Opleiding Bio-informatica van start op hogeschool Leiden

In september van dit jaar gaat de Hogeschool Leiden de mogelijkheid bieden om een HBO-studie Bio-Informatica te volgen. Men hoopt met het aanbieden van deze studie het gat op te kunnen vullen wat momenteel ontstaat tussen biologen die grote hoeveelheden informatie effectief moeten kunnen selecteren en bewerken, en de informaticus pur sang die weinig brood van biologische processen heeft gegeten. De voltijd studie heeft een normale duur van vier jaar, en geeft na afronden recht op de titel Bachelor. Omdat de nadruk ligt op werken met de computer wordt het gebruik van een laptop aangeraden. Ook wordt er een ICT-centrum opgericht.

De studie richt zich vooral op het werken met grote databases met bijvoorbeeld DNA-gegevens. Deze moeten bewerkt en verklaard kunnen worden, maar ook gebruikmaking van ICT-middelen bij onderzoekspresentaties wordt gestimuleerd. Men hoopt door studenten met een biologische grondslag vertrouwd te maken met informatica, een snellere uiteenwisseling tussen onderzoekers te realiseren, waardoor experimenten waarvoor zeer veel handelingen vereist zijn, beter uitvoerbaar worden. Dit vanwege het feit dat momenteel weinig interessante ontdekkingen gedaan worden door slechts een onderzoeker met een klein aantal experimenten.

Reacties (27)

[Anoniem: 15443]

Op persoonlijke noot:

Bij dit bericht bekruipt me het gevoel van de zoveelste studiehuis-extrapolatie. In principe lijkt deze studie verdacht veel op een uittreksel van ANW, waar je een bachelortitel mee kunt verdienen. Bij ANW ligt de nadruk ook op het verzamelen en bewerken van informatie, om daar met een PowerPoint-presentatie je medeleerlingen iets over te leren.

Tot zover lijkt er niets fout te gaan, denk je. Inderdaad, dat zou zo zijn als er enig niveau aan de vorm van de presentatie gesteld wordt. Hoe vaak heb ik wel niet meegemaakt dat ik een powerpoint presentatie in tien minuten in elkaar flans en daarmee hoge punten scoorde, puur vanwege het feit dat mijn belegen docenten er de ballen van snapte (de techniek). Je draait een website in elkaar, showed die op een beamertje op school, en de docenten liggen aan je voeten. Ik hoop op een goed niveau qua informaticakennis, geen omgeschoolde bio-docenten.

Het integreren van informatica in een biologische studie lijkt me sowieso een flop. Dit vanwege het feit dat Biologie sowieso geen studie is waarmee na afronding de wereld voor je open ligt. Baankansen bij onderzoekscentra zijn er, maar niet talrijk. Ik denk dat bedrijven liever iemand met een zeer degelijke onderzoeksachtergrond omscholen in het gebruik van bijvoorbeeld databases en Powerpoint dan er een jonkie op te zetten die van zowel informatica als biologie maar de helft heeft meegekregen. In informatica is weinig werk te vinden, en in biologie zijn de banen ook niet talrijk.

Het gebruik van een laptop en allerlei flitsende DNA-animaties alsmede de zeer indrukwekkende witte jas zullen bij veel studenten de kwijlfactor hoog opschalen, maar of de steeds verder afbrokkelende onderwijskwaliteit is gediend bij nog een subsidie-trekker lijkt mij een retorische kwestie.

* 786562 SeeMann

[bierings]

dit lijkt me een beetje onzin, bovengaand verhaaltje ook.

alsof een bio-informaticus alleen maar bezig is onderzoeksresultaten in een mooi powerpoint-animatietje te zetten. Dat kan iedere miep zo onderhand wel.

Waar het om gaat is dat er mensen worden opgeleid die de gigantische hoeveelheid onderzoeksdata toegankelijk kunnen maken. Sinds de opheldering van het genoom van de mens en vele andere organismen is er zo'n stortvloed van informatie beschikbaar, dat wetenschappers niet meer weten hoe en waar te zoeken. Er zullen dus informatici deze databases moeten gaan beheren en toegankelijk maken, vrij vergelijkbaar met om het even welke andere soort database.
Enige verschil is dat men ook nieuwe zoekalgoritmes zal moeten ontwerpen die gebaseerd zijn op biologische principes. Een sequentiedatabase (neem eens een kijkje op http://ncbi.nlm.nih.gov een van de grootste databases te wereld) is nou eenmaal wat anders dan een database met klantgegevens of iets dergelijks. Vandaar dat deze informatici ook een gedegen biologische achtergrond zullen moeten hebben.


EDIT: Overbodig, ja sure !

[Anoniem: 15443]

Mijn verhaal was inderdaad enigsinds overtrokken. Toch blijf ik van mening dat je er verstandiger aan doet een goede laborant bij te leren over databases dan de nadruk te leggen op een informatica-opleiding waarbij je biologische en medische terminologie enigsinds wordt opgefrist. En zo komt deze studie (waarvan op de site staat dat het vooral om databases bewerken en dingetjes in leuke presentaties te zetten) toch echt op mij over.

[bierings]

tja, maar er moet nou eenmaal ook nog tijd overblijven om de pipet te hanteren of achter de microscoop te zitten. En zoekprogramma's voor databases schrijven doe je niet op een maandagmorgen en is wel wat complexer dan een beetje spelen met Frontpage. Als je binnen 4 jaar wil/moet promoveren ga je niet 2 jaar spenderen aan (leren) programmeren.

Laat dat maar over aan mensen die er verstand van hebben.

En ja die site is bagger, maar misschien komt dat nou eenmaal omdat je er scholieren mee moet lokken. Misschien moet je dan ook wel de gemakkelijke weg bewandelen.

[Bert]

Daarom zal een bio-informaticus ook met name als tussenpersoon dienen tussen de informatici die puur database gericht bezig zijn.. en de data genererende groep, de onderzoekers.

Omdat je met bioinformatica tussen wal en het schip valt moet je dit soort opleiding ook niet proberen te plaatsen in een bestaand hokje.

Als die opleiding 5 jaar geleden geweest was had ik em gedaan

[Red devil]

Who made you the expert? Ik bedoel, jij doet nog VWO, wie denk jij dat jij over zoiets kunt oordelen?

Bioinformatica opleidingen in Nederland schieten als paddestoelen uit de grond. Natuurlijk valt er te discussieren over de manier waarop ze het presenteren maar zeg nou zelf, zou jij een studie kiezen die een saaie tekst op een site plaatst zonder enige vorm van toeters of bellen?

Natuurlijk niet.

[gizmointheair]

: maar dat is een leuke test op de site

[freddifish]

zo nieuw is dat niet hoor, bestaat al een paar jaar in Wageningen (of all places) waarbij je de titel Master of Science mag voeren bij goede afloop
check http://www.weksite.nl/msc/bioinformatica_tekst.html

[Parlor_Inventor]

Dat is universiteit. Dit is HBO.

Maar op universitair niveau lijkt dit me idd een stuk levensvatbaarder, omdat je minstens twee disciplines goed moet beheersen. Je moet beter met data om kunnen gaan dan een afgestudeerde BI'er, en je moet absoluut het niveau hebben van een afgstudeerde HBO-Biologie student.

[Pantagruel]

Met alle respect voor de opleiding in Leiden die nu opgericht gaat worden, maar echt een super zinnige toevoeging is t naar mijn bescheiden mening niet echt.

De gemiddelde research analist die wat verder kijkt dan zijn neus lang is mbt DNA en sequentie analyse kan online al de nodige data matchen tegen humaangenome data en andere sequenties. Afhankelijk van t veld waarin je je onderzoekswerk doet kun je zoeken in de plantjes, boompjes, bijtjes, beestjes, bacterien, muis, apensoorten en de mens.

Analyse van DNA/RNA array data kun je leren en ook daarvoor komen steeds meer software pakketen en tools beschikbaar. Rekenkracht op de werkplek is er vaak ook wel (en anders remote op je eigen linux doos, tja sommige research analisten zijn halve IT-ers).

Trouwens research matig zitten we zo'n beetje in t post-genoom era. DNA is een bruikbaar stuk gereedschap om doelen te verwezelijken, eiwitten is waar t om draait want die doen uit eindelijk de benodige reacties in de cel (of waarin dan ook).

Ennuh, een PowerPoint presentatie is toch niet zo moeilijk.

Aanvulling op SeeMann:

Inderdaad 3d bewegende DNA helices zijn niet echt om van te kwijlen. Een realtime capture van een migrerende cel over het oppervlakte van een antigeen presenterende cell is veel gaver. Trouwens data vanaf een confocale microscoop in combinatie van fluorochromonen (oplichtende kleurstoffen) heeft een groter kwijl gehalte.
Oftewel, er is zoveel meer dan DNA alleen.
Neemt niet weg dat er wel veel data beschikbaar is en er slechts een gedeelte is ontgonnen.

[jvhaarst]

En wie moet al die pakketten en tools maken en gebruiken ? Juist, een bio-informaticus.
Iemand dus die zowel verstand heeft van de informatica als van de biologie.

En ja, dat is leuk, ik doe het iedere dag

[Tjeerd]

Ok, laat ik als ervaringsdeskundige op HBO-gebied dan maar even mijn ervaringen tot nu toe kort schetsen.

Ik ben afgelopen februari samen met nog 6 andere medeleeringen begonnen aan de opleiding Bio Informatica, we zijn dan ook de eerste mensen in NL die op HBO niveau afstuderen in de bio informatica geloof ik

Wat betreft de stof die je ongeveer krijgt; je moet best veel weten, tot op moleculair niveau aan toe. Termen als dNTP's, nucleotiden, baseparen, waterstof bruggen, ddNTP's, RNA, DNA dogma kennen,sequencemethoden, NCBI-site kunnen begrijpen/gebruiken (BLAST o.a.), verschillende bestansformaten gebruiken, FASTA/PCB. Python programmeren en op dit moment is ons 1e project gestart; het zelf opzetten van een erg eenvoudige BLAST-server (van een erg eenvoudige 'species' natuurlijk). En zo zijn er nog veel meer dingen die we het komende jaar nog krijgen verwacht ik.

Wat betreft in hoeverre je kennis van alles moet hebben, het gaat er uiteindelijk om dat je als HBO'er kunt praten met wetenschappers. Je hoeft natuurlijk niet zelf wetenschappelijk onderzoek te doen, maar als een wetenschapper jou iets vraagt of over bepaalde termen praat moet je wel kunnen begrijpen waar hij/zij het over heeft. Dat is het belangrijkste van de opleiding bio informatica op HBO-niveau denk ik.

Naja, het is iig een erg interessante richting. Ik heb er zelf voor gekozen omdat je dan iets leert waar nog heel veel te doen is en waarbij je toch ook computers kunt gebruiken.

Ik verwacht dat de komende jaren er best veel groei in deze sector zit, ook omdat er zo vaak DNA-gerelateerd nieuws is (zie nu het Corona/SARS-virus bijv. weer en de vogelpest). Ook zijn er mooie verhaaltjes gehouden dat er veel geld in deze tak komt te zitten, maar goed, of dat nou gebeurt zal mij een worst wezen. Als ik er eventueel terecht kan om te werken, vind ik het prima.

BTW: ik weet niet of ik per se na deze opleiding (juni 2004) door wil gaan in de bio informatica tak (werken), ik ben meer ff aan het proeven nou.

[Jaded]

Ik kan de Bio-informatica afstudeerrichting kiezen op mijn opleiding, HIO aan de HRO. Is dat zo erg anders dan?

[JvS]

Hier ligt de nadruk iets meer op informatica gok ik zo. Jouw keuze is ook redelijk nieuw volgens mij. Ik heb alleen maar 'moleculaire biologie' gedaan (wat iedereen bij life sciences dus doet ) maar kan een master kiezen waarbij je je verdiept in de 'bio-informatics' (nou vind ik dat bijzonder saai overigens Beetje grote stukken informatie saai zitten te verwerken, maar da;s mijn kijk op bio informatica. Gelukkig zijn er zat mensen die daar anders over denken )

Dit soort opleidingen worden steeds meer opgericht, gewoon omdat er veel vraag is naar wat breder opgeleide mensen. Op de universiteit van Utrecht is een hele rits interfacultaire Master-opleidingen beschikbaar. Ik zit er zelf overigens hard over te denken om Science Communication te gaan doen (bij de faculteit Biomedische wetenschappen).

[Anoniem: 25425]

Ik ook Saxion hogeschool ensche.

Ik doe nu HLO research

[egeltje]

Ik denk dat het een remake is van de universitaire bio-informatica opleiding aan de universiteit van Leiden (die een jaar of tien geleden door gebrek aan belangstelling is opgeheven).

[Gehaktbal]

Ik doe zelf de Informatica opleiding op de hoge school Leiden. En ik moet zeggen dat er op de afgelopen opendag niet echt veen animo was voor deze studie.
Niet dat onze studie overladen werd met bezoekers...

Bio Informatica komt samen met Informatica studie in etzelfde (nieuw)bouwdeel. Dus de Bio-informaticatertjes, hoeven zich niet alleen te voelen, er zijn soort genoten in de buurt!

[Parlor_Inventor]

Bio Informatica komt samen met Informatica studie in etzelfde (nieuw)bouwdeel. Dus de Bio-informaticatertjes, hoeven zich niet alleen te voelen, er zijn soort genoten in de buurt!

Tenzij je de opleiding doet omdat je biologie zo leuk vindt en daarbij graag met grote hoeveelheden data speelt. En dat lijkt me wel wat waarschijnlijker dan wanneer je de opleiding doet omdat je computers en databases leuk vindt, omdat je na zo'n opleiding hoogstwaarschijnlijk niet in een informatica-omgeving, maar in een biologie-omgeving terecht gaat komen, waar de informatievoorziening puur een ondersteunende taak heeft.

[PipoDeClown]

Etten-Leur had (heeft?) de LIA (Laboratorium Informatica en Automatisering) op HBO nivo. Maar volgens mij was hier laatste tijd nie zoveel animo voor?

[Red devil]

Hoihoi!

Als er één studie is die in opkomst is in de life-sciences, dan is het wel bioinformatica.
Er komt steeds meer en meer vraag naar bioinformatici en dat hoeven niet persè alleen maar pas afgestudeerden van de universiteit te zijn.

Er is sinds kort (half jaartje ofzo) ook een Bioinformatica opleiding in Groningen op de Hanze Hogeschool:

www.hanze.nl en dan onder opleidingen

(als ik de link plaats wordt het helemaal verkracht door die stomme smileys)

[Anoniem: 83450]

http://www-binf.bio.uu.nl/

LOL. Bio-informatica. De term is enigzins gehijacked. Oorspronkelijk als eerst gebruikt door m'n prof in Utrecht (vergeten wanneer, maar ze houdt zich als 30 jaar bezig met het vak (sinds de ponskaartsystemen)), en toen nog verwijzend naar bio-informatische processen, nu staat de term voornamelijk voor het analyseren van dna.

Studeer zelf biologie (*kuch*, 7e jaars), en loop stage bij deze faculteit. Op de site kun je wat onderwerpen vinden die door medewerkers van de faculteit onderzocht worden. Heb zelf onderzoek gedaan naar soortvorming, en daarvoor een ecosysteem nageboots (gistvorming op bolvormig object, waarop virtuele fruitvlieglarven konden voeden, voortplanten en competitie voeren voor voedsel (survival of the fittest))

Is zeker wel leuk

[e-mail] als je nog vragen hebt.

[heuvelman]

Toen ik de eerst reakties zag had ik al het zelfde idee als jij had. Ik heb nl ook Bio in utrecht gedaan en de (toen nog) diff cursus bio informatica gedaan. Een bijzonder Prof trouwens ;-)

Ik zelf zou bioinformatica volgens die groep meer omschrijven als het modelleren van biologische processen . En ja, die zijn weer handig te bouwen, ontwerpen en mee te experimenteren in computers.

Oftwel MODELLEREN, terwijl veel van de bovengenoemde opleidingen over heel wat anders gaan lees is uit de reacties

[Captain Pervert]

Een universitair bioloog die één of twee ICT vakken heeft gevolgd is een betere oplossing. Deze HBO opleiding is van beide net niets (net als met veel HBO-opleidingen).
Hogescholen proberen vakgebieden te combineren in een praktische studie, maar erg veel kan kan je er niet mee. Bedrijven en instellingen weten niet precies wat voor volk ze er mee binnen halen. "Echte" biologen hebben de beste opleiding gehad die er is en dan weet je in elk geval zeker dat diegene ook weet waarover hij praat als het aankomt op biologische kennis. Mocht het een digibeet zijn, kun je hem altijd nog een vrijdagmiddagcursusje ICT geven.