordt er maar 1% gebruikt voor het onderzoek naar AIDS, dan is dat altijd al weer wat. En die mensen die hier eventueel rijk van worden, wat boeit dat nou eigenlijk? je wordt er zelf niet armer van, en anders zou die processortijd helemaal niet gebruikt worden!

[0rbit]

Als die mensen er rijk van kunnen worden houdt dat meestal in dat JIJ iets fout doet; Je kunt dus gewoon geld eisen... En zodra mensen dit door hebben en dit allemaal gewoon normaal vinden, dan zal er niemand meer zo makkelijk rijk worden van DC behalve 'wij'...