Er zijn twee nieuwe modi aangekondigd voor Super Smash Bros. Ultimate. Er komt een verhaalmodus en een modus die betrekking heeft op nieuwe in-game-collectibles genaamd Spirits. Deze gaan de trofeeën uit de vorige spellen vervangen.
In de laatste Nintendo Direct voor de release van Smash Bros. op 7 december, legt hoofdontwikkelaar Masahiro Sakurai uit hoe spirits werken. Het zijn plaatjes van personages uit de hoofdseries van de vechters en gerelateerde ip's. Deze hebben speciale eigenschappen en verschillende zeldzaamheidsgradaties. Daarnaast helpen zij de speler in gevechten als het vechtende personage ermee is uitgerust.
Spelers kunnen spirits in een speciale modus, Spirit Mode, verzamelen door te kiezen voor gevechten onder bepaalde omstandigheden. De gevechten hebben verschillende moeilijkheidsgradaties, afhankelijk van de zeldzaamheid en eigenschappen van de spirit. Als de speler dit gevecht wint, krijgt hij de spirit als beloning.
De plaatjes kunnen sterker worden als spelers erin investeren door ze te trainen, te laten zoeken naar schatten en te gebruiken in gevechten. Spirits kunnen ingeleverd worden. Wanneer spelers dat doen, krijgen zij de kern van de spirit terug. Verschillende kernen kunnen gecombineerd worden om een nieuwe spirit te maken.
Hoewel spirits de trofeeën als verzamelterm vervangen, blijven de assist trophies beschikbaar. De verhaalmodus, World of Light, is gebaseerd op het spirit-systeem. Het legt onder andere de oorsprong van de plaatjes uit. Er komen zowel speciale gevechten als puzzels in voor.
Bij de online modus zijn een paar dingen veranderd ten opzichte van de vorige iteratie. Online matchmaking is dit keer gebaseerd voor voorkeuren van regels, winstpercentage en locatie. Voor de beste spelers worden Elite Battles beschikbaar gemaakt, waar men vecht tegen andere spelers met een hoog winstpercentage.
Naast de nieuwe modi zijn er drie nieuwe personages aangekondigd, waarvan één een pre-order bonus is. Het gaat om Ken, uit de Street Fighter-serie en Incineroar uit Pokémon. De Piranha Plant uit de Mario-serie is de pre-order bonus voor spelers die het spel via de eShop bestellen. Na de release van Super Smash Bros. Ultimate komen er nog vijf uitbreidingen uit met elk een personage, soundtrack en stage. Een enkele uitbreiding kost 6 euro en een bundel van vijf in totaal 25 euro.