Ghost Recon Breakpoint speelt zich enkele jaren na de gebeurtenissen in Ghost Recon Wildlands af. Het team Ghosts komt terecht op een eiland dat onder controle staat van Jace Skell, die zijn vermogen bij elkaar heeft verdiend met het maken en steeds verder verbeteren van militaire drones. Eveneens op het eiland: de Wolves, geleid door Cole Walker, een Ghost Recon-agent die rogue gegaan is. De Wolves hebben zichzelf de taak gegeven de werkzaamheden op eiland te beveiligen en dat maakt ze, met de drones van Jace Skell aan hun zijde, een machtig privéleger.