Hoofdcategorieën

Nieuwe DNA-chip kan griepvirussen herkennen

Door Harold van der Wal, dinsdag 8 november 2005 11:56
Bron: CU-Boulder, views: 15.257

Onderzoekers aan de universiteit van Colorado hebben een chip ontwikkeld die binnen een halve dag uitsluitsel moet geven over een eventuele griepbesmetting bij een patiënt. De chip kon in een aantal tests met een zekerheid van 90 procent aantonen om welk type griep het ging. Snellere methodes kunnen slechts aangeven dat er sprake is van griep, terwijl methodes die griepvarianten onderscheiden pas na enkele dagen resultaat geven. De onderzoekers hebben inmiddels twee jaar gewerkt aan de chip en verwachten dat deze volgend jaar al in een groot aantal laboratoria gebruikt zal worden. Het detecteren van de vogelgriepvariant H5N1, die momenteel in delen van Azië en Europa wordt geconstateerd, en mutaties van dat virus behoort tot de mogelijkheden.

De chip maakt gebruik van een zogenoemde DNA-microarray, een verzameling microscopische stippen die samen voor griepsoorten specifieke DNA-fragmenten bevatten. Een RNA-preparaat van een mogelijk geïnfecteerd persoon wordt vervolgens in contact gebracht met de chip, waarna de RNA-fragmenten zich binden aan bepaalde genen op de chip. Met een fluoriserende hulpstof en een laserscanner wordt vervolgens het resultaat geanalyseerd. De bedoeling is om de komende jaren te werken aan handheld-apparaten waarmee de tests kunnen worden uitgevoerd. De benodigde tijd zou nog kunnen worden teruggebracht met enkele uren. Met enkele aanpassingen is de chip ook geschikt te maken voor andere RNA-virussen als HIV en SARS.

Professors Robert Kuchta and Kathy Rowlen, met scanner en griepchip

Volgende 12:44
Vorige 11:02

Reacties

«  1  2  »

yessss, Pino is hierdoor een stuk veiliger

Halleluja! Met de dreigende pandemie kan dit niet op een beter moment komen! Nu nog de bureaucratie afschaffen en er kan adequaat gereageerd worden op een besmettingsgeval.

kijk, daar heeft nou iedereen iets aan

En dan blijkt dat de chip 12 euro per stuk kost vanwege patent en licentie kosten (werkelijke kosten 1 eurocent, maar ja, fabrikant heeft ook aandeelhouders) dus is alleen de rijke westerse wereld weer gered van een pandemie

Helaas, met 12 euro aan productiekosten ga je het niet redden. 1 glaasje kost al meer dan 300 euro. Dit kan in massa naar 1/8 als je met minder genen je test kan maken en dus meerdere arrays op 1 glaasje kan printen.

En dan zijn er inderdaad ook nog patentkosten, er is nl een bedrijf dat de hoge dichtheid microarray techniek gepatenteerd heeft.

Verder heeft deze techniek weinig met computerchips te maken, ze zijn ooit DNA chip gedoopt omdat de dichtheid zo hoog is dat het op een chip lijkt.

Een voorbeeld van een diagnostische microarraytest is MamaPrint ( http://www.agendia.com ), waarmee gekeken wordt of een borsttumor een goed danwel slecht overlevingsprofiel heeft.

Gelukkig is het onderzoek wat het bedrijf doet om de chip te maken ook gratis, en lukt het altijd om een nieuw medicijn te maken

De onderzoekers hebben inmiddels twee jaar gewerkt aan de chip en verwachten dat deze volgend jaar al in een groot aantal laboratoria gebruikt zal worden.
Research kost nu eenmaal geld en het is in onze maatschappij nu eenmaal gebruikelijk dat een bedrijf geld probeert te verdienen. Het verdiende geld wordt gedeeltelijk weer geïnvesteerd in nieuwe technologieen waar wij allen en onze kinderen uiteindelijk van profiteren.
Met enkele aanpassingen is de chip ook geschikt te maken voor andere RNA-virussen als HIV en SARS.
Hoeveel geld wordt direct bespaard doordat deze technologie het aantal besmettingen van bovengenoemde ziektes wordt teruggebracht, het behandelen van een ziekte kost aan medicinatie en opnames in een ziekenhuis een veelvoud dan de kosten van de chip.

Dit soort vooruitgang komt zeker niet alleen ten goede aan de westerse maatschappij maar aan de totale wereldbevolking.

offtopic:
En wat als de virusherkennende computer zelf wordt geveld door een virus... :?
Zonder dollen, dit is natuurlijke een prachtige ontwikkeling. Ziekten analyseren in een snelle stap door een 'onfeilbare' (?) machine.

Leuk dat de SF-literatuur (Asimov, etc) het toch elke keer weer bij het rechte eind blijkt te hebben voor waar het technologische ontwikkelingen betreft. Misschien niet exact op de datum nauwkeurig, maar uiteindelijk zitten ze wel op het juiste spoor! De Star Trek-achtige apparaatjes liggen dus echt in 't verschiet! :D

Damn it Jim! I'm a doctor, not a microchip! :P

Daar dacht ik nou net ook aan toen startrek genoemd werd...fascinating! :P

De bedoeling is om de komende jaren te werken aan handheld-apparaten waarmee de tests kunnen worden uitgevoerd.
de stap naar de beroemde tricorder uit startrek. :+

Meer info over DNA-micro-arrays: Wikipedia

Moet het griepvirus-RNA niet eerst gePCRd worden, dan? Lijkt mij moeilijk om er een handheld-versie van te maken dan?
offtopic:
Overigens zijn DNA-microarrays imho een van de grootste uitvindingen van de afgelopen tijd, je kan in no-time zien of iets of iemand bepaalde genen wel of niet heeft, zeker in de diagnostiek, zoals hier, is het een gigantische uitvinding, al is het ook geweldig voor biologisch/medisch onderzoek (denk aan het vergelijken van genen tussen verschillende cellen of organismen) :)

En het is dus geen computerchip zoals in de titel wordt beweerd. Het gaat hier gewoon om een lab-on-a-chip ipv een IC.

Het is inderdaad geen IC en voert geen berekeningen uit, maar het geeft wel een bepaalde output bij een bepaalde input.

Overigens vind ik computerchip ook niet echt een goede woordkeuze, en zou ik het ook eerder een lab-on-a-chip (ofzo) noemen (of gewoon het beestje bij z'n naam noemen: een DNA-Microarray Chip) :)

Zit er ook een Live update functie in :+

De vergelijking met 'computerchip' wordt getrokken omdat beide van silicium worden gemaakt. En omdat beiden met behulp van fotolithografie worden gemaakt.

Overigens is een zekerheid van 90% nou niet echt spectaculair te noemen en de aanwezigheid van griep is op andere manieren ook wel vast te stellen. En tegen griep bestaat geen therapie, dus de relevantie van het geheel ontgaat me een beetje. De al eerder genoemde MamaPrint, de LymphoChip (een vergelijkbaar idee voor prognose van bepaalde leukemieen) en dergelijke initiatieven zijn IMHO een veel interessantere toepassing van deze techniek. En de commerciele chip die mijn afdeling aan het ontwikkelen is natuurlijk :P.

"If an unusual flu subtype surfaces that has characteristics of both avian and human flu types, we could detect it rapidly using this technology," Kuchta said.

Standard laboratory culturing techniques by the CDC and WHO currently take four days to five days to determine flu strains afflicting patients, said Kuchta. While commercial tests like rapid antigen testing can detect influenza in less than an hour, none provide genetic information about various flu subtypes, he said.
Oftewel, we hebben hier een techniek waarmee je 4 dagen eerder dan bij andere tests kunt bepalen of iemand een bepaalde evt. besmettelijke variant van een griepvirus heeft. 90% zekerheid is in dit geval lijkt me vrij cruciaal. Je kunt niet uit voorzorg iemand 5 dagen vasthouden omdat ie heel misschien een gevaarlijke vogelgriep variant draagt, maar als je binnen een halve dag kunt zeggen of er vrij waarschijnlijk gevaar voor de volksgezondheid is kun je je mooi die 4 dagen extra besmetting van andere mensen besparen.

Ik vind het dus wel vrij spectaculair.

En hoe gevaarlijk is griep nou precies? Niet zo heel erg, dus. Op dat punt is het dus niet noodzakelijk een infectie vast te stellen (en griep is ook klinisch eenvoudig te herkennen zonder chip).
Punt twee, een eventuele nieuwe, gevaarlijke, vogelgriepvariant is niet te herkennen met deze chip; je kunt alleen dingen opsporen waarvan je van te voren informatie hebt over de genetische opmaak. Een nieuwe variant zit genetisch anders in elkaar en mis je dus. Die uitspraak van Kuchta is echt niet gefundeerd, tenzij ze een of andere zeer revolutionaire techniek hebben bedacht om varianten te voorspellen, wat ik niet geloof. Dan zouden ze namelijk dit jaar de nobelprijs hebben gekregen.

De 90% die wordt genoemd is laag, in de kliniek wordt grote zekerheid verlangd.
Nogmaals, vind het allemaal wat overdreven.

En hoe gevaarlijk is griep nou precies? Niet zo heel erg, dus.
in Nederland velt de griep jaarlijks gemiddeld 800 mensen en zo'n 3500 mensen overlijden aan een reguliere longontsteking (http://www.volkskrant.nl/buitenland/1050297995733.html)
800 doden, niet zo erg? Het is dus zeer belangrijk dat griep op tijd herkent wordt, zeker bij bejaarden. Waarom denk je dat er zo massaal gevaccineerd wordt tegen griep? Omdat het ongevaarlijk is? Hoeveel geld gaat er ieder jaar niet verloren aan afwezigheden door griep?
Punt twee, een eventuele nieuwe, gevaarlijke, vogelgriepvariant is niet te herkennen met deze chip; je kunt alleen dingen opsporen waarvan je van te voren informatie hebt over de genetische opmaak
De genetische code van een virus is met de huidige technieken snel te achterhalen. Weet je hoegenaamd wel hoe ze de genetische code bepalen? Van organismen met een beperkte genetische informatie is dit direct gebeurd hoor, dit is niet jarenlang giswerk ofzo.
Nogmaals, vind het allemaal wat overdreven.
Dan heb je weinig kennis van zaken, wat uit je antwoord al blijkt.

Je kunt wel degelijk een 'nieuwe' variant herkennen hiermee. De herkenning vindt plaats op basis van RNA fragmenten en dus niet het hele virale genoom dus ondanks kleine mutaties kun je de boel nog kunnen identificeren.
Bovendien schuilt het echte gevaar niet in die kleine mutaties, maar in een recombinatie van twee verschillende virusstammen die al bekend zijn. Pas als dat gebeurt kan zo'n virus zich onder de menselijke populatie gaan verspreiden. En die recombinatie is nou juist hetgene waarop men bedacht wil zijn in het geval van de vogelgriep.

Nou, ga dat eens aan de Inka's vragen, zou ik zeggen. Da's de ware reden dat half Zuid-Amerika tegenwoordig Spaans spreekt, niet het feit dat de Spanjaarden wapens en harnassen meenamen. Een duidelijk geval van biologische wapens, ook toen al. En de Spaanse Griep heeft hier destijds trouwens ook flink huis gehouden. Griep kan wel degelijk een zéér gevaarlijk virus zijn, juist omdat het zo verschrikkelijk makkelijk overdraagbaar is.

Eigenlijk zitten de virologen op de wereld al met angst en beven uit te kijken naar het volgende grote griepvirus, want statistisch gezien zijn we over tijd...
«  1  2  »

Op dit item kan niet meer gereageerd worden.

Volgende 12:44
Vorige 11:02
VNU Media logo Powered by True

© 1998 - 2008 Tweakers.net - Alle rechten voorbehouden

Uitgever van: