Gebruikers van de Linux-versie van Skype werden onaangenaam verrast toen bleek dat de software tijdens het gebruik systeembestanden uitleest. De software blijkt echter niets onbehoorlijks te doen.
Uit veiligheidsoverwegingen wikkelde een bezoeker van de Skype-fora de closedsourceapplicatie in AppArmor, een softwarepakket dat de schijfactiviteit van programma's in de gaten kan houden en, indien gewenst, kan limiteren. Skype bleek daarbij onder andere het bestand /etc/passwd en de gebruikersprofielen met geïnstalleerde extensies van Firefox te lezen.
De broncode voor het VoIP-programma is niet vrij beschikbaar, wat sommige gebruikers een doorn in het oog is. De wetenschap dat het programma ook nog eens privacygevoelige bestanden leest, deed een storm van verontwaardiging opsteken.
Uiteindelijk bleek dit een storm in een glas water te zijn. Een Skype-medewerker legde uit dat het passwd-bestand wordt uitgelezen door een routine van de gebruikte opensourcetoolkit QT, en dat Skype deze routine alleen gebruikt om te bepalen waar het programma de gebruikersspecifieke bestanden moet opslaan.
De toegang tot de Firefox-profielen werd ook verklaard, ditmaal door een andere forumgebruiker. Hoewel het hele profiel doorzocht wordt, opent de Skype-software alleen het bestand waarin de proxy-instellingen staan. Dit is normaal gedrag voor internetapplicaties, omdat de browser een betrouwbare bron voor deze gegevens is.